Site mapping and small molecule blind docking reveal a possible target site on the SARS-CoV-2 main protease dimer interface

The SARS-CoV-2 virus is causing COVID-19 resulting in an ongoing pandemic with serious health, social, and economic implications. Much research is focused in repurposing or identifying new small molecules which may interact with viral or host-cell molecular targets. An important SARS-CoV-2 target is the main protease (M^pro), and the peptidomimetic α-ketoamides represent prototypical experimental inhibitors. The protease is characterised by the dimerization of two monomers each which contains the catalytic dyad defined by Cys¹⁴⁵ and His⁴¹ residues (active site). Dimerization yields the functional homodimer. Here, our aim was to investigate small molecules, including lopinavir and ritonavir, α-ketoamide 13b, and ebselen, for their ability to interact with the M^pro. The sirtuin 1 agonist SRT1720 was also used in our analyses. Blind docking to each monomer individually indicated preferential binding of the ligands in the active site. Site-mapping of the dimeric protease indicated a highly reactive pocket in the dimerization region at the domain III apex. Blind docking consistently indicated a strong preference of ligand binding in domain III, away from the active site. Molecular dynamics simulations indicated that ligands docked both to the active site and in the dimerization region at the apex, formed relatively stable interactions. Overall, our findings do not obviate the superior potency with respect to inhibition of protease activity of covalently-linked inhibitors such as α-ketoamide 13b in the M^pro active site. Nevertheless, along with those from others, our findings highlight the importance of further characterisation of the M^pro active site and any potential allosteric sites.     

算子Dα及其刻划的亚纯p叶函数类

用算子Dα刻划了亚纯星象函数,亚纯凸象函数,亚纯近于凸函数和亚纯拟凸函数的新子类,建立了包含关系,讨论了这些类中函数积分算子的性质.     

电压敏感染料di-4-ANEPPS的光谱研究

实验研究了电压敏感染料di-4-ANEPPS在家兔心肌组织中的吸收光谱和荧光光谱特性。结果表明,含染料组织的光吸收普遍大于对照组,在450～550 nm波段吸收谱差异更明显;染料在心室组织中的最大吸收峰为(479.75±0.44) nm。通过测量含染料心脏不同部位的荧光光谱,首次发现心室组织、心房组织和主动脉的最大荧光峰位有一定差异,其相对荧光强度则与染料的分布浓度有关。根据三维和二维荧光光谱分别确定了含染料心房和心室组织的最佳荧光激发波长和荧光测定波长。利用心房和心室组织的静息电位差,在不同波长激发光下测量了染料的荧光光谱移动,确定了光标测量实验的最佳激发光和相应荧光检测波长范围。这些研究结果为心脏光学标测系统的设计提供了理论依据。     

傅里叶变换轮廓术中新的相位及高度算法分析

在传统傅里叶变换轮廓术三维面型测量中,为了准确得到被测物体的高度分布,必需保证投影仪出射光瞳和摄像机入射光瞳的连线与参考面平行并且在同一水平面,否则存在较大的误差。着眼于更普通的情况,讨论双瞳连线与参考面成某一夹角时的高度计算,推导出了非平行时的参考面光场及物面变形条纹光场的表达式,并给出了高度映射公式。因而,传统的傅里叶变换轮廓术测量成为角度α=0时的特例。该方法使傅里叶变换轮廓术的测量条件得到了放宽;易于通过移动投影装置或成像装置获取全场条纹;并为在难以实现双瞳与参考面平行的特殊环境下的测量提供了可行的方法。计算机模拟及实验均证实了该方法的有效性。     

带裂纹的椭圆孔口问题的应力分析

断裂现象与材料和结构中的孔洞、缺口或裂纹等缺陷密切相关,这是因为缺陷附近的应力集中明显.该文利用复变方法,通过保角映射研究了带裂纹的椭圆孔洞的平面弹性问题,给出了应力强度因子的解析解.并由此计算了两互相垂直的裂纹问题.     

序列式MESO紧空间的闭Lindelof逆象

证明了正则空间中闭Lindelof映射逆保持序列式meso紧性,从而改进了Mancuso V J关于正则空间中完备映射逆保持meso紧性这一结果;进一步我们指出定理条件中原象空间的正则性不可被省略而象空间的正则性可以用原象空间的正规性来替代.     

平均非扩张映射的公共不动点性质

研究了平均非扩张型映射T:‖Tx-Ty‖≤a‖x-y‖+b‖x-Tx‖+c‖x-Ty‖,(x,y∈K,a,b,c≥0,a+b+c≤1)的公共不动点的存在性和唯一性.得到平均非扩张型映射T1和T2满足T1T2=T2T1,则T1T2存在唯一的不动点,并且T1和T2存在唯一的公共不动点.本文结果是近期相关文献结果的推广.     

基于神经网络的三维宽场显微图像复原研究

提出一种利用BP神经网络进行三维宽场显微图像复原的非线性映射方法,将三维图像转化为二维图像进行处理,利用神经网络的学习能力,通过训练,建立含有散焦信息的二维模糊图像与二维清晰图像之间的映射关系,然后对切片堆叠进行逐幅复原,从而实现显微图像的三维复原.得到的复原图像在视觉上和定量分析上都获得了很好的效果.由于采用小规模神经网络,训练时间短,计算量小,使实时复原成为可能.     

一种大视场相位测量轮廓术系统标定方法

在进行大视场相位测量轮廓术系统参量标定时需要大的标定平面和精密移动台,由于携带不方便,不易进行现场标定。提出了一种用于相位测量轮廓术系统参量的高精度、现场标定方法,采用一块较小的平面标定靶在有效测量体积内不同位置多次摆放,以获取密集的数据点。先标定出摄像机的内参量和外参量,再指定一个全局参考平面和若干辅助参考平面,然后在图像平面上分区计算出每个位置标定靶上每点相对辅助参考平面的高度差和相位差,最后应用极大似然估计法估计出相位高度映射参量。实验中平面高度测量的标准偏差达到0.0433 mm。这种方法只需要较小的平面标定靶,标定过程方便、精度高,完全适合大视场三维测量相位测量轮廓术系统现场标定要求。     

关于《线性代数》教材改革的几点想法

随着现代科学技术的迅猛发展,尤其是计算机技术的广泛应用,我们应当在工科数学课程的教学内容、教学方法和教学手段上积极改革,与时俱进,以改进教学方法,提高教学质量,使得工科学生能借助于计算机,学好本专业所需的数学知识.在这篇短文中,我们想就《线性代数》的教学内容的改革