Formation Mechanism and Stability Study of Konjac Glucomannan Helical Structure

The formation mechanism and stability of konjac glucomannan (KGM) helical structure were investigated by molecular dynamic simulation and experimental method. The results indicate that the molecular conformation of KGM is a non-typical helical structure. In detail, helical structure of KGM is mainly sustained by acetyl group, whose size and stability are affected by the molecular polymerization degree of KGM. In vacuum among the non-bonding interactions, electrostatic force is the greatest factor affecting its helical structure, but in water solution, hydrogen bond affects the helical arrangement greatly. To our interest, temperature exhibits a reversible destroying effect to some extent; the helical structure will disappear completely and present a ruleless clew-like arrangement till 341 K. This work suggests that the method of combining molecular dynamic simulation and experiment tools can be effective in the study of KGM helical structure.     

水分子团簇结构的改变及其生物效应

概述了近30年来从水分子团簇结构的发现到水分子簇的稳定结构及相关理论计算的研究进展;总结了改变水分子团簇结构的四种方法．包括外加磁场、外加电场、激光辐射以及直接加热法．分别讨论了这四种方法的作用机理;最后简要介绍了改变水分子团簇结构所诱发的生物效应,并对该领域的研究前景作了展望。     

A Global Minimization Algorithm for Empirical Contact Potential Functions

Global minimization algorithm is indispensable to solving the protein folding problem based upon thermodynamic hypothesis. Here we propose a pseudo potential function, contact difference(CD), for simulating empirical contact potential functions and testing global minimization algorithm. The present paper covers conformational sampling and global minimization algorithm called BML03, based upon Monte Carlo and simulated annealing, which is able to locate CD‘s global minimum and refold extended protein structures into one swith root mean square distance(RMSD) as small as 0.03 nm from the native structures. For empirieal contact potential functions, these results demonstrate that their global minimization problems may be solvable.     

不同温度下HMX和RDX晶体的感度判别和力学性能预估分子动力学比较研究

为探讨和比较炸药黑索金(RDX)和奥克托今(HMX)晶体的结构、 能量和力学性质随温度的递变规律, 在COMPASS力场和NPT系综下, 对其合适的等原子数超晶胞模型分别进行5个温度(195, 245, 295, 345和395 K)下的分子动力学(MD)周期性模拟研究. 结果表明, 随着温度的升高, RDX和HMX晶体引发键N-NO₂的最大键长(L_max)的逐渐增大以及引发键连双原子作用能(E_N-N)和内聚能密度(CED)的逐渐减小均与感度随温度升高而增大的实验结果一致; 且在各温度下, RDX晶体的L_max均大于HMX晶体的L_max, 与HMX相比, RDX的E_N-N和CED均较小, 上述结果与RDX比HMX感度大的实验结果相符. 由此表明, 在一定条件下, L_max, E_N-N和CED可用于高能物质的热和撞击感度的相对大小的判别. 基于MD模拟原子运动轨迹, 用静态法求得2种晶体的弹性力学性能, 发现拉伸、 体积和剪切模量均随温度的升高而递减, 与实验结果一致.     

白藜芦醇负离子与Ag+化合物的振动光谱研究

本研究采用密度泛函理论不仅对顺式和反式白藜芦醇的结构、IR和Raman光谱进行了计算模拟和分析指认,而且还考察了其负离子与Ag~+结合后的结构和相应的光谱分析。研究结果表明:(1) Ag~+结合在白藜芦醇的单酚羟基位时,会大大提高拉曼活性;(2)可以通过连接两个酚的C=C的伸缩振动(1650 cm~(-1))的拉曼活性不同鉴别顺式和反式白藜芦醇的结构。这开启了一个新的观测窗口来探测白藜芦醇的顺反转变过程;(3)Ag~+结合白藜芦醇负离子后,与Ag相连的C-O伸缩振动的拉曼活性加强,从而可以据此来确定白藜芦醇负离子是否与Ag~+相结合;(4)通过谱峰的数目可以区别顺式和反式白藜芦醇负离子与Ag~+结合的结构。本研究结果不仅对采用光谱方法区分结构,而且对理解表面增强拉曼光谱(SERS)具有重要的意义。     

非等活性加核自缩合乙烯基聚合体系回转半径的Monte Carlo模拟

利用Monte Carlo模拟方法研究了加核自缩合乙烯基聚合反应体系中超支化高分子的二次回转半径随双键转化率的变化情况. 在模拟中, 重点考察了两类活性基团的反应活性差异、 引发核的配比及基团数等因素对超支化高分子均方回转半径的影响. 结果表明, 上述因素对于超支化高分子的尺度有着显著影响, 从而可为调控体系中高分子的空间尺度提供有效途径.     

模拟细胞色素P—450的仿生氧化反应的研究（Ⅴ）：氯合5,10,15,…

系统地考察了一系列氯合５，１０，１５，２０－四取代苯基卟吩合铁（Ⅲ）Ｔ（Ｒ－Ｐ）ＰＲｅ（Ⅲ）Ｃｌ（Ｒ＝ｏ，ｍ，ｐ－Ｍｅ，ＭｅＯ，Ｃｌ，Ｂｒ，Ｉ，ＮＯ２，ｏ－ｔ－Ｂｕ，ｐ－ｔ－Ｂｕ，ｏ－ＮＨ２，Ｅｔ，ｉ－Ｐｒ）作模拟酶单加氧催化剂，以亚碘酰苯作供氧体对环己烷进行羟化反应时的取代基效应，环己醇产率随取代基Ｒ的拉电子性增强而提高，对位取代基数σｐ与环己醇产率间存在Ｈａｍｍｅｔｔ线性相关式：ｌｇ（ＹＲ／Ｙ     

ZnCI~2-KCI系溶液的分子动力学模拟

用Busing离子间势,对ZnCI~2-KCI 系熔盐液的结构作分子动力学计算机模拟研究,模拟结果与中子衍射,X射线衍射,Raman光谱和红外光谱的若干结构相符.     

ZnCl2熔盐的分子动力学模拟

近年来，若干作者根据几种粒子间函数，对ZnCl2熔盐结构做过分子动力学模拟［1－3］其出的Zn－Cl和Cl－Cl离子间的偏径向分布函数与中子衍射实测值符合较好，但Zn－Zn离子间距以及Zn－Zn间配位数计算值多偏高．鉴于Busing势函数在多价卤化物馆盐的分子动力学计算中应用效果较好[4],我们试用Busing势函数为基础对ZnCl2熔盐结构和能量做分子动力学计算．1研究方法计算所用粒子势为Busing势函数此处，Zi为离子的电行数（ZZn。＋＝2，Zcl－＝1），几；是离子有效半径，人为＊离子的“硬度”参数·据文献问，f二0．005071，尸zn。十二0．…     

面心立方C60表面过程的计算机模拟

近年来发现的C60及其金属掺杂化合物形成一个新的材料族，其半导体性质、超导性质及非线性光学性质已受到广泛注意，但目前对这类材料的表面性质尚缺乏研究，我们曾采用参数化的Lenard－Jones6－12模型函数比较不同晶型C6o的相对稳定性　[1]，预测面心立方C60（FccC60）的声子散射频率和态密度[2]，并计算其表面能[3]，取得有意义的结果，表明这一简单模型势能函数是C60分子间有效范德华作用的一种合理抽提．本工作进一步将该势能函数应用于研究fccC60表面吸附分子的迁移机理，并用蒙特卡罗方法模拟fcC（110）及（100）晶面的熔化过程，…