ELASTIC BEHAVIOR OF PROTEIN-LIKE SINGLE CHAIN

The conformational properties and elastic behaviors of protein-like single chains in the process of tensile elongation were investigated by means of Monte Carlo method. The sequences of protein-like single chains contain two types of residues: hydrophobic (H) and hydrophilic (P). The average conformations and thermodynamics statistical properties of protein-like single chains with various elongation ratio λ were calculated. It was found that the mean-square end-to-end distance r increases with elongation ratio,λ. The tensor eigenvalues ratio of : decreases with elongation ratio λ for short (HP)x protein-like polymers, however, the ratio of : increases with elongation ratioλ,especially for long (H)x sequence. Average energy per bond increases with elongation ratioλ, especially for(H)x protein-like single chains. Helmholtz free energy per bond also increases with elongation ratioλ. Elastic force (f), energy contribution to force (fU) and entropy contribution to force (fs) for different protein-like single chains were also calculated.These investigations may provide some insights into elastic behaviors of proteins.     

优化分离与鉴定蓝斑背肛海兔口腔神经节蛋白质组

采用双向凝胶电泳技术优化分离蓝斑背肛海兔(Notarcus leachii cirrosus Stimpson, NLCS)口腔神经节(Buccal Ganglion, BG)蛋白质组, 并获得约300个蛋白质斑点. 用组合基质辅助激光解吸电离化飞行时间(MALDI-TOF)质谱技术和胶内酶解技术测定BG蛋白质组中的96个蛋白质斑点的肽指纹(Peptide mass fingerprint, PMF)图谱. 经数据库检索与比对后, 发现96种蛋白质中仅有4种蛋白质可获得较高的匹配率, 它们分别是微管蛋白(Tubulin)、 肌动蛋白(Actin)和两个1,5-二磷酸核酮糖-羧化酶/加氧酶(Ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase, Ribulose), 均属于神经细胞骨架蛋白质; 同时还发现一种交配信号肽前体(Peptide mating pheromone precursor). 利用LOCtrees软件和分类法对56种蛋白质进行亚细胞定位与分类.     

磷脂酶A2家族的功能性分类研究

采用“结合强度指纹图谱分析”方法, 通过对多重分子对接得到的作用强度数据进行聚类矩阵分析对蛋白质进行功能分类. 着重研究了磷脂酶A₂家族基于抑制剂作用强度的功能分类, 并且与基于序列的聚类结果进行比较, 成功地解决了序列比对方法不能处理的远源蛋白(cPLA₂)的分类问题.     

扩张床吸附技术

扩张床是流化床的一种特例。它具有流化床的特点,能处理含悬浮颗粒的液体。又具有固定床的优点,流动成活塞流;返混程度低,分离效率高。作为蛋白质的初步分离方法,它能取代固液分离、浓缩和初步纯化等三步操作。具有提高收率、降低投资费用、缩短操作时间等优点,成为生物工程下游过程的研究热点。本文综述了近年来扩张床吸附技术的发展。包括：1、原理：床层的分层稳定性、吸附剂和吸附柱;2、操作：吸附、洗涤、洗脱和再生4个步骤;3、流动动力学特性：床层扩展特征和停留时间分布;4．在蛋白质纯化中的应用。     

藻胆蛋白的Langmuir-Blodgett膜——Ⅰ.R-藻红蛋白单分子膜及蛋白构象变化的研究

测定了R-藻红蛋白(R-PE)在气/液界面上的表面压-面积曲线(tt-A等温线),结果表明R-PE具有很好的成膜性能,且由n-A等温线求得的单分子占有面积与R-PE以盘状形态“平躺”于液面上时的分子占有面积相同。R-PELB膜的透射电子显微镜(TEM)图象和椭圆偏振关于R-PE单分子膜厚度的测定,说明R-PE分子在基片上的取向是其盘平面与基片表面平行。根据这些依据,提出了R-PE单分子膜的结构。将R-PE在气/液界面上形成的单分子膜在适当表面压下用LB技术转移到基片上,测得了蛋白累积单分子膜的吸收及荧光光谱,R-PE单分子膜的吸收和荧光光谱与其在水溶液中无显著差别。膜的CD光谱与R-PE水溶液的CD光谱比较说明,当R-PE成膜后其二级结构发生了变化,即蛋白的p-折叠片构象组分增加。     

