CoMFA 3D-QSAR Analysis of Epothilones Based on Docking Conformation and Alignment

Epothilones belong to a class of novel microtubule stabilizing and anti-mitotic agents, which have a paclitaxel-like mechanism of action. A three-dimensional quantitative structure-activity relationship （3D-QSAR） model was built for epothilones by the method of comparative molecular field analysis （CoMFA） combined with the flexible docking technology. The docking CoMFA model gave a good cross-validated value of q2=0.784 with an optimized component of 6 and the conventional correlation coefficient of r^2=0.985. The statistical results show that the model has good ability to predict the activity of the studied compounds. At last, the docking CoMFA model was analyzed through contour maps complemented with MOLCAD-generated active site potential surface in the α,β-tubulin receptor, which can provide important information for the structure-based drug design.     

天花粉蛋白溶液构象与稳定性及生物活性的关系

用圆二色性研究了天花粉蛋白在不同PH,不同温度和不同的时间条件下的溶液构象变化.阐明了天花粉蛋白溶液的外部环境,并研究了天花粉蛋白的溶液构象与抗生育活性的关系,结果表明随着溶液中a-helix含量的增加,抗生育活性也相应增加,当a-helix含量减少到15%以下,其抗生育活性也就丧失.     

天花粉蛋白的化学VI.用液光拉曼光谱研究天花粉蛋白的二级结构

由天花粉蛋白的水和重水溶液的激光拉曼光谱,测得酰胺III谱带1240cm[-1]和酰胺I谱带1632,1660cm[-1]对CH2弯曲模式1448cm[-1]的强度比值,按Lippert等建立的方程组作定量计算,求得天花粉蛋白的二级结构含量为α-螺旋43.5%,β-折叠31.3%和无序25.2%,它们与4A分辨率天花粉蛋白单晶X射线衍射法的结果相一致,同时,研究了上述溶液的冻干粉状固体的二级结构,经过冻干,使其中约10%的β-折叠转变成无序构象,而α-螺旋含量无明显变化,在水溶液中,由测得的I850/I830比值计算,天花粉蛋白中的酪氨酸残基约有805呈"暴露式"。     

蒙特卡洛模拟退火与距离限制相结合的方法在多肽溶液构象分析中的应用

多维核磁共振技术的飞速发展议得其在生物大分子结构测定方面的应用已经达到可以与【射线晶体学并驾齐驱的地步．蛋白质结构堆积紧密，较适合于用核磁共振方法给出确定的结构．与蛋白质不同的是多肽的柔性较大，在溶液中可能存在多种构象，核磁共振实验给出的只是平均信息＊．利用核磁，（振数据构建分子结构模型常用的方法有距离几何、分子动力学等，在由核磁共振NOESZ得到的距离信息足够多时可以给出较好的结果问．由于多肽本身的特点：柔性较大，由核磁共振得到的距离信息较少等，利用距离几何、分子动力学方法进行构象搜索时容易陷入…     

应正确阐述结构、构造、构型和构象等基本概念

通过对构造、构型与构象概念之间的联系与区别，以及差向异构体定义问题的讨论，针对现行教材中存在的不足，从概念的严密性上进行了比较深入的分析，指出了规范有机化学中的基本概念的必要性和可行性。     

关于环己烷构象教学的探索

本文介绍了在有机化学教学中，从乙烷交叉式构象的锯马式及纽曼投影式出发，推导出环己烷的椅式和船式构象的准确书写方法，并外推到十氢萘，氢化菲的各构象式的准确表达形式，在教学中取得预期的效果。     

毛细管电泳-单链构象多态性分析检测K-ras基因突变

K ras癌基因的点突变在结直肠癌的发生起重要作用。以异丙醇为聚合反应链转移剂,水相法合成 特性粘度为0.70×10-3m3/kg,分子量为6.5×104的低粘度短链线性聚丙烯酰胺。以6%线性聚丙烯酰胺为 筛分介质,分离温度27℃,分离电压9kV为电泳条件,建立了检测K ras基因突变的毛细管电泳 单链构象多 态性方法。利用该方法检测36例结直肠癌患者肿瘤组织,发现12例K ras基因突变。结果表明:该方法具有 快速、高灵敏的优点,为大规模进行结直肠肿瘤的早期诊断提供了可靠方法。     

15-甲基-双环[10,3,0]十五碳-1(12)-烯-13-酮的晶体结构及分子稳定构象

15-甲基-双环[10,3,0]十五碳-1(12)-烯-13-酮的单晶属空间群P2_1/n,晶胞参数:a=0.4838(1)nm,b=1.3949(2)nm,c=2.1645(4)nm,β=92.07(1)°,Z=4.其中平面五员环呈刚性。另一个含烯十二员环的实际构象与分子力学计算的最稳定构象一致。     

不对称合成 ⅩⅥ.(十)-樟脑亚胺的立体控制反应和樟脑结构的研究——(十)-樟脑缩苄胺转动势能计算和构象分析

本文对N-(对-硝基)苄基-1,7,7-三甲基-双环[2.2.1]庚烷-2-亚胺(3)和N-[11—[12-羟基-12-二苯基]甲基]苄基-1,7,7-三甲基-双环[2.2.1]庚烷-2-亚胺(4)进行了X-射线晶体结构分析。采用MOPAC程序的MNDO方法对(+)-樟脑缩苄胺即N-苄基-1,7,7-三甲基-双环[2.2.1]庚烷-2-亚胺(2a)的内部转动势能进行了理论计算。结果表明,(+)-樟脑缩苄胺(2a)以反式(trans)构象形式存在,它在不对称反应中的立体选择性主要受樟脑环上方C10甲基的控制。     

磁性高分子链的磁性质和构象性质的Monte Carlo模拟

采用退火 (Annealing)MonteCarlo方法 ,从高温到低温顺序模拟了简立方格点上考虑最近邻Ising相互作用的磁性高分子链在不同温度的磁性质和构象性质 .磁性高分子链在低温下存在自发磁矩 ,无限长链的临界温度Tc=1 77± 0 0 5J kB.在临界温度附近 ,高分子链经历了从伸展的无规线团到紧缩球体的塌缩相变 .对链的尺寸、形状、近邻数及能量的分析表明 ,高分子链的构象性质从温度Tc=1 77开始发生较明显的变化 ,这表明高分子Ising链的相变是Ising相互作用和链节运动协同作用的结果 .