HIV-1整合酶与抑制剂LCA的结合模式及抗药性研究

Ⅰ型人体免疫缺陷病毒(HIV-1)整合酶(integrase, IN)是病毒生命周期中一个重要的酶, 也是研究抗HIV新药的一个重要靶点. 运用多构象分子对接和分子动力学(molecular dynamics, MD)模拟, 研究了野生型整合酶核心区及G140S点突变的突变态整合酶核心区与抑制剂L-菊苣酸(L-chicoric acid, LCA)的结合模式, 并基于该结合模式探讨了G140S突变态整合酶对抑制剂LCA的抗药性. 结果表明: LCA结合到G140S突变态整合酶核心区中的位置与结合到野生型整合酶核心区的位置不同, 结合位置的差异导致LCA抑制作用的部分丧失; IN功能Loop区的柔性以及Mg²⁺离子与三个关键残基D64, D116和E152之间的相互作用有助于IN发挥生物学功能; G140S突变态整合酶核心区中的E152与LCA的排斥作用、K159与LCA结合能力的变弱以及Y143指向IN的口袋区是产生抗药性的重要原因. 这些模拟结果与实验结果吻合, 可为基于IN的抗HIV药物分子设计提供一些有用信息.     

鞘磷脂和神经节苷脂对磷脂酰乙醇胺混合脂超分子体系液晶态立方相Im3m和Pn3m结构影响的研究

用磷脂酰乙醇胺(DEPE)、鞘磷脂(Sphingomyeline, Sph)、神经节苷脂(Gm1)和胆固醇(Chol)模拟了生物膜超分子体系液晶态结构, 通过用小角X射线衍射(SAXD)对混合脂体系液晶态结构进行了研究, 鉴定出了两种立方相: 即Im3m(Q²²⁹)和Pn3m(Q²²⁴)结构. 实验发现, 鞘磷脂的含量对DEPE膜的结构有一定的影响, 随着鞘磷脂浓度的增加, 混合脂体系的液晶态结构发生了由Im3m(Q²²⁹)到Pn3m(Q²²⁴)的变化. 神经节苷脂(Gm1)的含量对混合脂体系的液晶态结构也有一定的影响, 当神经节苷脂(Gm1)含量达到某一临界值时, 混合脂体系的液晶态结构发生了从Im3m(Q²²⁹)到Pn3m(Q²²⁴) 的变化. 当DEPE-Shp-Gm1超分子聚集体中含有胆固醇时, 胆固醇的极性头部(—OH)与磷脂酰乙醇胺(DEPE)、鞘磷脂(Shp)、神经节苷脂(Gm1)的极性头部通过氢键相互作用形成液晶态立方相Im3m(Q²²⁹)结构, 再通过疏水/亲水相互作用形成稳定的Pn3m (Q²²⁴)结构.     

黄素酶的模拟

本综述介绍模拟黄素酶的进展, 涉及两条途径: 半合成黄素酶和黄素酶模型化合物。     

剪应力下弱作用势胶体颗粒聚团的特点

探讨了不同剪应力下，具有Ｌｅｎｎａｒｄ－Ｊｏｎｅｓ势的胶体颗粒聚团的结构特性，包括簇团的大小分布，径向分布函数，分形维数和原子配位数。研究表明，在弱作用力下，胶体簇团的分布随剪应力的增加而趋向小簇团一边；径向分布函数曲线随剪应力的增加而降低，胡在近程距离内降低得最多；分形维数随剪应力的增加表现为先增加后减小的趋势，其值随模拟条件的不同而在１．９－２．４之间变动。剪应力“场”对分形维数的大小没有太大     

一种新型金属胶束模拟氧化酶的合成及其对苯甲醇的催化氧化作用

通过酯化、Fries重排、磺化、缩合、络合等反应,首次合成并表征了席夫碱型双亲性配体及其Cu( )配合物,合成总产率为24.5%;测定了配体及配合物在水溶液中的表面张力(最低分别为30和36mN/m)及临界胶束浓度(分别为6.2×10-4和2.5×10-3mol/L);考察了配合物在稀碱溶液中催化苯甲醇的空气氧化作用:在40℃、10%NaOH溶液中,配合物催化苯甲醇空气氧化生成苯甲醛的产率达到57.8%,表明该配合物具有较好的双亲媒性和较高的催化空气氧化苯甲醇的性能.     

