HIV蛋白酶抑制剂的定量构效关系研究及其指导下的修饰

HIV蛋白酶是一类用于治疗艾滋病具有潜在价值的关键酶,很多此类酶的抑制剂已经上市.一系列由AHPBA分子的基本骨架进行改造并合成的25个α-羟基β-氨基酸类似物对于HIV蛋白酶具有很高的活性和选择性.我们筛选合适的描述子建立一个二维定量构效关系的模型,模型的均方根误差RMSE=0.09823、相关性系数R=0.97461、F值=30.763、交叉验证的相关系数RCV=0.7071、交叉验证的预测误差平方PRESS=0.588,该模型为HIV蛋白酶抑制剂修饰和设计提供了比较可靠的预测.并且根据“变形钥匙”理论,分别用“杂化肽键”Ψ[CH2NH]、Ψ[CF2NH]、Ψ[COCF2]、替换掉这组类似物中易水解的肽键-CO=NH-,使得这个共轭π键就变成一个较强的单键,变得不易被HIV蛋白酶所水解,从而得到抗AIDS的有效的抑制剂.然后通过原子电荷分布对比、分子对接等方法检验修饰的可能性和合理性.预先设想都在计算结果中得到验证,并且用QSAR模型预测了修饰后分子的活性.     

磷脂酰肌醇3-激酶与其抑制剂芹菜素的分子对接

采用AutoDock3.05分子对接软件包,以磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)的晶体结构和芹菜素的空间结构为基础,对PI3K和芹菜素的相互作用机制进行了分子对接研究,为芹菜素的抗肿瘤机制提供理论依据.芹菜素是PI3K的有效抑制剂,分子对接结果表明,芹菜素与PI3K发生了强烈的结合作用,结合自由能达到-33.1 kJ·mol-1;结合位点位于该酶底物ATP的结合位点上,与底物形成竞争性结合,从而导致PI3K的酶活性受到抑制;在结合中,疏水力、氢键和静电作用力对芹菜素和PI3K复合物的形成与稳定发挥了重要作用.     

17α-羟化酶/C17,20-裂解酶(P45017α)抑制剂17-(取代吡唑、异唑基)雄烯衍生物的合成

在17-(3-吡唑基)和17-(5-异唑基)雄甾-4,16-二烯-3-酮的吡唑基的5-位和异唑基的3-位引入取代基, 设计并合成了11个17-(取代的吡唑基、异唑基)雄烯衍生物, 化合物的结构经1H NMR, IR, 元素分析或质谱确证.     

生物合理设计光系统Ⅱ抑制剂研究：Ⅳ.新型取代氰基丙烯酸乙酯类化合？…

基于包获的受体光合作用Ｄ１蛋白结构模型，运用生物合理设计方法，设计并合成了保留氰基丙烯酸酯类化合物基本结构框架的标题化合物，对所合成的化合物进行了光合作用希尔反应抑制活性的初步测试，结果表明，部分化合物显示出一定的活性。     

用病毒和抑制剂来治疗癌症的组合治疗数学模型

本文考虑一种用肿瘤学上的病毒和抑制剂来治疗癌症的组合治疗方法.具复制能力的基因改变的腺病毒感染癌细胞, 在其中复制再生并最终引起感染的癌细胞死亡(溶解). 一旦感染的癌细胞死亡, 其中的病毒释放并接着感染其他的癌细胞.病毒能否成功进入癌细胞与Coxsackie腺病毒受体(CAR)的表达密切相关. 激活有丝分裂的蛋白质激酶(即著名的MEK)抑制剂能促进CAR的表达, 从而导致更多的病毒进入癌细胞.然而, MEK抑制剂也能引起短暂的G1细胞循环停止, 从而抑制病 毒的复制再生.为了设计一个有效的治疗方案, 在病毒感染的促进与病毒复制的抑制之间必须取得一个最优平衡.我们用一个数学模型来刻画病毒和抑制剂对癌细胞的影响, 并用该模型来探讨: 如何用上述组合治疗方法来促使肿瘤体积减少.进一步, 对一定的初始细胞密度, 我们发现了一个最优的抑制剂剂量.另外, 最优的抑制剂实施时间也被数值地研究.     

