移相器微位移旋转误差的分析及测试

以压电陶瓷(PZT)微位移器为主要研究对象, 引入一种处理静态干涉图的新方法--虚光栅移相叠栅条纹法,设计实验对一台实际使用的移相器微位移旋转误差进行测试研究,对其引起的波面旋转情况进行了定量的计算分析,并给出测试结果.用虚光栅移相叠栅条纹法处理实验中加有载频的干涉图时,不需要使用任何移相器件,可以进行动态位相的检测,整个移相过程用计算机进行控制,避免了引入额外的移相误差.     

虚拟专用网技术在校园网中的应用研究

在分析校园网实际情况的基础上,提出了一个基于校园网的虚拟专用网应用方案.通过对方案的实现结果进行测试和分析,验证了方案的可行性和有效性.     

基于对象工厂设计性虚拟实验流程的研究与实现

基于Internet虚拟实验室是一种重要教学资源,对其进行研究具有重要意义．通过采用基于Java组件对象技术,利用对象工厂计模式有效解决了虚拟实验室中动态对象的引入、创建、调用,以及与异种对象间通信．实现了可视化虚拟实验流程的定制和软件重用．     

Multiple QSAR and molecular modelling for identification of potent human adenovirus inhibitors

This study has investigated docking-based 2D- and 3D-quantitative structure-activity relationships (QSARs) for a range of 53 hydroxybenzamide analogues as anti- Human adenoviruses (HAdVs). The best 3D-QSAR (Schrodinger, LLC, NY, 2020) and 2D-QSAR models were obtained for the training set and were found to be statistically significant, with cross-validated coefficients (q²) of 0.6775 and 0.7875, and coefficients of determination (r²) of 0.8106 and 0.8122, respectively. Our in-silico docking and virtual screening studies revealed significant higher binding affinity of dataset molecule 34 (-141.444 ​kcal/mol) and hit ZINC01088642 (-114.357 ​kcal/mol) with 4PIE protein than the standard drugs. In in-silico ADME/toxicity studies, molecule 34 and proposed hit ZINC01088642 were found safe with good intestinal absorption, aqueous solubility, medium blood–brain barrier (BBB), no eye corrosion, no skin irritancy, and non-mutagenic profiles. Molecular dynamics analysis showed good stability of complex, hit ZINC01088642 with protein, 4PIE over the simulation period of 20 ns. We believe that further experimental, as well as in-vitro investigation, will shed more lights on the identification of ZINC01088642 as a potential human adenovirus agent.     

Schrödinger药物虚拟筛选流程模块在大学生物和化学信息学教学中的应用

介绍了Schr?dinger药物虚拟筛选的基本原理和流程,结合大学生物和化学信息学课程的相关教学内容,分别描述了蛋白受体的预处理、类药性五原则、毒药物动力学(ADME)、泛筛选干扰化合物(PAINS)、高通量虚拟筛选、标准精度筛选、高精度筛选和MM/GBSA的打分排序原理和使用方法。该软件可以在大学生物和化学信息学的教学中演示,有助于提高学生对蛋白结构、分子构象、药物虚拟筛选和计算机辅助分子设计的理解,该软件有很好的图形界面,可以给学生直观的体验,大大丰富了大学课堂的教学内容。此外,该软件在药物设计领域里面也有很好的应用价值,大大节约了药物筛选的成本,提高了药物发现的效率。     

具有全新机理的DNA旋转酶抑制剂的筛选及抑菌活性

利用具有新机制的抗耐药菌DNA旋转酶抑制剂GSK299423与DNA旋转酶的晶体复合物(PDB code:2XCS)构建基于配体-受体复合物的药效团模型, 诱骗集(Decoy set)验证结果表明该药效团模型具有较强的活性识别能力. 将药效团模型与分子对接相结合用于筛选化合物库, 通过抑菌活性测定, 获得了具有抗多药耐药菌活性的DNA旋转酶抑制剂LTH02.     

药物发现中常用化合物库特征描述与对比分析

随着计算技术的发展和分子模拟软件的日趋成熟, 虚拟筛选已经在药物发现过程中发挥着越来越重要的作用. 在虚拟筛选过程中, 所使用化合物库的质量对先导化合物发现的成功率起着至关重要的作用. 本文通过对已知药物库、天然产物库、中药原植物化学成分库、筛选常用商业化合物库以及研究者所在实验室建立的化合物库的分析比较, 从化合物库的分子多样性、化学空间和分子骨架等多个方面提取并对比每一种化合物库的特征, 发现了已知药物库与中药原植物化学成分库的特征相似性, 揭示了中药原植物化学成分库作为筛选库的类药性优势, 并且深化了对几种筛选用化合物库特征的认识和理解.     

基于药效团模型的DHODH抑制剂构效关系研究

利用药效团模型研究二氢乳清酸脱氢酶(Dihydroorotate dehydrogenase,DHODH)抑制剂的构效关系,为DHODH抑制剂的虚拟筛选提供新的方法.以31个具有DHODH抑制活性的化合物为训练集化合物,半数抑制浓度(IC50)范围为7~63000 nmol/L,利用Catalyst/HypoGen算法构建DHODH抑制剂药效团模型,通过对训练集化合物多个构象进行叠合,提取药效团特征及三维空间限制构建药效团模型.利用基于CatScramble的交叉验证方法及评价模型对已知活性化合物的活性预测能力,确定较优药效团模型.模型包含1个氢键受体、3个疏水中心,表征了受体配体相互作用时可能发生的氢键相互作用、疏水相互作用和π-π相互作用,4个药效特征在三维空间的排列概括了DHODH抑制剂产生活性的结构特点.所得较优模型对训练集化合物及测试集化合物的计算活性值与实验活性值的相关系数分别为0.8405和0.8788.利用药效团模型对来源于微生物的系列化合物进行虚拟筛选,筛选出59个预测活性较好的化合物,可作为进一步药物研发的候选化合物.     

基于线上线下结合的无机定性分析实验教学

针对在实验室开设定性分析实验受到的制约,设计并开设了"无机化合物的性质与鉴定"虚拟实验,以作为常规无机定性分析实验的重要补充和扩展。虚拟实验和传统实验一并开设,构成线上线下结合的教学模式,完善知识体系,全面培养学生的无机定性分析能力。     

基于LabVIEW空间瞬态光信号处理技术

分析了待探测的瞬态光信号、背景光信号和高频干扰信号频率的特性,利用LabVIEW软件平台设计虚拟仪器,进行信号处理和分析.设计了数字滤波器,对采集到的信号进行数字滤波,对滤波后的目标信号进行谱估计,得到功率谱密度.试验结果表明,该方法设计简单,运行可靠,滤波效果显著.