结构信息指标及其应用

自量子力学建立以来,对原子和分子结构和性质的研究获得了巨大的进展,从微观层次上考察核和电子的运动,以及与这些运动有关的物质和能量的变化等课题,引起了化学家们极大的关注。这一领域中取得的成就无疑是本世纪科学发展的重大事件之一,它改变了并正在继续改变着化学的面貌。信息的概念是二十世纪科学中出现的另一个重要概念。按N.Wiener的意见:“信息既     

水煤气变换反应的微观动力学分析──Cu基催化剂上H_2S中毒失活原因的 Monte Carlo 模拟研究

用ＢＯＣＭＰ方法及ＭｏｎｔｅＣａｒｌｏ模拟技术，对Ｈ２Ｓ导致Ｃｕ基催化剂失活的原因进行了计算分析。研究结果表明，当原料气中存在Ｈ２Ｓ时，ＷＧＳ反应的活化能明显高于无Ｈ２Ｓ时的活化能，随着表面Ｈ２Ｓ浓度的增大（θ＝０，０．１０，０．２５），反应的活化能也逐渐变大（其大小比为１∶１．３４∶３．３），究其原因可归结为Ｈ２Ｓ的存在使得反应物分子的吸附热减小，从而使Ｈ２Ｏ的解离吸附（ＷＧＳ反应的速控步骤）活化能增大。     

2006年国际生物-纳米-信息融合大会暨2006年国际生物芯片技术论坛

会议由清华大学、生物芯片北京国家工程研究中心、科技部、教育部、国家自然基金委等单位共同主办，由生物签片北京国家工程研究中心具体筹办。会议主要议题。     

手性氮磷配体与钌的配位过程的研究—原位变温 31P核磁及分子模拟计算

用原位变温 ³¹P NMR和分子模拟研究了手性氮磷配体与金属钌的配位过程。首先确定了配体及其与金属的配合物的化学位移信号分别在δ=-13.0ppm和δ=48.2ppm。配位过程在293～343K温度范围内,相继生成四配位和五配位中间体。四配位体在 ³¹P NMR上对应于30.8ppm和-15.0ppm的两个信号;五配位中间体对应于35.1ppm和-16.5ppm的两个信号;最后在343K,产物中只有六配位的配合物存在,其信号出现在48.2ppm。为了得到各种中间体的结构,用分子模拟方法进行了结构优化计算,并比较了它们的构象能。计算结果表明,四配位中间体有两种构象,能量相差9kcal·mol^-1,它们可能同时存在于平衡状态。而五配位中间体只有一种绝对优势构象,尚有一个磷原子未参与配位。六配位的钌金属配合物的结构优化结果显示,两个氯原子分别位于PNNP原子所构成平面的两侧。其构象能为162.0kcal·mol^-1,其中键角能的贡献是112.5kcal·mol^-1,而非键静电作用是-41.4kcal·mol^-1,这表明分子内的静电吸引力对于形成完全配位产物是十分有利的,但是收敛的配体分子却承受了较大的键角张力。     

ZnCl2熔盐的分子动力学模拟

近年来，若干作者根据几种粒子间函数，对ZnCl2熔盐结构做过分子动力学模拟［1－3］其出的Zn－Cl和Cl－Cl离子间的偏径向分布函数与中子衍射实测值符合较好，但Zn－Zn离子间距以及Zn－Zn间配位数计算值多偏高．鉴于Busing势函数在多价卤化物馆盐的分子动力学计算中应用效果较好[4],我们试用Busing势函数为基础对ZnCl2熔盐结构和能量做分子动力学计算．1研究方法计算所用粒子势为Busing势函数此处，Zi为离子的电行数（ZZn。＋＝2，Zcl－＝1），几；是离子有效半径，人为＊离子的“硬度”参数·据文献问，f二0．005071，尸zn。十二0．…     

卟啉超分子化合物在分子器件中的应用

分子电子器件已成为近年来的一个研究热点，卟啉类化合物因为光敏性好、性能稳定、易于修饰等优点成为分子器件研究的理想模型化合物。本文着重介绍了它在分子器件中的最新应用进展。     

N2,O2水溶液光谱的分子动力学模拟

用分子动力学模拟方法研究了N2和O2水溶液的光谱性质．给出了能描述分子内部运动的溶质－溶剂相互作用势．对溶质和溶剂原子的速度自相关函数（VACF）作了计算．讨论了所得VACF的性质并计算了其谱密度．溶质分子振动谱出现的红移，与液态N2，O2的Raman实验结果相吻合．模拟得出的转动谱表明了溶剂分子对溶质转动运动的阻滞，模拟结果也表明VACF计算对溶液和液体光谱的研究十分有效．     

铜离子(II)抑制Aβ 多肽聚集机理的分子模拟

大脑中淀粉样β多肽(Aβ)的纤维化沉积是Alzheimer氏症(AD)的一个关键性病理事件. 体外实验发现, 近生理浓度的锌离子即有很强的诱导Aβ 聚集的能力. 铜离子在一定条件下能够强烈地抑制锌离子诱导的Aβ 聚集. 铜离子作为体内锌离子的潜在抑制剂引起了人们的关注. 本文通过分子模拟法研究了铜离子抑制Ab聚集的可能机理. 在单环模式中发现Y10残基有明显的促螺旋化作用, [Cu-H13(Nπ)-Y10(OH)]配合物形成了局部准3.010螺旋结构. 在多环模式中发现Q15和E11残基的侧链协同配位使体系能量大幅降低, 变构效应显著. 配合物[Cu-3N-Q15(O)- E11(O1)]和[Cu-H13(Np)-Y10(OH)]由于变构为准螺旋构象, 极可能以可溶形式存在于溶液中. 另外, 发现氢键作用是Ab 聚集的主要驱动力. 以上结果将有助于进一步加深对铜离子与AD致病机制之间关系的理解并制定相应的“抗淀粉样沉积”的治疗策略.     

金属铜升温熔化过程的分子动力学模拟

采用分子动力学方法模拟了金属铜的升温熔化过程.原子间作用势采用FS (Finnis-Sinclair)势，结构分析采用双体分布函数(PCF)、均方位移(MSD)等方法.计算结果表明,在连续升温过程中，金属铜在1444 K熔化，在该熔化点的扩散系数为4.31×10－9 m2•s－1.上述结论与实验值相当接近，并且比之采用EAM镶嵌原子势所作模拟得到的结果更佳，说明FS势可以用来处理象液铜这样较复杂的无序体系.本文指出了升温速率在金属熔化过程中所起的作用.     

Al（Ⅲ）与黄酮类化合物及BSA的相互作用

在模拟生物环境中，用紫外可见吸收光谱法研究了中草药成分黄酮类化合物桑色素、芦丁与铝离子和桑色素、芦丁与铝离子和牛血清白蛋白的配合物的相互作用。结果显示桑色素、芦丁在模拟生物环境中能够与铝相互结合，并能够拮抗铝离子与牛血清白蛋白的结合。初步讨论了黄酮类化合物与牛血清白蛋白竞争铝离子的机制，并计算出了芦丁与铝离子的表观稳定常数。