基于结构虚拟筛选发现蛋白质精氨酸甲基转移酶5抑制剂

蛋白质精氨酸甲基转移酶5(PRMT5)是蛋白质甲基转移酶家族(PRMTs)的重要一员,其主要生理功能是催化精氨酸单对称二甲基化。PRMT5的上调发生在不同类型的肿瘤中,并与不良预后密切相关,已被视为肿瘤治疗中的潜在靶点。近年来,已有多种PRMT5抑制剂进入临床试验,但目前尚未有药物获批上市。本研究基于Glide对接的虚拟筛选和生物活性实验,发现化合物8018-1271对PRMT5酶的抑制活性IC₅₀值为13.56±0.86μmol/L,并通过分子动力学揭示其与PRMT5蛋白结构域的相互作用模式。本研究所得化合物8018-1271可作为进一步改造的先导化合物,为新型PRMT5抑制剂的发现提供参考。     

Total synthesis of bis-（2,3-dibromo-4,5-dihydroxyphenyl）-methane as potent PTP1B inhibitor

Protein tyrosine phosphatase 1B （PTP1B） plays an important role as a negative regulator and has been proved to be an effective target for the treatment of type 2 diabetes mellitus. Bis-（2,3-dibromo-4,5-dihydroxyphenyl）-methane 7 was first reported as a natural bromophenol with significant inhibition against PTP1B which was isolated from red algae Rhodomela conrervoides. Intrigued by its astonishing activity （IC50 = 2.4 μmol/L）, compound 7 was synthesized with the overall yield of 24% and evaluated for its PTPIB inhibitory activity compared with natural compound.     

胆固醇酯转运蛋白抑制剂的3D-QSAR模型

利用VolSurf参数和比较分子场分析(CoMFA)方法对N,N-二取代三氟-3-氨基-2-丙醇衍生物类胆固醇酯转运蛋白抑制剂进行了三维定量构效关系(3D-QSAR)模型研究, 均得到较好的结果, 训练集模型具有良好的预测能力. VolSurf参数分析表明抑制活性高的分子必须具有合适的亲水性、多的氢键给体和少的氢键受体; 在一定范围内, 分子量大、表面光滑且非球性高的分子抑制活性高; 高疏水性以及质量中心与疏水区中心的高不平衡性对活性是不利因素. CoMFA结果表明, 立体作用对活性的影响较静电作用稍强, N-苯基取代基苯氧基的间位体积大且正电性强的基团对活性有利, N-苄基取代基的间位体积大且合适的电负性对活性有利, 而苄基的对位立体位阻的增加则对活性不利. VolSurf参数提供了分子整体性质信息, CoMFA提供了取代基信息, 两者互为补充, 对该类抑制剂新化合物的设计具有指导意义.     

抑制剂Benzamidine与胰岛素作用机制的分子动力学和结合自由能计算研究

氢键和极性相互作用在抑制剂-蛋白结合专一性识别过程中起到重要作用.抑制剂Benzamidine(BEN)与胰岛素trypsin相互作用机制的阐明有助于胰岛素高效抑制剂的研发.本文采用分子动力学模拟和MM-PBSA(molecular mechanics-Poisson Boltzmann surface area)从原子层次上研究BEN与胰岛素的结合模式.结果表明抑制剂BEN的脒基不仅与Asp189的羰基产生静电相互作用,而且与残基Ser190和Gly214形成氢键相互作用.基于残基能量分解的计算表明抑制剂的苯基与残基His58,Cys191,Gln192,Trp211,Gly212和Cys215形成有利于抑制剂结合的疏水性相互作用.期望当前的研究能为胰岛素有效抑制剂的研发提供重要的理论指导.     

