一种新的分类方法——属性均值聚类属性支持向量机(AMC-ASVM)

在属性均值聚类(AMC)与支持向量机(SVM)的基础上,提出了一个新的模式分类算法——基于(属性)聚类的属性支持向量机算法(AMC-ASVM)。主要思想是利用属性均值聚类网络得到的具有概率信息(权重)的样本,来训练属性支持向量机,从而得到分类器。这种方法结合了属性聚类的稳定性与属性支持向量机可以利用加权样本的优点,适合处理具有强噪声的数据。另外,该方法也可以看作是堆近邻分类法的自然推广。在实验部分,将其用于结肠癌基因表达数据的处理。实验结果显示了AMC-ASVM在一定程度上优于最近邻,Boosting,堆近邻,SVM等方法。     

苹果褪绿叶斑病毒库尔勒香梨分离物外壳蛋白基因在大肠杆菌中的表达

将ACLSV CP基因克隆到表达载体ρET-28a( )中，转化大肠杆菌BL21，筛选得到阳性克隆pET-ACP，用IPTG诱导使其表达，SDS-PAGE电泳分析表明，预期的22kD外壳蛋白在大肠杆菌中得到大量表达，并加以纯化，用于制备抗血清。     

利用枯草杆菌整合表达嗜铬粒蛋白抗真菌片段

为实现CGA1-76片段基因在枯草杆菌中的稳定表达,将CGA1-76片段基因的表达元件重组到枯草杆菌转座子质粒pHV1249微转座子mini-Tn10内,利用mini-Tn10将CGA1-76片段基因的表达元件整合到枯草杆菌DB1342染色体上,用氯霉素和红霉素筛选枯草杆菌转座工程菌DB1342(TnSVTQ).DB1342(TnSVTQ)在无选择压力条件下经10 d连续传代培养,转座子内氯霉素抗性丢失率为0%,说明转座子稳定整合在DB1342染色体上.SDS-PAGE和免疫印迹分析结果表明,在蔗糖诱导下,CGA1-76片段基因在DB1342(TnSVTQ)中获得表达,产物被分泌到细胞外.孔穴琼脂扩散法测定表达上清的抑制真菌活性,结果表明重组CGA1-76能抑制烟曲霉菌和黄曲霉菌的生长,抑菌圈直径分别为9 mm和8 mm.     

拟南芥中MRG2与BAF60相互作用的研究

拟南芥MRG2(Morf Related Genes 2)是MRG蛋白家族成员之一,可以识别组蛋白H3K4和H3K36甲基化修饰,但是对于它是否具有其他生物学功能,目前了解还非常有限.我们首先通过免疫共沉淀结合质谱分析获得了MRG2结合蛋白,并对其中一个染色质重塑SWI/SNF复合体亚基BAF60蛋白进行了深入研究.体外Pull-down和双荧光互补实验证实了MRG2和BAF60在植物体内体外都能相互作用.已有研究表明:BAF60抑制异戊烯转移酶IPT(ISOPENTENYL TRANSFERASE)基因转录.RNA-seq和RT-qPCR数据都表明在mrg1mrg2双突变拟南芥植株中多个IPT基因转录水平明显升高.ChIP实验结果证明MRG2蛋白富集于IPT3基因编码区.综上所述,在植物细胞中MRG2和BAF60蛋白相互作用共同调控了IPT3基因的转录.这些研究对于理解MRG2在基因表达调控方面的功能具有重要意义.     

Construction and Expression of Human Survivin and Preparation of Its Polyclonal Antibody

Survivin, a novel member of inhibitor of apoptosis（IAP） protein family, is aberrantly expressed in cancer but undetectable in normal, differentiated adult tissues. The cancer-specific expression of survivin, coupled with its importance in inhibiting cell death and in regulating cell division makes it a useful diagnostic marker of cancer and a potential target for cancer treatment. Survivin cDNA amplified from the total RNA of 293 cells through RT-PCR was cloned into prokaryotic expression vector pRSET-B. The recombinant plasmid pRSET-B-Surv was expressed in E.coli BL21, and the relative molecule mass（Mr） of expressed fusion protein was approximately 21000. The recombinant protein was purified through Ni^2＋ affinity chromatography column and characterized by SDS-PAGE and Western blot. The purified recombinant protein was then injected into rabbits, and antisurvivin polyclonal antibody with a high titer was obtained.     

Cloning, Expression and Purification of Wheat Acetyl-CoA Carboxylases CT Domain in E.coil

The entire gene of carboxyltransferase(CT) domain of acetyl-CoA carboxylase(ACCase) from Chinese Spring wheat(CSW) plastid was cloned firstly,and the 2.3 kb gene was inserted into PET28a+ vector and expressed in E.coil in a soluble state.The (His)6 fusion protein was identified by SDS-PAGE and Western blot.The recombinant protein was purified by affinity chromatography,and the calculated molecular mass(Mr) was 88000.The results of the sequence analysis indicate that the cloned gene(GeneBank accession No.EU124675) was a supplement and revision of the reported ACCase CT partial cDNA from Chinese Spring wheat plastid.The recombinant protein will be significant for us to investigate the recognizing mechanism between ACCase and herbicides,and further to screen new herbicides.     

一种有效的算法在胃癌特征基因选取中的应用研究

基于基因表达谱运用信息科学的方法和技术建立胃癌的分类模型,关键在于准确找出决定样本类别的一组特征基因。针对该问题在分析胃癌的基因表达谱基础上研究了胃癌特征基因选取问题。本文在借鉴递归特征排除策略的基础上,将RFE_Relief方法应用到胃癌特征基因选取上,并用支持向量机作为分类器,以分类错误率为标准进行了胃癌的分类预测实验,实验结果表明了该方法的可行性和有效性。     

水杨酸对烟草GRPs基因表达的影响

通过RT-PCR得到富含甘氨酸RNA结合蛋白（GRPs）基因片段,利用northern杂交技术对水杨酸诱导不同时间不同烟草GRPs基因的表达模式进行研究.结果表明：水杨酸能诱导烟草GRPs基因上调表达,3 h达到最高,然后开始下降;但3个TMV抗性不同的供试烟草增加幅度不同,基因表达幅度与抗性有一定关系,抗性强的红花大金元表达增幅大于抗性较弱的云烟85.本研究明确了水杨酸诱导下烟草该基因的表达谱,揭示了SA诱导烟草不同抗性的品种的幅度不同,并且发现诱导后3 h为关键点,表明GRPs基因可作为烟草水杨酸代谢途径中的一个标记基因研究其途径对逆境的应答.     

蜂毒肽类似物的基因表达与构效关系

采用先前建立的蜂毒肽构效关系（QSAR）模型,预测设计了6条蜂毒肽类似物基因.采用Pichia pastoris表达系统,构建pPICZα-A-Mel重组质粒,电击转化酵母.以α-因子为分泌信号,在GS115中进行分泌表达.经筛选、诱导培养后,6×His亲和层析纯化表达产物,并经Tricine-SDS-PAGE电泳证实.新设计的6条类似物基因表达后的抑菌活性与重组天然蜂毒肽相比,4条增强,2条减弱.类似物【C】的抑菌效价是重组天然蜂毒肽的1.62倍左右,活性最强.类似物【B】的表达量最高,其抑菌活性仅次于【C】.6种类似物的溶血活性均降低至重组天然蜂毒肽的1/15以下.对蜂毒肽分子结构的优化设计合理,达到了保留或提高抑菌活性、降低溶血活性的目的.