新型1-(1,3,5-三嗪-6-基)-3-甲基-4-(5-苯基-1,3,4-噁二唑-2-基)吡唑的合成及活性评价

设计合成了18个以吡唑桥连1,3,4-噁二唑和1,3,5-三嗪的新型多杂环分子[7A(a~f),7B(a~f)和7C(a~f)];通过红外光谱(IR)、核磁共振波谱(NMR)和高分辨质谱(HRMS)等对目标分子进行了结构表征;评价了目标分子对蛋白酪氨酸磷酸酯酶1B(PTP1B)和细胞分裂周期25磷酸酯酶B(Cdc25B)的抑制活性.结果表明,所有目标分子对PTP1B和Cdc25B均有较好的抑制活性,其中,9个目标分子表现出优异的PTP1B和Cdc25B抑制效果,IC50值低于齐墩果酸(PTP1B抑制活性测试参照物)和正钒酸钠(Cdc25B抑制活性测试阳性参照物),有望成为潜在的PTP1B和Cdc25B抑制剂.     

Differential Expression of Molecular Chaperones in PC12 Cells Treated with PSI

<正>Parkinson's disease(PD) is a common neurodegenerative disorder whose primary pathology features are the degeneration of dopaminergic neurons in the substantia nigra pars compacta(SNc) and the presence of eosinophilic inclusions called Lewy body in the cytoplasm of the remained neurons.Growing evidence suggests that dysfunction of the ubiquitin-proteasome system(UPS) is involved in the etiopathogenesis of PD.In order to investigate the pathogenetic mechanism of ubiquitin-proteasome dysfunction in PD,2D-differential gel electrophoresis (2D-DIGE) and MALDI-TOF Pro MS were used to determine the proteins,which were differentially expressed,in PC12 cells that had undergone a synthetic proteasomal inhibitor PSI(10μmol/L) treatment for 24 h.Forty-six protein spots were differentially expressed in response to PSI administration,of which 34 were increased and 12 decreased. Six of these were identified as molecular charperones:endoplasmin precursor(GRP94),heat shock protein 105(HSP105),HSC-70-psl,glucose ruglated protein 75(GRP75),glucose ruglated protein 58(GRP58) and heat shock 27000 protein 1(HSP27).The results suggest that the molecular chaperones play an important role in the PD model induced by proteasomal inhibitor.     

小分子α-螺旋模拟物

本文综述了近年来小分子α-螺旋模拟物的研究进展,介绍了α-螺旋结构在蛋白质相互作用中的重要性以及小分子α-螺旋模拟物在药物化学领域的应用。概括了联苯结构、酰胺结构、哒嗪结构及其他杂环结构小分子α-螺旋模拟物的最新进展,并介绍了小分子α-螺旋模拟物在蛋白质相互作用抑制剂方面的应用。总结了目前已有的小分子α-螺旋模拟物存在的一些不足之处,并对今后该研究领域的发展方向进行了展望。     

二甲基精氨酸二甲胺水解酶-1的理论研究

运用分子对接和分子动力学方法研究二甲基精氨酸二甲胺水解酶-1(DDAH-1)与其抑制剂亚胺基烯丁基-L-鸟氨酸(L-VNIO)和亚胺基丙基-L-鸟氨酸(Me-L-NIO)的相互作用和结合模式,并根据实验得到的结论设计了亚胺基苯乙基-L-鸟氨酸(Ph-L-NIO)抑制剂.结果表明:L-VNIO比Me-L-NIO对DDAH-1的抑制效果更强,这个结果与实验测得L-VNIO和Me-L-NIO对DDAH-1的半抑制浓度IC50值大小一致.Phe75、Asp78、His172、Ser175和Asp268这五个氨基酸残基在三种抑制剂形成的复合物中起到非常重要的作用,从计算结果推断在这三个抑制剂中我们设计得到的Ph-L-NIO对DDAH-1的抑制效果最好.     

3位苯甲酰腙和亚氨基取代硫脲取代的吲哚满二酮衍生物的合成及对AHAS的抑制活性

基于前期生物设计AHAS抑制剂的研究,设计合成了15个吲哚满二酮类衍生物,其中9个为新化合物,其结构均经过1H NMR,MS和元素分析确证,并对所有化合物进行了离体和活体活性测试.实验结果表明,这类化合物在体内和体外均具有一定的生物活性,在离体活性测试中,所有化合物在100μg/mL浓度下对拟南芥AHAS均表现出明确的抑制活性,其中化合物4d,4e,5a和5f在10μg/mL浓度下仍然对AHAS表现出45%以上的抑制率,但此类化合物除草活性普遍较差.