新型吡啶[2',1': 5,1]吡唑[4, 3-d]嘧啶-4-酮类化合物的合成及其对PDE5酶的抑制活性研究

设计、合成出了新型吡啶并吡唑并嘧啶酮类化合物。目标化合物的生物活性评价结果显示，该类化合物对血小板中的PDE5酶具有较强的拟制活性，但略弱于西地那非。     

表皮生长因子受体酪氨酸激酶抑制剂的药效团研究

根据一系列表皮生长因子受体酪氨酸激酶抑制剂的三维定量构效关系研究，得 到了该类抑制剂的药效团，研究结果与Novartis的药效团模型相当类似．药效团包 括一个氢键受体，一个氢键给体，一个疏水区和一个带有氯或溴原子药效团对于研 究表皮生长因子受体酪氨酸激酶抑制剂结构与活性的关系具有重要的意义．通过三 维数据库搜索可能会得到新的先导化合物．     

2-氰基-3-甲硫基-3-取代甲氨基丙烯酸酯类化合物的合成及其除草活性

A series of 2-cyano-3-methylthio-3-substituted methylaminoacrylates were synthesized as herbicidal inhibitors of photosystem Ⅱ （PSⅡ） electron transport, in order to estimate the effect of fluorine atom, pyridyl group, chirality and ester chain on activity. The important intermediate 2-fluoro-5-aminomethylpyridine was synthesized with high yield. The bioassay results showed that most of rifle compounds had high herbicidal activity in postemergence treatment. The introduction of an a-methyl into the 3-substituted methylamino could improve the activity notably. The replacement of hydrogen by chlorine or fluorine group and phenyl by pyridyl group showed different effects, and at the same time, the ester chain affected the activity too.     

QSAR Studies on the COX-2 Inhibition by 3,4-Diarylcycloxazolones Based on MEDV Descriptor

Selective inhibition of cyclooxygenase-2 (COX-2) might avoid the side effects of current available nonsteroidal antiinflammatory drugs while retaining their therapeutic efficacy. A novel variable selection and modeling method based on prediction is developed to construct the quantitative structure-activity relationships (QSAR) between the molecular electronegativity distance vector (MEDV) based on 13 atomic types and the biological activities of a set of selective cyclooxygenase-2 inhibitory molecules, 3,4-diarylcycloxazolones (DAA) plus indomethacin,naproxen, and celecoxib. Using multiple linear regression, a 5-variable linear model is developed with the calibrated correlation coefficient of 0.9271 and root mean square error of 0.17 in modeling stage and the validated correlation coefficient of 0.9030 and root mean square error of 0.20 in leave-one-out validation step, respectively. To further test the predictive ability of the model, 20 DAA compounds are picked up to construct a training set which is used to build a QSAR model and then the model is employed to predict the biological activities of the balance compounds. The predicted correlation coefficient and root mean square error are 0.9332 and 0.19, respectively.     

表皮生长因子受体和抑制剂之间分子对接的研究

研究了表皮生长因子受体(EGFR)和4-苯胺喹唑啉类抑制剂之间的相互作用模式，表皮生长因子受体的三维结构通过同源蛋白模建的方法得到，而抑制剂和靶酶结合复合物结构则通过分子力学和分子动力学结合的方法计算得到。从模拟结果得到的抑制剂和靶酶之间的相互作用模式表明范德华相互作用、疏水相互作用以及氢键相互作用对抑制剂的活性都有重要的影响，抑制剂的苯胺部分位于活性口袋的底部，能够与受体残基的非极性侧链产生很强的范德华和疏水相互作用，抑制剂双环上的取代基团也能和活性口袋外部的部分残基形成一定的范德华和疏水性相互作用，而抑制剂喹唑啉环上的氮原子能和周围的残基形成较强的氢键相互作用，对抑制剂的活性有较大的影响，计算得到抑制剂和靶酶之间的非键相互作用能以及抑制剂和靶酶之间的相互作用信息能够很好地解释抑制剂活性和结构的关系，为全新抑制剂的设计提供了重要的结构信息。     