共聚物配体交替结构与其催化活性关系的理论研究

本文采用以ASED-MO(含原子对排斥的EHMO法)为基础的结构自动优化的EHTOPT法及Monte-Carlo法, 对甲醇羰基化制乙酸催化剂的共聚物配体交替结构进行了理论研究。计算了AA, AB, BB, BA二聚反应的反应途径, 找出了过渡态, 并确定了反应活化势垒。在假设两反应频率因子相同的前提下, 求出竞聚率, 采用Monte-Carlo法模拟共聚物结构, 计算出共聚物配体中起催化活性的AB交替结构所占比率。比较不同共聚物配体的活性, 并研究了温度及单体配比对共聚物配体交替结构的影响。     

Λ-、△-[Rh（bpy）2chrysi]^3＋对含C：T错配的DNA序列识别作用的分子模拟研究

通过分子模拟方法研究了手性金属配合物[Rh（bpy）2Chrysi]^3＋（bpy=2，2’-bipyridineChrysi=5，6-chrysenequinonediimine）对包含C：T错配碱基对的B-DNA序列的识别作用．结合类似的针对含G：A错配的和正常的B-DNA序列的识别作用研究，发现配合物I-Rh（bpy）zChrysi]^3＋可以对错配B-DNA序列进行序列特异性的识别．能量对比计算结果表明，该经典插入识别作用倾向于在错配碱基对附近进行，其中△-[Rh（bpy）2chrysi]^3＋比其手性异构体更占优势．这同Barton教授工作组的实验结果是一致的．另外插入作用倾向于在错配序列中的正常双碱基对C3A4／G3T4（错配碱基对附近）中从小沟进行．与该配合物对含G：A错配的和正常的B-DNA序列的识别作用不同的是，对包含C：T错配碱基对的B-DNA序列的识别作用倾向于从小沟进行．这一点可能源于C：T碱基对结构的不同．     

锰卟啉一次氯酸钠模拟体系中由芳醛制备相应羧酸

前文报道了在金属卟啉-次氯酸钠模拟体系中氧化苯甲醛时,金属卟啉结构与其催化性能的关系,结果表明:四(2.6-二氯)苯基卟啉合锰是稳定性能最好及活性较高的催化剂。本文进一步报道各种因素对反应的影响,并在此基础上提出了由芳醛合成相应羧酸的新方法。     

面心立方C60表面过程的计算机模拟

近年来发现的C60及其金属掺杂化合物形成一个新的材料族，其半导体性质、超导性质及非线性光学性质已受到广泛注意，但目前对这类材料的表面性质尚缺乏研究，我们曾采用参数化的Lenard－Jones6－12模型函数比较不同晶型C6o的相对稳定性　[1]，预测面心立方C60（FccC60）的声子散射频率和态密度[2]，并计算其表面能[3]，取得有意义的结果，表明这一简单模型势能函数是C60分子间有效范德华作用的一种合理抽提．本工作进一步将该势能函数应用于研究fccC60表面吸附分子的迁移机理，并用蒙特卡罗方法模拟fcC（110）及（100）晶面的熔化过程，…     

双嵌段共聚物薄膜介观结构的耗散粒子动力学模拟

采用耗散粒子动力学(Dissipative Particle Dynamics, DPD)方法模拟两平行平板间的双嵌段共聚物体系的介观结构. 模拟结果表明, 随板间距的增大, 体系分层数量的增加是不连续的, 在分层数量的增加过程中, 出现不规则结构的过渡区；聚合物链末端距随板间距的增大呈周期性振荡, 振荡幅度逐渐减小. 对模拟结果的分析表明：层状结构转变点与分层数量之间存在近似线性关系；层状结构转变点近似与共聚物链长的2/3次方成正比.