这个杀手不太冷——α-溶血素在基因测序技术中的应用

这是一个虚拟的科幻故事,主要讲述了虚构人物K教授在机缘巧合之下发现金黄色葡萄球菌α-溶血素能够被用作纳米孔的故事。K教授在思考基因测序方法的时候,因梦到金黄色葡萄球菌(又称金葡菌)攻击红细胞而受到启发,最后思考出了纳米孔测序的方法。     

基于石墨烯纳米材料的DNA测序研究进展

设计和研发快速、准确、价廉、高通量的DNA测序方法,对于预防早期疾病和了解相关疾病机理具有非常重要的意义。新型纳米材料石墨烯由于具有独特的结构和性质,在化学和生物科学等领域发挥着重要的作用。该文介绍了DNA测序的研究现状以及应用石墨烯纳米材料的优势,重点阐述了DNA链通过石墨烯纳米孔、石墨烯纳米间隙、石墨烯纳米带时产生不同的电流信号识别碱基序列的原理,同时介绍了DNA链与石墨烯的相互作用对DNA测序的影响,并对DNA测序的研究方向进行了展望。该文为基于石墨烯纳米材料的DNA测序提供了作用原理、理论研究以及检测方法等参考。     

乳腺癌肿瘤抑制候选基因5基因启动子甲基化水平研究

探讨人正常乳腺细胞株及不同乳腺癌细胞株肿瘤抑制候选基因5启动子甲基化状态,并分析其与雌激素受体、孕激素受体、人类表皮生长因子受体2的表达相关性。运用焦磷酸测序分析4种乳腺癌细胞株和1种人类正常乳腺细胞株中TUSC5基因启动子甲基化状态,以及实时荧光定量逆转录聚合酶反应和Western印迹来检测这些细胞株中TUSC5基因mRNA和蛋白的表达。结果表明：正常人类乳腺细胞株存在TUSC5基因启动子低甲基化,而4种乳腺癌细胞株存在不同程度高甲基化;在4种乳腺癌细胞株中,激素受体及 HER-2表达阴性即三阴性乳腺癌细胞TUSC5基因启动子甲基化水平较非三阴性乳腺癌细胞低;并且乳腺癌的发生可能与TUSC5基因启动子高甲基化有关,乳腺癌TUSC5基因启动子甲基化水平与激素受体、HER-2表达具有一定相关性,其发生的机制需进一步研究探讨。     

交河故城古车师人的线粒体DNA分析

从距今2000～2500年左右的交河故城古代人骨中提取古DNA,用4对重叠引物对线粒体基因组的调控区(363bp)进行了扩增及测序.线粒体基因组编码区的扩增片段用于限制性片段多样性分析.结果显示4个个体中具有3个DNA序列,其中来自不同墓穴的两个个体的序列相同,说明这两者间有密切的母系遗传关系.系统发育分析表明古车师的这4个个体分散分布在现代新疆维吾尔人的序列之中.从这些结果可以初步得出结论,即古车师人群并不是一个同源群体,在早期铁器时代,欧亚人群的混合就已经存在了.     

四色荧光标记二硫键可逆终端的合成及在DNA合成测序中的应用

分别以5-碘-2'-脱氧尿苷、 5-碘-2'-脱氧胞苷、 7-去氮-7-碘-2'-脱氧腺苷及7-去氮-7-碘-2'-脱氧鸟苷为原料, 以二硫键为可裂解连接单元, 通过多步反应合成了四色荧光标记不同碱基的脱氧核糖核苷酸; 研究了该类荧光标记核苷酸作为可逆终端在DNA合成测序中的应用. 所得产物结构经¹H NMR, ³¹P NMR及HRMS表征, 并对其进行了DNA高通量测序的测试. 结果表明, 该类荧光标记核苷酸作为DNA合成测序的可逆终端能够满足高通量测序的生化反应要求, 具有较好的应用前景.     

DNA甲基化修饰的定位分析方法研究进展

5?甲基胞嘧啶(5?Methylcytosine,5mC)作为DNA中研究最为广泛的表观遗传修饰,不改变基因的序列,但是可以调控基因表达,从而在生命体的生长、发育和疾病发生中发挥着重要作用.研究5mC的分布、变化及作用机制有助于加强对生命体活动本质的理解.阐明基因组DNA中5mC修饰的生物学功能主要依赖于精准破译其在基...     

SNP的电喷雾串联质谱研究

采用电喷雾串联质谱技术对两组单核苷酸多态性(SNP)样品进行了研究,初步研究结果显示应用串联质谱可快速鉴定SNP分型以及确定SNP位点。采用16.3 mmol/L三乙胺(TEA)-400 mmol/L六氟异丙醇(HFIP)缓存溶液,电喷雾负离子模式下,长度为20 bp的寡核苷酸的MS扫描谱图显示其母离子呈较宽的多电荷态分布。选择低电荷态[M-4H]4-母离子,碰撞能为54 eV时,MS/MS扫描得到丰富的碎片离子,通过鉴定特征离子碎片(w和a-B离子系列)可确定其序列。     

蛋白质及多肽C端测序的研究进展

C端序列是蛋白质和多肽的重要结构与功能部位,对蛋白质的生物功能甚至起决定性作用。另外,C端剪切也是蛋白质重要的翻译后修饰之一。随着蛋白质组学研究的不断深入,蛋白质C端测序对其功能研究将发挥越来越重要的作用。一些新的蛋白质C端测序方法已建立,提高了灵敏度和重复性,能够在蛋白质组水平应用。本文较系统地介绍了蛋白质C端测序3种方法:羧肽酶法、化学法及串联质谱法的原理、特点、应用及在蛋白质组学研究中的新进展。随着C端测序新方法的不断建立,将在蛋白质组研究中发挥更大的作用。     

溴化氰裂解结合电喷雾串联质谱测定电泳分离蛋白的C端序列

C端测序是蛋白质及多肽一级结构确认的重要组成部分,也是重组蛋白药物质量控制的重要依据。建立了溴化氰裂解结合电喷雾串联质谱测定蛋白质C端序列的方法,并应用于重组人肿瘤坏死因子受体和纽兰格林的C端测序。首先根据待测蛋白序列进行溴化氰理论裂解,如果C-端肽段理论分子量在500~5000U之间,则将待测样品进行SDS-PAGE分离,考马斯亮兰染色,然后进行胶内溴化氰裂解,最后应用基质辅助激光解吸/电离飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)测定C-端肽段的分子量,电喷雾串联质谱对C端肽段进行测序。应用本方法分别测定了这两个蛋白质C端19个和11个氨基酸残基序列。研究结果表明:本方法灵敏、有效、实用性较强,可适用于部分重组蛋白药物的质量控制和蛋白质的结构确证,是对目前蛋白质C端测序方法的有效补充。