基于支持向量机、支持向量回归和分子对接的CYP450 1A2抑制剂的发现研究

支持向量机,支持向量回归和分子对接的计算方法已广泛应用于化合物的药理活性计算。为了提高计算的准确性和可靠性,拟以细胞色素P450酶1A2为研究载体,运用建立的联合SVM-SVR-Docking计算模型预测潜在的CYP1A2抑制剂。其中,建立的最优SVM定性模型训练集,内部测试集和外部测试集的准确率分别为99.432%,97.727%和91.667%。最优SVR定量模型训练集和测试集的R和MSE分别为0.763,0.013和0.753,0.056。实验表明两个模型具有较高的准确性和可靠性。通过对SVM和SVR模型结果的比较分析,发现连接性指数、分子构成描述符和官能团数目等分子描述符可能与CYP1A2抑制剂的辨识和活性预测密切相关。随后利用分子对接技术分析化合物与CYP1A2的结合构象及相互作用的稳定性。形成氢键相互作用的关键氨基酸包括THR124,ASP320;形成疏水相互作用的关键氨基酸包括ALA317和GLY316。所获得模型可用于天然产物化学成分中CYP1A2潜在抑制剂的活性计算及其介导的药物-药物相互作用预测提供理论指导,也为合理联合用药提供一定参考。共获得20个对CYP1A2具有潜在抑制活性的化合物。部分结果与文献结果相互印证,进一步说明了模型的准确性和联合计算策略的可靠性.     

电场对分子线电子结构的影响

从第一性原理出发,利用密度泛函理论计算了分子2-氨基-5-硝基-1,4-二乙炔基-4-苯硫醇基苯与金原子团形成的分子线的电子结构,从轨道、能级及吸附电子三个方面讨论了电场对分子线电子结构的影响.该工作将有利于未来纳米电子学器件的设计.     

Atomic-scale simulation of nano-grains:structure and diffusion properties

Nanograins are characterized by a typical grain size from lto 100 nm.Mclecular dynamics aimubations have been carried out for the nanograin sphere with the diameters from 1.45 to 10.12 nm.We study the influence of grain size on structure and diffusion properties of the nanograins.The results reveal that as the grain size is reduced,the fraction of grain surface increases significantly,and the surface width is approximately constant；the diffusicn coefficlent is increased sharply,and the relation of the diffusion coefficient and the grain size is close to exponential relation below 10nm.     

速度调制分子离子光谱信号对实验参量依赖关系研究

介绍速度调制分子离子光谱实验中光谱线强度对放电电流和混合气体各分量气压等实验参量的依赖关系,并测量得该光谱仪的测量极限为1.56×10-6 .     

新型混合脂质体的制备及其与药物的分子识别研究

设计、合成了含核酸碱基的双亲化合物N6-十四酰基-9-辛基腺嘌呤三甲基溴化铵;用目标化合物和卵磷脂制备混合脂质体受体。分别研究了受体与巴比妥酸、核黄素药物在混合脂质体亲脂区通过互补氢键进行的分子识别。紫外可见光谱研究表明,底物巴比妥酸在258nm的吸收峰,核黄素在222nm,264nm的吸收峰随时间的延长而逐渐降低,这种减色作用归因于脂质体内的巴比妥酸和核黄素在亲脂区分别与双亲化合物上的腺嘌呤形成了氢键。     

蛋白质分子三维结构能量优化途径的选择

NMR方法是研究溶液中蛋白质的三维结构的重要手段,本文以BUSH ⅡA为例,对用度量矩阵距离几何法获得的初始三维结构进行了能量优化,主要探讨了蛋白质分子三维结构能量优化途径的选择问题.本文把优化过程分为三个阶段,分别采用不同的优化方式,使分子结构得到优化,对于分子量在8000左右的蛋白质而言,本方法能够获得较好符合核磁实验约束条件的分子低能构象.     

1D and 2D solid state NMR investigations of the framework structure of As-synthesized AlPO4-14

The framework structure of As-synthesized A1PO₄-14 has been investigated with a combination of different one-dimensional ²⁷Al and ³¹P solid state NMR techniques and ²⁷Al/³¹P double resonance methods. The results are found to be fully consistent with the assumed structural model. ²⁷Al MAS and DOR experiments at three different magnetic field strengths together with simulations show the presence of two tetrahedral sites, one pentacoordinated and one octahedral aluminum site. The ²⁷Al quadrupolar coupling constants and the ³¹P isotropic chemical shifts of the tetrahedral sites correlate well with tetrahedral shear-strain parameters and mean P-O-A1 bond angles, respectively. These correlations allow one to assign all of the NMR resonances to specific T-sites in the proposed framework structure. The assignments are then further confirmed by the application of three different two-dimensional heteronuclear correlation methods (i.e., ²⁷Al → ³¹P TEDOR, CP, and INEPT) which reveal the connectivities between AlO_x and PO₄ polyhedra. The two-dimensional INEPT experiment is applied here for the first time in the solid state.     

Molecular Dynamics Investigation of Differences in Melting Behaviors of Cu57 and Cu58 Clusters

应用基于嵌入原子方法的分子动力学计算研究了Cu57和Cu58团簇在升温过程中变为熔体的结构演化过程．两个团簇在熔化时表现出不同的结构变化行为,进而影响到它们能量变化的差异．在升温时,团簇不同区域的原子局域结构变化由原子密度分布函数确定．模拟表明,即使对于这两个仅相差一个原子的小尺寸团簇,结构变化也敏感于团簇的尺寸．     

Resonance Raman Study of Aggregated Meso-tetra(4-pyridinium) porphyrin Diacid

研究了近激子吸收带激发下四-(4-吡啶基)卟啉二酸(H₈TPyP⁶⁺)聚集体的共振拉曼光谱．测量了H₈TPyP⁶⁺单体和聚集体的紫外可见吸收谱和共振光散射光谱．在氘代位移的基础上结合相关体系振动光谱研究,对测得的H₈TPyP⁶⁺)单体和聚集体的拉曼谱带进行了指认．聚集体的形成导致H₈TPyP⁶⁺的卟啉环CC/CN面内伸缩振动向低波数方向位移2～6 cm^-1,而卟啉环鞍形面外振动带向高波数方向位移12cm^-1．基于拉曼谱带的强度和频率变化分析了聚集引起的H₈TPyP⁶⁺分子内结构变化和分子间氢键作用     

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利用分子动力学方法模拟了碳原子与碳氢薄膜的作用过程。探讨了不同入射能量对碳原子与碳氢薄膜相互作用的影响。模拟结果表明碳原子与碳氢薄膜作用会在表面形成碳薄膜。随着入射能量的增加,碳薄膜厚度变薄。在碳薄膜中碳原子的成键形式主要为Csp2-Csp2和Csp2-Csp3,随入射能量的增加,碳原子键价结合形式从Csp2-Csp2向Csp2-Csp3转化。