我国不同地域牦牛BLG基因部分核苷酸序列同源性分析

设计一对PCR引物，寡聚核苷酸序列的上游引物为5’-gCg，AAT，TCA，TCC，CAC，gTg，CCT，gC-3’，下游引物为5’-gAg，AAT，TCC，Tgg，ggA，ggg，ACC，TT-3’。经68℃退火及30轮循环的PCR程序后，分别克隆了来自我国甘肃、青海和云南地区牦牛β乳球蛋白基因的5’调控区1447bp的DNA片段。将该片段从琼脂糖凝胶中回收，克隆在pMD18-T Vector后进行序列测定。序列分析结果表明，甘肃牦牛与青海牦牛该序列的核苷酸同源性为98、13％，与云南牦牛该序列的核苷酸同源性为97．65％，青海牦牛与云南牦牛该基因片段的核苷酸序列同源性为99．45％。     

青海省称多县野生狐狸棘球绦虫CO Ⅰ基因多态性分析

为进一步了解野生狐狸在棘球属绦虫感染传播的情况,搜集并解剖野生狐狸6只,对搜集的其中4株多房棘球绦虫、2株石渠棘球绦虫的线粒体DNA（mtDNA）细胞色素氧化酶第1亚基（COⅠ）基因进行同源性分析.结果显示：6只野生狐狸中有2只感染多房棘球绦虫,感染强度分别为1640和839,1只感染石渠棘球绦虫,感染强度为833;线粒体DNA CO Ⅰ基因扩增得到了363 bp的目标片段,其中4株多房棘球绦虫与GenBank中检索到的基因序列（AB461417）一致性达到100％,2株石渠棘球绦虫的mtDNA CO Ⅰ基因序列与GenBank中检索到的基因序列（AB159136）一致性达到99.2％,有3处碱基置换位点.称多县野生狐狸肠道内寄生着棘球属绦虫,对其防控研究应该引起重视.     

云南3个不同地区水稻矮缩病毒S8片段的序列分析

用RT-PCR方法从云南昆明、玉溪和陆良3个地区的水稻样品中扩增到水稻矮缩病毒S8全长片段,核苷酸测定及序列分析表明,水稻矮缩病毒云南昆明、玉溪及陆良分离物S8片段全长均为1356 bp,含一个1266 bp的ORF,编码421个氨基酸.核苷酸和氨基酸同源性分析表明,4个中国分离物S8片段之间的核苷酸同源性为97.9%,其编码的氨基酸同源性为98.6%;4个中国分离物与日本分离物的S8片段核苷酸同源性和氨基酸相似性分别为94.7%和98.1%.昆明、陆良、玉溪和福建分离物应属同一株系,而日本分离物应属另一株系.     

大腹圆蛛拖丝蛋白基因3'端克隆和序列分析

用PCR(Polymerase Chain Reaction)技术从大腹圆蛛主壶腹腺组织的基因组DNA和RNA中分别扩增获得编码拖丝蛋白基因的3'端基因序列,克隆PCR产物到pDrive载体,经PCR、限制性酶切筛选和序列分析后证明获得了蜘蛛拖丝蛋白基因两个克隆AvDS1和AvRS2.基因序列和氨基酸序列分析表明AvDS1和AvRS2具有拖丝蛋白基因序列和蛋白质氨基酸序列特有的结构特征,氨基酸序列中存在4个motifs-(A)n(GA)n(GFGX)n以及(GGX)n.AvDS1与基因库中已报道的蜘蛛拖丝蛋白基因序列同源性较低,而AvRS2与已经报道的Nephila clavipes拖丝蛋白基因组分-1的同源性可达91%,推测AvRS2是编码大腹圆蛛拖丝蛋白基因组分-1基因片段.比较这两个克隆的核苷酸序列和氨基酸序列,发现它们之间没有同源性.推测它们是同一基因的不同片段,或是编码大腹圆珠拖丝蛋白的两个基因组分. 明AvDS1和AvRS2具有拖丝蛋白基因序列和蛋白质氨基酸序列特有的结构特征,氨基酸序列中存在4个motifs-(A)n(GA)n(GFGX)n以及(GGX)n.AvDS1与基因库中已报道的蜘蛛拖丝蛋 基因序列同源性较低,而AvRS2与已经报道的Nephila clavipes拖丝蛋白基因组分-1的同源性可达91%,推测AvRS2是编码大腹圆蛛拖丝蛋白基因组分-1基因片段.比较这两个克隆的核苷酸序列和氨基酸序列,发现它们之间没有同源性.推测它们是同一基因的不同片段,或是编码大腹圆珠拖丝蛋白的两个基因组分. 明AvD     

Some Properties of Aut（X） and the Subgroup Aut∑（X）

Let Aut. （X） denote the group of homotopy classes of self-homotopy equivalences of X, which induce identity automorphisms of homology group. We describe a decomposition of Aut. （X1 V…VXn） as a product of its simpler subgroups. We consider the subgroup Aut∑（X） of all self homotopy classes α of X such that ∑α=1∑X： ∑X → ∑X, and also give some properties of Aut∑（X）.     

