不同组装软件在系统发育基因组学中的应用比较

为了筛选出最适合于超级保守元件(ultra-conserved elements, UCE)序列组装的软件，分别使用5款组装软件SPAdes、ABySS、Velvet、Trinity和Minia对17个UCE捕获测序文库进行组装.结果发现：5款组装软件对UCE数据的组装结果不同，Trinity组装所耗时间明显比其他软件长；SPAdes和Trinity的组装结果较好，得到的可观长度的重叠群(contigs)总数较多，产生的长片段(>250 bp)contigs较其他3款软件更多，但是SPAdes捕获到的UCE数量最多，因此，相比于其他4款组装软件，SPAdes更适合UCE数据的组装.本研究为基于UCE的系统发育基因组学分析提供了参考.     

两位大陆学者担任国际学术期刊编委

中国科学院昆明植物研究所高立志研究员分别应新创国际期刊American Journal of Plant Sciences（《美国植物科学杂志》）和Frontiers in Plant Genetics and Genomics（《植物遗传学和基因组学前沿》）的邀请，从2011年1月1日起担任该两期刊编委。     

2011热点研究论文和作者

又到了Science Watch对热点研究进行年度回顾的时刻。根据2009-2011年所发表的论文在2011年获得的引用次数,表1列出了最具影响力作者名单。表2展示的是发表于2011年,且截至2011年底获得引用次数最多的论文(不包括综述)。在2011年拥有多篇热点论文的作者排名中(表1),位居首位的是一个我们熟知的名字:麻省理工-哈佛搏德研究所(Broad Institute of MIT and Harvard)的Eric     

中科院微生物所DNA芯片分析平台投入使用

不久前，中国科学院微生物所基因组联合中心DNA芯片分析平台正式投入使用。DNA芯片技术是近十年来发展起来的一项进行基因组学研究的新技术，主要应用于微生物比较基因组学，人类癌症基因组学、人类基因组单体型图、动物基因组学、植物基因组学、疾病诊断和治疗、药物筛选、农作物优育优选、司法鉴定、食品卫生监督、环境检测等领域。其主要特点是可以对生物样品进行快速、高通量的比较基因组学研究，是进行生物个体及群体基因组学研究必不可少的工具。此次微生物所构建的DNA芯片平台采用美国NimbleGen公司的先进技术，配以Genpix 400B芯片扫描仪、MAUI杂交炉等先进仪器设备。     

中国与澳大利亚新南威尔士州科技与经济合作

制造业占工业总值14%,包括机械设备、航空、制药、汽车零件、金属产品、化工、食品饮料。初级产业占工业产值4%,包括农业、林业、畜牧业、矿产。新州的科技及产业优势,新州有11所大学、130所技术院校,电子商务处于全球领先地位,服务器每百万人平均拥有率居全球第3位,人均移动电     

国际基因组学与生物技术盛会在杭召开——各国专家济济一堂探讨人类未来

8月27日上午,来自世界各地的国际基因专家汇聚在美丽的西子湖畔,共同参加人类基因组研究的国际盛会——国际基因组学与生物技术研讨会。而在此之前的一天,8月26日,经过我国科学家们的共同努力,国际人类基因组计划中国部分“完成图”提前两年绘成,并通过了由国家科技部和中国科学院联合组织的专家验收。这是一个伟大的日子。     

功能基因组学研究

功能基因组学概述２０世纪有三大科学工程:曼哈顿原子弹计划、阿波罗人类登月计划和人类基因组工程计划。人类基因组研究发端于１９９０年启动的美国“人类基因组计划”（ＨＧＰ）。ＨＧＰ的科学目标是绘制遗传图和物理图,并于２００５年最终获得人类基因组ＤＮＡ全序列。此即通常所称的“结构基因组学”时代。世纪之交实施的这项宏伟的科学计划以其鲜明的前沿性、先进性和带动性,将使生命科学成为２１世纪的主流科学,并将成为新技术、新产业的基础和生长点。世人对之寄予厚望。ＨＧＰ启动以来,在构建遗传连锁图、物理图、测序和基因识别等…     

重复序列查找软件Repfind的原理与结构简介

重复序列查找是基因组学的重要内容之一．该文结合我们自己的回顾性分析结果，对重复序列查找程序Repfind的原理、结构和使用方法进行了简单的介绍．     

卫生部细胞生物学重点实验室

“十五”期间,中国医科大学卫生部细胞生物学重点实验室在原细胞生物学教研室(含电镜中心实验室)基础上,相继成立了发育生物学研究室、医学基因组学研究室、生物芯片研究中心,其中生物芯片研究中心于2001年被批准为沈阳市生物芯片研究与开发中心。由上述4个研究单元共同组成的细胞生物学重点实验室在2003年被批准为辽宁省高校重点实验室(A级),2005年被批准为辽宁省首批省部共建教育部重点实验室。实验室面积3000余平方米,仪器设备总值近2000万元,拥有高级荧光显微镜、共聚焦激光扫描显微镜、电子显微镜、激光捕获显微切割系统、变性高效液…     

刊中刊

“人类基因组项目”发表人类基因组序列初稿10周年。为了进行周年纪念，杂志发表了三篇关于人类基因组学的重要论文。来自“美国国家人类基冈组研究所”的EricGreen和MarkGuyer等人介绍了关于基因组医学未来的一个设想。见证了‘八类基因组项目”诞生的EriCLander回顾了基因组学方面已经取得的成就，并对未来前景作了推测。ElaineMardisi讨论了在过去10年推动基因组研究快速发展的DNA测序技术。