山羊和藏羚羊全基因组微卫星分布规律及其生物信息学分析

本文利用生物信息学方法搜索和统计了山羊和藏羚羊全基因组中完整型SSRs序列,并对其生物信息学特征进行比较分析.山羊和藏羚羊全基因组中SSRs总数量分别为920 300个和913 059个,占其全基因组长度的比例分别为5.56‰和5.39‰.山羊和藏羚羊全基因组SSRs六种重复类型的数量、比例、丰度和密度分布模式如下:单核苷酸SSRs二核苷酸SSRs三核苷酸SSRs五核苷酸SSRs四核苷酸SSRs六核苷酸SSRs,这六种重复类型SSRs特征相互比较有显著差异,而相同重复类型SSRs特征基本一致.山羊基因5′端非翻译区和外显子区均是三核苷酸SSR丰最丰富,其次依次是单核苷酸、二核苷酸、四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸;而其3′端非翻译区和内含子区均是单核苷酸SSR最丰富,其次依次是二核苷酸、四核苷酸、三核苷酸、五核苷酸和六核苷酸.山羊第1条染色体上SSRs数量最多,其次依次是第2条、X染色体、第6条、第4条和第8条染色体,而较少的是第25、28条染色体,所有染色体上SSRs丰度不存在显著差异.山羊和藏羚羊全基因组各重复类型优势SSRs序列基本一致,并与牛、绵羊全基因组中不同重复类型SSRs优势序列相一致.     

筛选微卫星位点的改进方法

微卫星位点是遗传学领域被广泛使用的分子标记。磁珠富集法筛选微卫星是一种新的方法,可以降低筛选时间以及劳动强度,大大提高微卫星位点的得率。本文主要实验步骤包括:(1)构建小插入片段基因组文库;(2)生物素标记的探针富集;(3)阳性克隆建库;(4)进行PCR筛选。在此路线的基础上,通过采用两次杂交富集的技术,对原有技术路线进行了方法改进。新的方法在提高阳性克隆率上取得了成功。     

封面故事

藏羚（Pantholops hodgsonii）,又名藏羚羊,隶属偶蹄日、牛科、藏羚属,为中国国家一级保护野生动物。藏羚羊是中国的特有物种,主要生活在青藏高原一带海拔4300-5100米的高山草原、草甸和高寒荒漠上,也有些生活在新疆阿尔金山一带。