Generalised expressions for the association and dissociation rate constants of molecules with multiple binding sites

ABSTRACT

Many proteins exhibit multiple binding patches. A patch may harbour a key chemical modification site, but may also simply act as a trap for the binding to another site. Here we consider the scenario in which one molecule (enzyme) binds another molecule (substrate) which contains two sites. We present microscopic expressions for the rate at which the enzyme binds to a particular site on the substrate, both for the scenario in which the enzyme directly binds the site without first visiting the other site, and for the case in which it may visit the other site an arbitrary number of times before binding to the site of interest. We also present the expressions for the corresponding dissociation reactions. These expressions can be used to compute in a single rare-event simulation of the dissociation pathway not only both the intrinsic and effective dissociation rate constants but also both association rate constants.     

认知无线电网络中提高传输层端到端吞吐率的跨层参数配置

在认知无线电网络中, 传输层端到端(TCP)吞吐率是衡量网络性能的重要指标. 前期相关研究大都具有以下两方面缺点: 第一, 大部分研究只考虑了协议底层参数来优化物理链路性能, 对传输层性能有所忽略; 第二, 目前的研究大都基于马尔可夫决策过程建模, 这需要网络具有完全知识, 使得这类模型的应用受到很大限制. 针对以上问题, 本文提出一种新的算法: 网络中每个节点通过联合配置物理层调制方式、发射功率、 链路层信道接入和TCP拥塞控制因子来找到传输层端到端近似最优吞吐率. 由于无线设备对环境感知存在误差, 本文将网络模型建模为部分可观测马尔可夫决策过程, 并将其转换成信念状态马尔可夫决策过程, 采用Q值迭代找到近似最优策略. 仿真分析表明, 提出的算法能在动态无线环境下以一定的误差限收敛于最优策略, 能在功率受限条件下, 有效提高传输层端到端吞吐率.     

基于半导体光放大器进行光标签提取的性能分析

利用半导体光放大器增益饱和数学模型,第一次分析了基于单个半导体放大器进行光标签提取的节点性能.通过对半导体光放大器的参量分析和优化,仿真显示,对于标签速率2.5 Gb/ s 、净荷速率40 Gb/s 的光分组包,提取的标签消光比可达到13 dB.     

一类混沌神经网络的全局同步

研究了一类时滞混沌神经网络的全局同步问题.应用驱动-响应同步方法和线性矩阵不等式技术，给出了时滞混沌神经网络全局同步的充分条件和同步控制器设计方法，而且所得到的控制器易于实现.仿真示例验证了本文方法的有效性. 关键词： 混沌神经网络 同步 驱动-响应法 线性矩阵不等式     

基于DIGNET网络的数据融合方法

针对数据融合和目标识别的特点,提出了基于DIGNET自组织聚类人工神经网络的数据融合方法。考虑到多传感器系统测量多个参量的特点,用并行的子网络结构代替中间隐层,实现了基于决策层的信息融合目标识别。利用仿真数据对基于DIGNET的数据融合方法进行了实验研究。实验结果表明,该方法具有数据正确分类率高和抗噪能力强等优点,有效地实现了融合识别。将该方法应用于前视红外和可见光双传感器目标跟踪系统的数据融合识别是可行的。     

受扰统一混沌系统基于RBF网络的主动滑模控制

针对受外扰影响的统一混沌系统,提出一种基于径向基函数(RBF)神经网络的主动滑模自适应控制方法.将被控系统分解为受控子系统和自由子系统,利用主动控制思想,建立受控子系统在目标点处的状态误差的可控标准型,设计出一个结构简单的基于滑模趋近率在线参数整定的RBF函数神经网络控制器,并且基于Lyapunov稳定性理论分析了系统的稳定性.仿真结果表明该控制器对系统参数突变和外部干扰具有鲁棒性,同时抑制了抖振. 关键词： 统一混沌系统 主动控制 滑模控制 RBF网络     

Influence of adhesion of silica and ceria abrasive nanoparticles on Chemical-Mechanical Planarization of silica surfaces

We report on a direct measurement of adhesion between abrasive nanoparticles of irregular shape, which are used in semiconductor industry in the process of Chemical-Mechanical Planarization (CMP), and silica surface. The adhesion of ceria and silica nanoparticles to silica surface is measured in multiple chemistries of different CMP slurries using a specially developed atomic force microscopy (AFM) method. Using this method, we study the influence of adhesion on the main parameters of CMP, removal rate and defectivity, scratches. While being plausible to expect correlation between these parameters and adhesion, it has not been systematically studied as of yet. We observed direct correlation between adhesion and removal rate. Comparing the measured defectivity and adhesion, we observe the presence of some correlation between these parameters. We conclude that both adhesion and shape of abrasive particles influence defectivity, micro-scratches. Direct measurements of the adhesion between abrasive nano-particles and surface can be used in the screening of new slurries as well as various modeling related to wearing of the surfaces.     

具有随机节点结构的复杂网络同步研究

针对具有随机节点结构的复杂网络, 研究其同步问题. 基于Lyapunov稳定性理论和线性矩阵不等式技术给出了复杂网络同步稳定的充分性条件, 该充分性条件不仅与复杂网络的状态时延有关, 还与节点结构的概率分布有关. 数值仿真表明本文方法的有效性. 关键词： 复杂网络 随机节点 同步稳定 时滞     

三维RC网络仿真异质材料的通用介质响应

提出了一种三维RC网络模型,并采用MATLAB及C语言对该模型进行编码、建模和仿真,得到了该网络的归一化复介电常数.分别计算了元件数为54,144,300,540和882的三维RC网络,结果表明,元件数为300及其以上的网络,其通用介质响应(UDR)特性趋于稳定;获得了电容分别为100nF,10nF,1nF和100pF时,540个元件RC网络的归一化复介电常数与频率关系的仿真结果;仿真了540个元件的RC网络中,电阻比例分别为4％,7％,10％,16％和33％时,归一化复介电常数与角频率ω的 关键词： 三维RC网络 异质材料 介电常数 通用介质响应