人嗜中性白细胞活化蛋白-1/白细胞介素-8基因的半化学半酶促合成及在大肠杆菌的表达

本文采用半化学半酶促法合成了人嗜中性白细胞活化蛋白-1/白细胞介素-8(NAP-1/IL-8)的全基因,并在大肠杆菌系统中利用P_RP_1串联启动子进行了温控型的高效表达,通过SDS聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)检测表明,在摇瓶培养的大肠杆菌中,NAP-1/IL-8的表达量可占菌体可溶性蛋白的18.5％,而在实验室规模的发酵试验中,其表达量则占可溶性蛋白的10.9％.经凝胶过滤层析和阳离子交换层析两个简单的纯化步骤,得到SDS-PAGE纯的重组NAP-1/IL-8,采用琼脂糖平板法进行测定,表明所得NAP-1/IL-8纯品在<10ng/ml的水平上显示出强烈的嗜中性白细胞趋化活性,家兔皮肤试验的结果显示,重组人NAP-1/IL-8可在家兔体内引起早发型超敏反应,采用Edman降解法测定重组人NAP-1/IL-8纯品N末端36个氨基酸的序列,与天然人NAP-1/IL-8的成熟分子完全符合。     

DNA微阵列制备的新进展

随着人类基因组测序的完成和蛋白组学工程的开展，具有高产出测序的特性的DNA微阵列技术的发展日新月异，其应用已经深入到了生命科学研究的很多方面．与此同时，几种新的DNA微阵列制备技术迅速发展起来，文章介绍了滚轮放大技术、聚酰胺胺表面法、三甲氧基对胺苯基硅烷／重氮化法、化学纳米印迹法等四种制备方法的新进展。     

PSBH中的组合优化问题及其计算方法

本文介绍了具有部分位置信息的SBH杂交测序（Positional Sequencing by Hy-bridization,简称PSBH）实验所产生的一个重构DNA片断的组合优化问题,并讨论了该问题最优重构的计算问题.通过对PSBH提供的谱集及其位置信息的分析处理,我们获得了若干判定最优重构片断头尾的分支定界准则以及确定其非头尾位置最可能出现k-tuple的动态规划计算方法,并由此给出了该PSBH问题的一个新重构算法.该算法允许PSBH谱集含有一般杂交实验中常常可能出现探针错配所产生的正错误,并且仅仅假设PSBH的谱集、位置信息和位置长度是已知的,所以我们的算法具有更一般的适应性和实用性.此外,由于我们给出的算法能够极大地利用PSBH的谱集和位置信息所蕴含的信息确定最优重构片断头尾及其中间位置最可能出现的k-tuple,极大地减少了PSBH重构中的随意性,所以我们的算法也是有效的,模拟PSBH实验的计算结果验证了这一点.     

人类白细胞抗原基因HLA-B*58∶01基因型的快速低成本鉴别方法

采用焦磷酸测序技术和改进的全血基因组提取方法,建立了位于6号染色体的银屑病易感基因1候选基因1(Psoriasis susceptibility 1 candidate 1,PSORS1C1)rs9263726位点的焦磷酸测序方法,检出限达到0.4 ng/μL基因组DNA,20例标本的焦磷酸法和Sanger法测序结果完全一致.利用本方法对683例标本的rs9263726位点进行测序,得到中国人群该位点野生型(GG型)分布频率为87.6％,突变的GA型分布频率为11.7％、AA型分布频率为0.7％.通过对随机选取的46例标本rs9263726位点与人类白细胞抗原基因HLA-B* 58∶01基因型的连锁关系进行分析,结果表明,该位点预测HLA-B* 58∶01基因型的灵敏度为100％、特异性为91.3％.本方法可用于HLA-B* 58∶01基因型的检测.     

