RNA聚合酶体外转录PSTV cDNA的研究

酵母RNA聚合酶Ⅱ虽能在体外忠实转录PSTV,但不能转录相应的cDNA。大肠杆菌RNA聚合酶不仅能转录PSTV,还可转录其cDNA。根据对转录产物的聚丙烯酰胺凝胶电泳分析,Southern分子杂交以及非转录反应的排除实验确证:大肠杆菌RNA聚合酶转录PSTV cDNA 属于忠实性转录。本文首次提出 PSTVcDNA可以构成一个转录单位,其中含有能指导特异性转录起始的启动子区。证明此启动子区在Avall酶切后的132bp小片断上,很可能在5′端BamHl切点附近。     

表面引发的DNA杂交链式反应的石英晶体微天平研究

通过石英晶体振荡技术研究了杂交链式反应这种核酸扩增的方法. 石英晶体微天平可以表征在晶体和溶液的界面上的DNA层, 并获得粘性穿透深度这一重要参数. 根据石英晶体表面吸附质量和振荡频率之间的关系, 我们测量了表面引发的杂交链式反应的动力学过程, 并获得界面上的粘度、剪切模量等参数. 这一工作为研究固液界面上核酸反应过程, 特别是杂交链式反应的机制提供了新的途径.     

污染土壤中主要石油降解基因AlkB和Nah定量检测方法的建立和应用

建立了SYBR Green I实时荧光定量聚合酶链式反应(Real Time-qPCR)检测油田污染土壤中烷烃降解基因AlkB和萘降解基因Nah的方法。比对相关降解石油菌株的GenBank序列,设计合成针对烷烃和萘降解基因扩增引物AlkBf/AlkBr和Nahf/Nahr。将纯化的常规PCR胶回收产物与pEASY-T1载体连接,转化到感受态细胞培养。提取并梯度稀释阳性克隆质粒,构建Real Time-qPCR标准测定曲线。25μL扩增体系最佳反应条件:前后引物终浓度为0.2μmol/L,12.5μL 2×TransStart Top Green qPCR SuperMix,AlkB和Nah基因最适退火温度分别为50℃和57℃。Real Time-qPCR技术显示出很高的灵敏性和重复性,比传统PCR技术灵敏度高100倍。对采集于某油田3个功能区的14土壤样品中AlkB定量检测显示,石油污染严重的采油区含有最高的AlkB拷贝数,污染较轻的生活区AlkB拷贝数最少;Nah基因分布均匀。     

聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性和芯片生物分析技术用于渤海地区鱼种鉴定

以渤海湾具有重要商业价值的9种海鱼(小黄鱼、花鲈、蓝点马鲛、鲐、钝吻黄盖鲽、棘头梅童鱼、许氏平鲉、高眼鲽和长蛇鲻)为研究对象,利用聚合酶链式反应(PCR)-限制性片段长度多态性(RFLP)和芯片生物分析技术对其进行鱼种鉴定。首先提取其基因组脱氧核糖核酸(DNA),对其细胞色素b的特定片段(464 bp)进行扩增,然后选择DdeI、HaeIII和NlaIII3种限制性内切酶进行酶切,并利用芯片生物分析技术得到酶切产物的特异图谱和确切的片段大小,从而有效区分了9种海鱼。研究结果表明,PCR-RFLP和芯片生物分析技术在鱼种鉴定上具有精确、鉴别和快速三大优势,可为鱼类食品检测提供科学依据。     

大肠杆菌O157:H7微滴数字PCR定量方法的建立

以大肠杆菌O157：H7(E. coli O157：H7)rfbE基因为靶基因,建立了可对其准确定量的微滴数字PCR( ddPCR)方法。对ddPCR反应中的探针浓度进行了优化,考察了方法的线性范围、精密度、定量限和检出限。最终确定ddPCR 反应中的最佳探针浓度为300 nmol/L。 E. coli O157：H7基因组 DNA 浓度范围为4~1.25×105拷贝/20μL ddPCR反应液时,ddPCR方法线性相关系数( R2)为0.999。当DNA浓度为760~88400拷贝/20μL 时,方法的精密度最好( RSD<5%)。本方法的定量限为4拷贝/20μL,检出限为3拷贝/20μL。特异性验证结果表明,建立的ddPCR方法特异性良好,对13份猪肉、牛肉和鸡肉样品的检测结果与定量PCR方法检出结果一致。     

Determination of periodontal pathogens in human oral cavityEI北大核心CSCD

The simultaneous detection of Porphyromonas gingivalis （PG）,Tannerela forsythia （TF）,and Treponema dentinarum（TD）based on multiplex polymerase chain reaction（PCR）and capillary electrophoresis （CE）,and the effect of sampling position were investigated. Results demonstrated that there was a linear relationship between migration time and DNA length when DNA fragments were separated by capillary electrophoresis,and the correlation coefficient was 0.9976. In 0.5% hydroxyethyl cellulose （HEC）,the PCR products of these periodontal pathogens could be separated within 1.6 min. When sampling at different positions in the periodontal pocket,the PCR products were also different. When analyzing PCR products by capillary electrophoresis,the maximum relative deviation of the peak time was 7.4%. Based on fluorescence intensity,it could be inferred that the concentrations of PG,TD and TF in the gingival fluid were 5.13×10-11 ,7.89×10-11 and 4.87×10-11 ng/µμL,respectively. © 2023, Youke Publishing Co.,Ltd. All rights reserved.     

变性无胶毛细管筛分电泳分析聚合酶链式反应产物

在分离Ｙ染色体性别决定区,人１１号染色体短β－珠蛋白基因部分序列扩增产物和ＰＢＲ３２２／ＨａｅⅢ标准片段的混合样品时,ＳＲＹ和１０８／Ｂ的迁移时间均产生较大的偏差,在尿素变性存在的无胶筛分体系中迁移时,这种迁移时间的偏差得以消除,这意味着尿素性剂的存在消除了ＤＮＡ空间结构对迁移的影响,ＤＮＡ在此筛分介质中的迁移只与其片段长度有关。