3种蚊虫线粒体COⅡ基因的分子进化

测定和比较了中华按蚊、白纹伊蚊和致倦库蚊的细胞色素C氧化酶亚基Ⅱ基因全序列，并与其他几种蚊虫的COⅡ基因序列进行了比较，根据COⅡ基因序列构建了分子系统树，对这些蚊虫的进化年代及亲缘关系进行了讨论。结果显示，这3种蚊虫以中华按蚊比较原始，在COⅡ分子结构上，白纹伊蚊与致倦库蚊具有更近的亲缘关系。COⅡ基因是蚊类分子系统学研究的有效分子标记。     

一株鸭细小病毒的分离鉴定与ns基因序列分析

采用余姚某鸭场濒死鸭肝组织悬液，接种鸭胚尿囊腔增殖病毒，蔗糖梯度离心法纯化病毒，电镜观察见直径约20nm的球形病毒粒子，免疫琼脂扩散实验结果显示与鸭细小病毒（duck parvovirus，DPV）抗血清有明显沉淀线；SDS-PAGE电泳可见3条结构蛋白带，与DPV毒株一敛；参照GenBank DPVns基因序列979～1566bp设计引物，PCR扩增反应获得其目的片段．克隆到载体pMD18-T后测序，该序列与GenBank中的番鸭细小病毒（Muscovy duck parvovirus，MDPV）以及巴比里鸭细小病毒（Barbarie duck parvovirus，BDPV）的ns基因序列同源性为98％．病鸭肝组织匀浆液雏鸭感染试验显示雏鸭发病症状及剖解病理变化明显，死亡率为75％．利用血清学实验与鸭肝炎Ⅰ型、禽流感和新城疫病毒感染举别．由此确定引起本次鸭场疫病的病原为DPV，命名为04NY株．     

基于逻辑关系的酵母菌基因分析及其微分方程模型

基因网络是基因组功能与机理研究中最基本的模型,特别是利用基因表达谱数据的进行各基因相互关系的建模方法更是系统生物学中最常用的方法之一.通过定量建模,建立了酿酒酵母菌与有氧呼吸和无氧呼吸功能密切相关的代表性基因的逻辑关系,并根据其关系建立了相应的微分方程组.研究了在有氧呼吸和无氧呼吸两状态之间进行切换时,相关基因表达的动力学行为,并得到了相应的数值结果.     

复杂疾病的分子网络模型研究

复杂疾病是危害人类健康的主要杀手.不同于单基因缺陷性遗传病,复杂疾病的发生发展与多个基因之间、基因与环境之间的相互作用有关,致病机理复杂,其早期诊断及治疗困难是21世纪生物医学研究的重大挑战之一.随着生物知识的不断积累和多层次"组学"数据的井喷式涌现,复杂疾病研究迎来了新的"组学革命",研究模式从以往的只关注某个分子扩展到对分子之间相互形成的生物分子网络的系统分析.作为系统生物学核心概念,生物分子网络系统整合大量生物知识和高通量生物数据,是研究复杂疾病的强有力工具.本文以分子网络为主线,以数学建模为工具来研究复杂疾病,针对复杂疾病关系和复杂疾病的发生发展机制等复杂疾病研究的关键热点问题,分析和集成高通量多层次组学数据,构建并求解生物分子网络的数学模型,在若干复杂疾病相关系统生物学问题中取得有生物学意义的结果.本文提出若干生物网络建模、分析及应用的方法并提供若干应用软件,为从系统层面理解复杂疾病提供重要参考;同时,网络模型在若干实例中的应用得到若干有生物学意义的结论,为揭示复杂疾病机理、推动疾病治疗与预防起到了一定的作用.     