模拟混凝土孔溶液中钢筋钝化膜生长动力学及孔蚀过程的研究

用恒电位电流衰减法及激光扫描光电化学显微技术研究了在于ＰＨ＝１２．５及１３．８的模拟混凝土孔溶液中钢筋钝化化膜的生长动力学及相应的破坏过程，实验结果表明，钢筋钝化膜的生长过程存在两个主要阶段，各阶段膜厚均与生长时间存在正比对数关系，但当ｔ＜３０秒和ｔ＞３０秒时，膜的生长表出出不同的动力学特征，在钝化发生点蚀前，钝化膜的微区光电流一定的预兆，腐蚀抑制剂ＮａＮＯ２影响膜的生长过程及膜厚，能提高钢筋的抗     

基于遗传算法的PTP1B抑制剂的二维定量构效关系研究

利用遗传算法,并结合线性回归和交叉验证方法,对一系列43个苯并呋喃/噻吩联二苯类PTP1B抑制剂作了二维定量构效关系的研究.计算得到了一组效果较好的定量构效关系模型.模型不仅具有好的回归能力,而且还具有很好的预测能力.同时,通过分析在遗传优化过程中参数在精华种群中所占的比例,还得到了可能对活性影响较大的成分.计算结果表明,分子的4个参数:lgP(分配系数)、Area（表面积）、MW（分子量）以及Dip（偶极距）是影响化合物活性的最重要的参数,这对抑制剂的设计和改造提供了指导.     

Bcl-2蛋白抑制剂结合腔的性质分析

采用多重拷贝同时搜寻(MCSS)等方法对Bcl-2蛋白抑制剂结合腔进行分析. 结果显示, 结合腔可分成P1, L1, P2, P3和P4等5个区域, 其底部呈疏水性, 而P3部位不适合芳香性大基团的结合. 结合腔侧面和边缘处分布有可与配体形成除疏水以外作用的多个重要残基. MCSS计算得到的各种性质官能团在结合腔内的能量优势位置和取向能与已知结合模式的高活性抑制剂的重要基团位置吻合得较好.     

SN方法粒子输运计算程序自动建模关键技术问题研究

在充分调研和分析SN方法粒子输运计算程序自动建模方法的基础上，对建模过程中的模型文件格式识别、属性编辑、空腔处理及自动划分离散网格等关键技术问题进行了研究，并提出了合理可行的解决方法。通过对SNAM程序建模部分功能测试，验证了这些方法的正确性和有效性。This paper presents two approaches to enhance the geometry modeling ability of SN particle transport simulation codes and focus on the key issues that lie in the processing from CAD model to SN code geometry model, e.g. CAD file format support, void modeling, mesh generation and model-editing. SNAM （SN Automatic Modeling system） has been developed as an interface code between commercial CAD software and SN particle transport simmulation codes. The testing results have shown that the algorithm and implementation used in SNAM are efficient and capable of all the necessary processing from CAD model to SN geometry model.     

HIV蛋白酶多肽抑制剂的理论研究

艾滋病病毒的发现距今已有二十多年的历史了.它仍然以很快的速度在全球范围速蔓延.研发抗艾滋病药物是当代药学的重大课题之一.在以往研究的基础上,我们利用分子叠合和分子对接这两种分子模拟手段,把从PDB数据库中得到的与HIV蛋白酶结合的12个肽类分子和已经上市的抗艾滋病的药物Saquinavir做比较.根据结构相同或相近的分子具有相同的活性原理,运用分子叠合初部判断分子活性,特别是药效团的特征比对揭示了分子活性的原因,为进一步的药物设计奠定了良好的基础.进而采用分子对接的分子模拟方法对这12个肽类分子的活性构象进行了深入的分析,预测出了这12个分子对HIV病毒蛋白酶的不同抑制作用.研究发现:P01、P05、P09、P12可能与已知药物Saquinavir在与HIV蛋白酶结合时具有相似的活性,其中P9的活性最强,有望成为抗HIV药物的理想前体,为下一步的HIV药物的设计研究提供了理论依据.