RATE OF INTRA-MOLECULAR CONTACT FORMATION IN SHORT TWO-DIMENSIONAL COMPACT POLYMERS CHAINS

It is important to know the rate of intra-molecular contact formation in proteins in order to understand how proteins fold clearly. Here we investigate the rate of intra-molecular contact formation in short two-dimensional compact polymer chains by calculating the probability distribution p(r) of end-to-end distance r using the enumeration calculation method and HP model on two-dimensional square lattice. The probability distribution of end-to-end distance p(r) of short two-dimensional compact polymers chains may consist of two parts, i.e. p(r) = p1(r) p2(r), where p1(r) and p2(r) are different for small r. The rate of contact formation decreases monotonically with the number of bonds N, and the rate approximately conforms to the scaling relation of k(N) ∝ N-α. Here the value of α increases with the contact radius a and it also depends on the percentage of H (hydrophobic) residues in the sequences of compact chains and the energy parameters of εHH, εHP and εPP . Some comparisons of theoretical predictions with experimental results are also made. This investigation may help us to understand the protein folding.     

甲酸－异丙醇体系分离蛋白质时甲酸的作用研究

 本文在反相高效液相色谱上，用甲酸－异丙醇体系作流动相，研究了甲酸浓度变化对蛋白质分离的影响。结果表明当甲酸浓度增加时，蛋白质的保留时间减小和计量置换模型之值的降低反映了甲酸在这个体系中具有洗脱剂的作用。甲酸使蛋白质在流动相中的溶解度增大，具有离子对试剂的作用。在这个体系中甲酸还具有破坏蛋白质结构的功能。     

大鼠肝脏金属硫蛋白的分离纯化和金属硫蛋白亚型-Ⅱα结构域片段的制备及其核磁共振鉴定

Wistar雄性大鼠经腹腔注射CdCl_2诱导其肝脏合成金属硫蛋白。取鼠肝,先经匀浆、热变性、乙醇-氯仿萃取、丙酮沉淀等步骤,后由Sephadex G-75、DEAE-52柱层析,得金属硫蛋白的两亚型Ⅰ和Ⅱ。经原子吸收光谱测定每蛋白分子含有5个镉和2个锌。用枯草杆菌酶割法制备并分离了金属硫蛋白亚型Ⅱ的α结构域片段。还用NMR研究了金属硫蛋白的两个亚型及所得的α结构域片段。     

鲁米诺-四磺基锰酞菁-过氧化氢化学发光体系在蛋白质测定中的应用

1 引 言蛋白质的分析测定在科研和临床上都具有重要意义。目前已建立了许多对蛋白质进行定量的方法。利用血红素等天然酶,或者金属卟啉催化鲁米诺化学发光,已实现了对蛋白质样品的化学发光测定。作为与金属卟啉有类似母体结构的化合物,金属酞菁在荧光和化学发光分析中已显示了强烈的催化活性。在本文中,将MnTSPc用于催化鲁米诺-过氧化     

纳米荧光小球标记在蛋白质微阵列检测中的应用研究

研究了不经分离、一次性制备氨基化联吡啶钌掺杂的双层二氧化硅纳米小球的方法。实验证明该纳米小球尺寸均匀,光稳定性、水溶性好,分散稳定。通过简单的偶联反应后,它能有效的和蛋白质结合,结合后的蛋白能保持其生物活性。以此纳米荧光小球为标记物,应用于蛋白质微阵列的定量检测,结果发现其效果明显优于相同条件下以异硫氰酸荧光素(FITC)为标记物的定量结果,检出限可以达到3.5 mg/L。