纳米孔测序技术在核酸修饰检测中的应用

DNA和RNA上广泛存在着多种化学修饰.这些核酸修饰参与基因表达的调控,影响生长发育等生理过程,并可能会引发癌症等疾病.对核酸修饰的精准识别与定位有助于理解其功能机制,帮助相关疾病的诊断与治疗.纳米孔测序是一种新兴的单分子测序技术,可以根据修饰碱基与天然碱基之间阻孔信号的差异实现核酸序列中多种修饰的同时检测,是目前检测核酸修饰最直接的方法.本文简要介绍了纳米孔测序技术的发展和原理以及识别核酸修饰的算法工具,总结了纳米孔测序技术在核酸修饰检测中的应用,并对其发展前景进行了展望.     

基于illumina测序技术的IGROV-1/CP细胞中miRNA种类鉴定及相对丰度分析

从正常培养的IGROV-1/CP细胞中提取小RNA,构建小RNA的cDNA文库,然后用illumina通用测序平台对上述cDNA文库进行测序.从测序获得的序列数据中去除冗余数据后,与已知人类miRNA序列数据库进行比对,获得IGROV-1/CP细胞miRNA表达谱.以所获的序列长度与已知人类miRNA数据库中序列长度差异不大于2和无碱基错配为限制条件,共找到53种已知miRNA.按在cDNA文库测序中的出现频率计算,出现频率不大于10的低拷贝miRNA最多,占检测到所有miRNA种类的56.6%.说明illumina通用测序技术能够在检测细胞内的各种小RNA序列的同时反应相对丰度信息,该研究利用上述新技术获得了顺铂耐药性IGROV-1/CP细胞系miRNA表达种类和相对丰度的实验数据.     

应用于单分子测序的纳米微结构器件

基因测序技术是现代最为重要的生物医学研究手段之一,单分子测序技术作为最新一代测序技术被广泛研究,并形成了微纳制造、光电子、微流控和分子生物学等多学科的交叉探索和多种技术创新的有机结合.文章系统总结了应用于单分子测序的纳米微结构器件的原理和功能,重点阐述了零模波导器件和纳米孔器件在单分子测序中的作用以及制备工艺,从器件的角度提出了单分子测序技术所面临的挑战.     

一种新的蛇毒解离素同系物的分离

为发现新的具有生物活性的蛇毒蛋白,以我国华南地区富有的蝮蛇蛇毒为分离样品源,采用高效液相色谱,从中分离出一种新的解离素同系物———AHP-4,建立了快速分离纯化蛇毒蛋白的方法。结构确认的结果表明,AHP-4的相对分子质量为7 554 Da,是由一条多肽链组成的蛋白质,N-端第1~15位的氨基酸序列为GEECDCGSPANPCCD。经GeneBank protein-protein BLAST检索及人工检索,在已知蛋白质N-端第1~15位氨基酸序列中,未发现与AHP-4氨基酸结构完全相同的蛋白质。AHP-4 N端第1~5位氨基酸序列与5种解离素中的氨基酸序列具有高度同源性,表明AHP-4是一种新的解离素同系物。     

反相高效液相色谱与质谱联用分析合成七肽的消旋产物

采用反相高效液相色谱(RP-HPLC)与质谱(MS)联用技术对固相法化学合成七肽(H2N-PFNSLAI-COOH,M r 760.9)时出现的消旋产物进行了分析。根据弱疏水性合成七肽粗品特性,提出了充分利用吸附和分配双重保留机制的“早期吸附”概念,以此优化色谱条件得到4个峰形良好的色谱峰;质谱分析表明:4谱峰具有相同的m/z761.5[M H] 值,对每一消旋产物进行在线多肽测序,并利用串联质谱(MSn)谱图叠加的方法,得到b轴和y轴两套片段信息,成功确定了合成七肽的4个消旋产物。     

特定序列脱氧核糖核酸电化学生物传感器进展

对当今电分析化学中的研究热点之一－脱氧核糖核酸（DNA）的电化学生物传感技术的最新进展进行了综述,评述了其发展前景。