N-磷酰化肽酯及小肽与氨基酸相互作用的ESI-MS研究

采用ESI-MS研究了一系列结构具有可比性的N-二异丙氧基磷酰化肽酯及小肽同20种蛋白氨基酸及3种D型氨基酸(D-Ala、D-Ser、D-Phe)的非共价相互作用.结果表明,可形成π-π共轭体系的芳香环,可显著增强磷酰化肽酯及小肽与氨基酸的相互作用力,π-π堆积力是首要的非共价相互作用力;可形成氢键的极性基团有利于形成复合物,但能否形成氢键还要受到分子柔顺性的影响;另外,分子大小、空间位阻对复合物的形成也有影响;而氨基酸的手性对它们的相互作用在质谱条件下没有表现出影响.     

中国蛇岛蝮蛇毒蛋白的电泳结合串联质谱法分析

采用十二烷基硫酸钠聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)对中国辽宁蛇岛蝮(Gloydius shedaoensis)蛇毒(GSSV)进行分离,染色结果显示该蛇毒中含有多种相对分子质量为12 ～85 ku的蛋白组分.凝胶上切割的蛋白带经胶内二硫苏糖醇(DTT)还原和碘乙酰胺(IAM)修饰后进行胰蛋白酶水解,所得肽段采用高效液相色谱-电喷雾串联质谱(HPLC-nESI MS/MS)进行分析,蛋白鉴定采用Sequest Bioworks软件搜索NCBInr数据库完成.从GSSV中鉴定出超过25种蛋白组分,主要包括:酸性磷脂酶A2、碱性磷脂酶A2、神经生长因子、突触前神经毒素、出血因子、类凝血酶、丝氨酸蛋白酶、糖原合酶、金属蛋白酶、成熟酶、L-氨基酸氧化酶、纤溶酶源激活物、外源凝集素、富含半胱氨酸分泌酶、去整合素、纤连蛋白结合蛋白、纤维蛋白原凝固抑制因子A、血管凋亡诱导蛋白1、氨甲酰基磷酸合成酶、吡喃糖-2-氧化酶以及ablomin,catrin,mucrofirase,pallabin,salmosin和triflin的同源蛋白.     

肽与寡核苷酸缀合物的合成及应用研究进展

寡核苷酸可作为基因表达的抑制剂和潜在的治疗药物,但许多类型的寡核苷酸为聚阴离子化合物,难以跨过细胞膜,而许多生物活性肽具有跨膜与核定位能力,通过合成的方法可以将这两种具有重要功能的生物高聚物以共价键连接在一起,从而实现药物的有效载运．本文综述了肽寡核苷酸缀合物的合成方法及其应用．     

反相高效液相色谱-质谱联用法分析蝙蝠蛾拟青霉菌发酵液中抑菌肽类物质的氨基酸序列

测定蝙蝠蛾拟青霉菌发酵液中小分子抑菌肽的氨基酸组成序列对于深入理解其抑菌原理并实际应用有重要意义.本研究通过Amicon(R)Ultra-15离心分离器(相对分子质量＜104)获得对金黄色葡萄球菌、大肠杆菌O157等具有抑菌作用的混合肽,采用液相色谱-质谱联用法(HPLC-MS/MS)对其分离纯化和二级质谱鉴定,并人工...     

氨基酸描述子VHSEH用于多肽定量序效建模研究

从20 种天然氨基酸的171个物化性质出发, 按照疏水、立体和电性特征及氢键贡献将其分类后, 分别进行主成分分析, 得到一个新描述子VHSEH(Principal component score vector of hydrophobic, steric, electronic properties and, hydrogen bonds contributions). 对后叶催产素的结构进行了表征, 并以偏最小二乘法及D-优化划分样本建立了PLS定量序效关系模型, 得到复相关系数R2分别为 0.958 和 0.957, Q2分别为0.903和0.845, 约高于VHSE描述子模型值; 对抗菌肽进行了结构表征, 建立了PLS和OSC-PLS模型, 其R2分别为0.84和 0.995, Q2分别为0.546和0.926, 较SZOTT描述子结果好; 对58 个血管紧张素转化酶抑制剂进行QSAM研究, 得到R2, Q2及RMS分别为0.877, 0.838和0.361. 研究结果表明, VHSEH 描述子信息量大, 物化意义明确, 结果更易解释.     

一种获取三肽构象系综的可靠量子化学方法

三肽是蛋白质的基本组成模块, 具有重要生理功能. 解析其结构对于更大的肽及蛋白质研究具有重要意义. 基于二面角组合规则, 结合键旋转手段, 提出一种获取三肽构象系综的从头算量子化学方法. 使用该方法对八个目标三肽的势能面进行彻底搜索, 将所得结果与以前的预测方法及蛋白质数据库(PDB) 提取的结构进行比较.结果表明, 新方法搜索到了最完整的三肽构象系综. 此外证明了 PDB 结构存在缺陷, 遗漏了大部分中低能区的重要构象. 将新获取的三肽结构用于红外光谱研究, 理论结果与实验数据符合得更精准.