基于扩展有限元的页岩水平井多裂缝模拟研究

页岩储层水平井分段多簇压裂簇间距优选是压裂技术的关键,建立了水力压裂流固耦合数学模型,基于扩展有限单元法模拟多条裂缝的扩展过程,研究多条裂缝同时扩展的转向规律,以及应力干扰、水平主应力差、裂缝间距等因素与裂缝转向角度的关系.结果表明:应力干扰作用对裂缝宽度具有限制作用,单条裂缝张开宽度比两条裂缝的大;裂缝转角随应力差的减小而增大,随压裂时间的增加而增大.簇间距越小,应力干扰越强,转角越大,综合主缝均匀扩展、支撑剂填充以及复杂裂缝网络形成等条件,确定最优簇间距为30~40 m.多条裂缝同时扩展时,中间裂缝会受到两边裂缝的限制作用,簇间距越小,限制作用越强,裂缝发育时间越长,扩展速度越慢.     

Cu(Ⅱ)离子诱导的β-淀粉样蛋白聚集抑制剂筛选及分子构效关系分析

阿尔茨海默症药物的开发对该疾病的治疗非常重要。利用纳米金为探针研究了13种化合物抑制Cu~(2+)诱导的β-淀粉样蛋白聚集的能力,筛选出了10种有效的抑制剂,并获得了抑制剂抑制能力与其分子结构间的关系,利用筛选出的抑制剂实现了β淀粉样蛋白聚集过程的抑制和H_2O_2产生量的减少,对阿尔茨海默症的研究具有重要意义。     

基于支持向量机、支持向量回归和分子对接的CYP450 1A2抑制剂的发现研究

支持向量机,支持向量回归和分子对接的计算方法已广泛应用于化合物的药理活性计算。为了提高计算的准确性和可靠性,拟以细胞色素P450酶1A2为研究载体,运用建立的联合SVM-SVR-Docking计算模型预测潜在的CYP1A2抑制剂。其中,建立的最优SVM定性模型训练集,内部测试集和外部测试集的准确率分别为99.432%,97.727%和91.667%。最优SVR定量模型训练集和测试集的R和MSE分别为0.763,0.013和0.753,0.056。实验表明两个模型具有较高的准确性和可靠性。通过对SVM和SVR模型结果的比较分析,发现连接性指数、分子构成描述符和官能团数目等分子描述符可能与CYP1A2抑制剂的辨识和活性预测密切相关。随后利用分子对接技术分析化合物与CYP1A2的结合构象及相互作用的稳定性。形成氢键相互作用的关键氨基酸包括THR124,ASP320;形成疏水相互作用的关键氨基酸包括ALA317和GLY316。所获得模型可用于天然产物化学成分中CYP1A2潜在抑制剂的活性计算及其介导的药物-药物相互作用预测提供理论指导,也为合理联合用药提供一定参考。共获得20个对CYP1A2具有潜在抑制活性的化合物。部分结果与文献结果相互印证,进一步说明了模型的准确性和联合计算策略的可靠性.     

由抑制剂引起的高反差机理研究

本文利用吸附曲线及电化学的方法,研究了一系列抑制剂在银及溴化银上的吸附行为,将这些吸附性质与显影过程中相应的抑制剂存在时的显影结果对比,实验表明:只有当抑制剂在银上为中等的吸附,而在溴化银上吸附很小时,才可能利用抑制剂达到高反差。相应的机理及抑制剂在银上的吸附性质在文中也作了讨论。     

一个实用的合成甾烯-3-羧酸Epristeride的方法

甾烯-3-溴化合物通过钯催化的一氧化碳插入反应被转化成为相应的甾烯-3-羧酸类化合物。从而为甾烯-3-羧酸Epristeride提供了一个实用的合成方法。     

NAD(P)H辅酶模型还原碳正离子反应的研究: 动力学、热力学及反应机理

本文对NAD(P)H模型物BNAH同xanthylium正离子反应的动力学进行了较为详尽的测定。同位素效应,自由基抑制剂对反应的影响以及对不同机理模式中各基元步骤的热力学趋动力的研究均表明,反应由决速的电子转移引发,随后通过快速的氢原子转移而形成产物。动力学活化参数的分析指出,电子转移前反应底物间首先形成一个预配合平衡。本文还对BNAH还原9-苯基xanthylium正离子和三苯甲烷正离子的机理进行了较合理的估测。