Assessment of programs for ligand binding affinity prediction

The prediction of the binding free energy between a ligand and a protein is an important component in the virtual screening and lead optimization of ligands for drug discovery. To determine the quality of current binding free energy estimation programs, we examined FlexX, X-Score, AutoDock, and BLEEP for their performance in binding free energy prediction in various situations including cocrystallized complex structures, cross docking of ligands to their non-cocrystallized receptors, docking of thermally unfolded receptor decoys to their ligands, and complex structures with "randomized" ligand decoys. In no case was there a satisfactory correlation between the experimental and estimated binding free energies over all the datasets tested. Meanwhile, a strong correlation between ligand molecular weight-binding affinity correlation and experimental predicted binding affinity correlation was found. Sometimes the programs also correctly ranked ligands' binding affinities even though native interactions between the ligands and their receptors were essentially lost because of receptor deformation or ligand randomization, and the programs could not decisively discriminate randomized ligand decoys from their native ligands; this suggested that the tested programs miss important components for the accurate capture of specific ligand binding interactions.     

On the score sheets of a round-robin football tournament

The set of (ordered) score sheets of a round-robin football tournament played between n teams together with the pointwise addition has the structure of an affine monoid. In this paper we study (using both theoretical and computational methods) the most important invariants of this monoid, namely the Hilbert basis, the multiplicity, the Hilbert series and the Hilbert function.     

非线性再生散度模型参数置信域的曲率表示

本文对非线性再生散度模型在Ｅｕｃｌｉｄ空间建立了几何结构。在此基础上,研究了该模型参数和子集参数的三种近似置信域,推广了Ｈａｍｉｌｔｏｎ和韦博成等人的工作。     

一种网络入侵检测特征提取方法

为了去除冗余特征,降低系统存储和运算负担,提高网络入侵检测分类器的性能,文中提出了一种基于Fisher分和支持向量机的网络入侵检测特征提取方法.针对KDD′99网络入侵检测数据集,应用该方法得到了混合攻击和4种单一攻击模式下的特征重要度排序,选取重要特征建立支持向量机入侵检测分类器.结果表明,该分类器精度与使用全部特征构建的支持向量机分类器相当,训练和测试时间则显著降低.     

2009—2010年全国女排联赛决赛扣球得分效果分析

扣球是排球基本技术中攻击性最强的一项技术,它在比赛中占有重要地位,是得分、得发球权的主要手段,扣球是战术配合最终目的。强有力、战术多变的扣球可使对方难以防守和组织反击,从而掌握比赛的主动权。本文采用文献资料、录像统计、数理统计等研究方法,以2009—2010年全国女排联赛决赛为研究对象,结果表明：主动进攻得分和减少自身失误失分是现代女子排球比赛的得失分基本规律之一,攻防两端的稳定发挥是取得比赛的重要因素。     

无机化学实验技能多元化评价的实践与探索

无机化学实验考核是对教师的教学质量和学生的学习质量两方面的检查和评定,是提高实验教学质量的有效措施。实验成绩的考核包括平时考核(40%)、过程考核成绩(30%)和期末考核试(30%)三部分。实践证明,这种考核方式不仅大大调动学生做实验的主动性和积极性,有效地提高学生综合能力,对于培养复合型人才具有重要的意义,同时也促进教师实验教学水平的提高。     

带寿命数据非线性随机效应模型的置信域(英文)

本文对带寿命数据非线性随机效应模型,建立了微分几何框架,推广了Bates Wates关于非线性模型几何结构.在此基础上,我们导出了关于固定效应参数和子集参数的置信域的曲率表示,这些结果是Bates and Wates(1980),Hamilton(1986)和Wei(1998)等的推广.     

胶州湾海域Landsat8/OLI数据处理中多种大气校正方法的评价

海洋水色遥感研究中,精确的水体遥感反射比R_rs(λ)光谱数据是应用海洋光学卫星数据反演海洋生物地球物理参数的关键。实际工作中,遥感反射比是根据遥感仪器接收到的辐亮度经大气吸收和散射校正、太阳距离以及太阳高度角校正后计算出来的。因此对卫星传感器数据进行大气校正是我们得到精确的水体遥感反射比光谱数据的关键因素之一,也是海洋水色遥感研究中的一个重要问题。胶州湾是黄海西部的一个半封闭海湾,是北温带海湾生态系统的重要代表,该海域内规划了大范围的海洋牧场养殖区域,水体生物光学性质复杂。Landsat是美国NASA的陆地卫星计划,最初是为了观测陆地而研发,但是其高空间分辨率(30 m)的优势在海洋遥感监测中表现突出,使得其成为卫星遥感监测河流、湖泊、内陆环湾等水体不可忽略的数据源之一。基于QA(quality assurance) Score光谱质量评价体系对Landsat8/OLI数据处理中五种大气校正算法在胶州湾海域的大气校正结果进行了评价分析。五种大气校正算法分别是NASA(National Aeronautics and Space Administration)标准近红外大气校正算法(Seadas采用为默认大气校正算法,记为Seadas Default);Acolite 默认大气校正算法—暗光谱拟合算法（dark spectrum fitting,记为Acolite DSF）;以及Acolite指数外推算法（exponential extrapolation）,根据算法中所使用波段的不同,分别记为Acolite SWIR, Acolite Red/NIR, Acolite NIR/SWIR。分析结果表明在胶州湾海域Seadas Default的大气校正算法得到的R_rs(λ)数据QA得分为1的概率（83.95%）要远大于Acolite DSF（49.66%）,Acolite SWIR（4.13%）,Acolite Red/NIR（7.25%）,Acolite NIR/SWIR（1.38%）四种大气校正算法。Acolite DSF大气校正算法优于Acolite SWIR,Acolite Red/NIR,Acolite NIR/SWIR。应用MODIS/Aqua卫星数据对Seadas Default大气校正算法和Acolite DSF大气校正算法处理Landsat8/OLI卫星数据得到的R_rs(λ)在443,483,561和655 nm的数据进行了对比分析,结果表明在各个波段的Seadas Default算法所得的大气校正结果都要优于Acolite DSF算法。据此,建议在胶州湾及其附近海域应用Landsat8/OLI数据进行遥感应用研究时以NASA标准近红外大气校正算法为首选。     

基于纵向数据的Poisson-Gamma模型系数的随机性检验

应用随机系数化方法对纵向数据的Poisson-Gamma回归模型进行了研究,采用Laplace展开方法得到了关于响应变量的近似似然函数并得到模型系数的随机性检验的Score统计量.通过Monte Carlo模拟分析了检验的渐近功效.最后把得到的检验统计量应用到具体的数值实例分析中说明其有效性.     

具有线性趋势回归信度模型的随机效应及线性趋势的Score检验

讨论了具有线性趋势的回归信度模型的随机效应和线性趋势的Score检验问题.首先分别推导出模型中随机效应存在性和线性趋势显著性这2种检验的Score检验统计量,然后利用Monte-Carlo方法分别模拟了此2种检验统计量的功效.功效模拟结果显示,2种检验统计量都有很好的检验效果.最后利用所得到的检验方法对旅客意外身体伤害保险数据进行了实例分析,分析结果表明,该数据集的随机效应是存在的,线性趋势也是显著的.