蓝舌病毒HbC3株S7基因5′非编码区序列分析

根据已发表的蓝舌病毒(bluetongue virus,BTV)10型标准株S7基因设计合成一对与其5′-NCR (noncoding region)序列同源的引物, 经反转录-聚合酶链反应 (RT-PCR) 扩增出 HbC3株和10型标准株长度分别为277 bp和290 bp的S7基因5′非编码区cDNA片段, 以建立起dsRNA体外扩增系统.将扩增的BTV-HbC3毒株的S7基因5′非编码区片段通过粘端连接克隆到pUCm-T载体中, 用PCR技术和限制性内切酶分析鉴定, 表明获得重组质粒pUCm-T-BTV-HbC3-S7.通过核苷酸序列分析方法分别将2个毒株的S7基因5′非编码区与呼肠孤病毒-3 (reovirus-3) 型比对, 发现BTV-HbC3株与呼肠孤病毒-3 L2基因5′非编码区基因具有完全的同源性.将BTV-HbC3毒株接种在不同细胞系如猴肾传代细胞(Vero)、人肝癌细胞(Hep-3B)和小鼠成纤维细胞(L929)等细胞株上,比较BTV-HbC3在不同种系细胞上的增殖特征,并且用双向免疫扩散试验证实BTV-HbC3和BTV-10型之间的血清学关系.结合本实验室的研究结果提示BTV-HbC3株可能是蓝舌病毒的一个新的基因型.     

用P389ARG7转化和诱变菜茵衣藻(C.reinhardtii)CBN1基因的研究

用微玻璃珠研磨法将pARG7质粒转入到莱茵衣藻精氨酸依赖型、缺壁突变株品系CC-1618(arg7cw15mt-)和CC-1617(arg7cw15mt-)中,得到了一些不同的插入型突变转化子.CC-1617突变株品系的转化率为72个/μgDNA,CC-1618突变株品系的转化率为296个/μg DNA,即转化率比CC-1617突变株品系高.经多次转化共获得各种转化子3 900多个,对它们进行荧光检测后检测出缺乏叶绿素b的两个突变子ARGT3和ARGT4,并进一步用高效液相色谱法对其光合色素含量进行检测结果证实,这两个突变体的确丧失了叶绿素b合成能力.它们将可作为CBN1基因的克隆及其定位的有用的工具.     

ON THE GLOBAL STABILITY CONJECTURE OF THE GENOTYPE SELECTION MODEL

In 1994, Grove, Kocic, Ladas, and Levin conjectured that the local stability and global stability conditions of the fixed point y = 1/2 in the genotype selection model should be equivalent. In this article, we give an affirmative answer to this conjecture and prove that local stability implies global stability. Some illustrative examples are included to demonstrate the validity and applicability of the results.     

基于基因表达谱的肿瘤识别与分类特征基因提取研究

针对基因表达谱信息基因提取的问题,使用Wilcoxon秩和检验方法进行"无关基因"的剔除,基于高低水平基因表达的特点,建立了关于高/低表达水平的双线性回归模型,基于残差分析提取了19个特征基因.使用启发式宽度优先搜索算法搜索最优基因子集,确定结肠癌的基因"标签",运用支持向量机对分类效果进行检验,分类效果良好.     

5种蚌螨ITS2基因片段序列及其系统发育分析

对5种蚌螨ITS2基因片段进行了序列测定,经比对后发现序列长度为258 bp(含gap);其中保守位点186个,可变位点57个,总变异率达到22.1%,种间变异率在7.4%~14.9%之间;转换位点11个,颠换位点18个,转换颠换比值为0.61。A,G,C,T4种碱基的平均含量分别为29.5%、17.2%、18.1%、35.2%,平均     

利用PCR-RFLP技术分析拟穴青蟹抗菌肽基因SCY2的SNP位点

本研究根据公布的锯缘青蟹SCY2基因序列设计引物SCY2-RFLPs和SCY2-RFLPa,利用PCR-RFLP技术分析了5个地理群体（宁德、汕头、万宁、东方、三亚）共计148个拟穴青蟹SCY2基因的多态性.结果表明,所扩增的SCY2基因片段含有2个StuⅠ内切酶识别位点,位于第一外显子的位点没有多态性,位于第一内含子的位点存在多态性.在148个个体中共检测到AA和AB两种基因型,等位基因B的出现频率非常低,只在三亚群体的1个个体中检测到,而在其他4个群体中均未检测到,其等位基因频率为0.003 4.序列分析结果表明,扩增片段长度为1 016 bp,包含部分5′非翻译区（282 bp）、第一外显子（131 bp）和部分第一内含子（603 bp）.AA基因型表现为3条带（从大到小依次为509,356,151 bp）,AB基因型表现为4条带（从大到小依次为660,509,356,151bp）.B等位基因是由于867 bp处发生了C→G的单碱基突变导致StuⅠ内切酶失去了1个识别位点而形成的.