Strategy for the mapping of interactive genes using bulked segregant analysis method and Mapmaker/Exp software

A qualitative trait is usually controlled by a single gene, but it may be sometimes controlled by two or even more genes. This phenomenon is called gene interaction. Rapidly searching for linked mo- lecular markers via bulked segregant analysis (BSA) and then constructing regional linkage map with Mapmaker/Exp has become a common approach to mapping single major genes. However, methods and computer programs developed for mapping single major genes cannot be simply applied to interactive genes because the genetic patterns of gene interac- tions are quite different from that of single-gene in- heritance. Up to now, experimental methods for quickly screening molecular markers linked to inter- active genes and statistical methods and corre- sponding computer softwares for simultaneously analyzing the linkage relationships of multiple mo- lecular markers to an interactive gene have not been available. To solve this problem, in this paper, we propose a strategy for mapping interactive genes using BSA and Mapmaker/Exp. We demonstrate that all interactive genes can be mapped by the 'BSA Mapmaker/Exp' strategy using F2 generation (in a few cases, F3 generation is also needed). As BSA and Mapmaker/Exp have been broadly used in gene mapping studies and are well known by many re- searchers, the strategies proposed in this paper will be useful for practical researches.     

一种新的分类方法——属性均值聚类属性支持向量机(AMC-ASVM)

在属性均值聚类(AMC)与支持向量机(SVM)的基础上,提出了一个新的模式分类算法——基于(属性)聚类的属性支持向量机算法(AMC-ASVM)。主要思想是利用属性均值聚类网络得到的具有概率信息(权重)的样本,来训练属性支持向量机,从而得到分类器。这种方法结合了属性聚类的稳定性与属性支持向量机可以利用加权样本的优点,适合处理具有强噪声的数据。另外,该方法也可以看作是堆近邻分类法的自然推广。在实验部分,将其用于结肠癌基因表达数据的处理。实验结果显示了AMC-ASVM在一定程度上优于最近邻,Boosting,堆近邻,SVM等方法。     

牦牛肥胖基因和肿瘤坏死因子α基因的序列分析

肥胖基因(ob gene)是近年来刚被克隆的新基因，该基因的表达产物瘦蛋白(Leptin)具有调节体重、影响动物生长和繁殖率等一系列生物学功能．肿瘤坏死因子-α(Tumor Necrosis Factor-α，TNF-α)是一种主要由活化单核巨噬细胞和T淋巴细胞产生的多效性细胞因子，时TNF-α基因的基础及应用研究已成为近年来动物抗病育种的研究热点之一，本文克隆及测序分析了牦牛上述两个基因的部分片段。结果表明：ob基因大小为1773bp，TNF-α基因为1160bp，通过genebank中的blastn比较分析牦牛ob基因和TNF—α基因与普通牛种的相应基因同源性都高达98％。     

动物基因图谱的研究现状及其应用

随着人类基因组测序的完成，近年来，动物基因组计划也取得了巨大进展．目前已有猪、牛、羊、马、鹿、鸡等动物绘制了较完善的遗传图谱。这些图谱的建立对了解动物整个基因组结构和对家畜中与重要经济性状相关的基因或遗传标记的鉴定及对家畜开展分子标记辅助选择均十分重要，该文从国内外构建动物基因图谱的方法、研究现状及发展趋势等方面对动物基因图谱的研究作了简要阐述；并探讨了其在基因定位、遗传分析、分子标记辅助选择和研究动物染色体行为等方面的应用。     

以mRNA差异显示法分离牙鲆白化相关基因的初步研究

以正常和白化牙鲆表皮组织总RNA为模板,用Oligo d(T)13M(M分别为A、C、G)3种锚定引物和26种差异显示随机引物组合进行差异显示,PAGE凝胶电泳后,用新型高灵敏度核酸荧光染料SYBR GREEN I显示差异DNA条带,得到区分度较好的差异表达图谱,共分离49条牙鲆白化相关DNA片段,片段长度260～800bp左右,经克隆测序后将可作为新的ESTs进行同源序列比较.     

DRD3基因多态性与精神分裂症的相关性研究

目的 :研究多巴胺D3受体 (DRD3)基因的多态性与精神分裂症的关系。方法 :应用PCR -RFLP技术 ,在90名无亲缘关系的正常汉族人和80名精神分裂症患者中对DRD3基因第一外显子内Ser9Gly多态性进行分析。结果 :正常汉族人群中 ,DRD3等位基因1(Ser)和2(Gly)的频率分别为0.71和0.29。在正常对照组和精神分裂症组之间 ,等位基因频率 (X2=0.02,υ=1,P>0.05)和各种基因型 (P值均大于0.05)分布无显著性差异。结论 :DRD3基因的Ser9Gly多态性与中国汉族人群精神分裂症不相关。     

云南怒族八种红细胞血型抗原调查分析

目的 :了解云南怒族ABO、Rh、MN、P、GPC、GPA、KeLL、Wrb血型系统抗原分布情况 ,为解决临床输血及人类学、遗传学、分子生物学提供理论依据。方法 :在怒族自然村采用随机抽样调查128人 ,进行血清学检测定型的方法。结果 :云南怒族ABO血型系统中表现型A>O>B>AB ;基因频率r>p>q。Rh血型系统中Rh( -D)阴性率占4 69 % ,d基因频率为0 2165 ,分布较高于我国各民族(除新疆维吾尔族外) ,该民族表现型CCDee居多 ,占31 25% ,其分布特征为CCDee>CcDee>CcDE>ccDE>ccdee>ccDee。MN血型系统中表现型M>MN>N ;基因频率m>n,该系统中的Mur抗原阳性率特别高为22 65%(29/128) ,与上海汉族阳性率为0 66%(6/900)相比 ,怒族Mur抗原分布明显高于汉族Mur抗原。P血型系统中基因频率P2(0 7552)>P1(0 2448) ;GPC、GPA、KeLL、Wrb血型皆为阳性。结论 :不同民族的血型抗原存在一定的差异性 ,怒族的血型分布有自己的特点。     

5-HTR2A基因 102T/C多态性与精神分裂症的相关性研究

目的 :探讨5 -羟色胺2A受体(5 -HTR2A)基因102T/C的多态性与精神分裂症的关系。方法 :应用PCR -RFLP技术 ,在90名无亲缘关系的大理地区正常汉族人和80名精神分裂症患者中对5 -羟色胺受体基因102T/C多态性进行分析。结果 :在正常对照组和精神分裂症组之间 ,等位基因频率 ( χ2=0.01,P>0.05)和各种基因型 (P值均大于0.05)分布无显著性差异。结论 :5 -羟色胺受体基因102C/T的多态性与汉族人群精神分裂症不相关。     

禽巴氏杆菌抗链霉素耐药基因StrA的克隆及同原性比较

根据巴氏杆菌基因序列设计合成一对引物，以临床分离的动物源性巴氏杆菌抗链霉素耐药菌株为模板，通过PCR技术，扩增出StrA基因350-1153bp序列．PCR产物及表达载体通过粘端连接，将长约804bp的StrA目的基因片段克隆到pGEM—T载体上，构建了克隆载体质粒pGEM—TstrA．StrA基因片段测序结果与文献报道的结果同源性为99．8％．只有一个碱基发生突变，但所编码的氨基酸没有改变．