38株紫色土硅酸盐细菌的遗传多样性和分类地位

利用BOX-PCR指纹图谱、结合16S rRNA全序列分析对分离自四川和重庆紫色土的38株硅酸盐细菌和2株参比菌株的遗传多样性和分类地位进行了研究.BOX-PCR指纹分析结果表明,尽管都是分离自紫色土的硅酸盐细菌,但是其遗传多样性明显,分别在54%相似性水平上分为4遗传群,约50%的供试菌株与胶胨样芽孢杆菌Bacillus mucilaginosus VKPM 7519T聚在一群.对代表菌株K28和K38的16S rRNA全序列分析表明,K28与B.muculaginosus 180D的16S rRNA全序列相似性为95.9%,而K38则与蜡质芽孢杆菌(Bacillus cereus) ATCC14579同源性高达99.9%,这是初次发现硅酸盐细菌在蜡质芽孢杆菌(B.cereus)中有分布.     

基于融合节点序列信息的漏洞同源性判别

软件漏洞是信息系统面临的主要安全威胁之一,而软件大多数以二进制形式存在,研究有效的二进制程序函数漏洞同源性判别方法,挖掘应用程序中已披露漏洞的同源漏洞,对于提高软件系统安全性具有重要意义。针对现有二进制程序函数漏洞同源性判别方法存在的忽略控制流图节点序列信息的问题,提出了一种融合节点序列信息的漏洞同源性判别方法。该方法提取二进制程序函数的控制流图,利用特征工程及Structure2vec网络将其转化为属性控制流图节点的向量表示,通过长短期记忆网络提取节点序列特征,对节点向量进行聚合得到函数向量表示,结合孪生神经网络计算余弦距离判别可疑函数。实验结果表明,该方法能够全面提升二进制程序函数漏洞同源性判别效率和查全率。     

Bacillus sp.XJ1-05菌株GbsA基因的克隆及其生物信息学分析

根据地衣芽孢杆菌Bacillus licheniformis ATCC 14580的GbsA基因(GeneID:3027576)的核甘酸序列设计1对特异性引物.通过PCR的方法扩增由本实验室分离的中度嗜盐菌Bacillus sp.XJ1-05的GbsA基因,经T/A克隆,插入到pBS-T载体上进行序列测序,结果表明得到的GbsA基因的开放阅读框(ORF)全长为1473bp.在Genbank数据库中进行同源性检索,结果表明:其与Bacillus licheniformis ATCC 14580的GbsA基因的氨基酸序列同源性高达97%.生物信息学分析表明:该GbsA基因编码蛋白无信号肽,无跨膜区域,高亲水性,有2个醛脱氢酶作用位点.     

基于量子神经网络的网络攻击同源性判定方法

探讨大数据背景下网络攻击同源性的分析方法,为攻击场景还原、攻击定性及攻击者溯源提供依据。提出了一种基于证据链的攻击描述方法,并归纳出各环节代表特异性的关键指纹,进一步构建了相应的网络攻击同源性判定模型,使用编辑距离计算攻击链单一环节之间的特征相似度,通过量子神经网络方法对多个攻击环节的相似性进行算法综合,进而实现网络攻击的同源判定。测试结果表明,该方法能够有效地对网络攻击进行同源性判定,相比基于样本的方法更加准确、可靠。该工作为大数据下提高网络攻击溯源能力及自动化水平探索了一条有效途径。     

牛精子发生相关新基因b-DAZL的克隆、生物信息学分析与组织表达研究

人和多种动物的DAZL(Deleted in AZoosPermia-like)基因是精子发生的重要调控因子,DAZL基因突变或表达缺乏将导致精子发生过程减数分裂障碍和雄性不育.文中采用电子克隆和克隆测序方法获得了黄牛DAZL,基因cDNA全序列,利用生物信息学方法进行黄牛DAZL基因序列和蛋白结构分析,并对黄牛、牦牛和犏牛DAZL基因的组织表达特征进行了分析.结果发现黄牛DAZL,基因cDNA全长2509 bp,编码295个氨基酸(命名为b-DAZL);b-DAZL基因含有12个外显子和11个内含子,定位于牛1号染色体末端;b-DAZL基因与哺乳纲各物种同功能基因开放阅读框的同源性为90%一94%,其编码蛋白含有DAZL典型的RNA识别基序(RRM),DAZ重复基序,Pumilio一2和PABP作用位点.RT-PCR结果显示b-DAZL,基因仅在成年黄牛和成年牦牛睾丸、卵巢组织中表达,在成年F1代犏牛的卵巢组织中表达而在睾丸组织中检测不到表达信号,且犏牛睾丸组织切片表现出DAZL,基因缺失的典型精子发生障碍表型,因此推测b-DAZL基因在牛精子发生过程中发挥重要作用,可能与F1代犏牛雄性不育相关,是犏牛雄性不育的候选基因.