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E.coli和Yeast基因起始与终止密码子邻近序列碱基保 … 总被引:4,自引:1,他引:3
计算E.coli和Yeast基因起始与终止密码子邻近序列单碱基、相邻双碱基、相邻三碱基的碱基出现概率得出的M1(l)、M2(l)、M2(l)值,很好地体现了原核生物E.coli和真核生物Yeast翻译起始区域的显著差异;矩阵P的本征值之和,可作为衡量不同生物基因碱基保守性,关联性强弱强度的一个指标。 相似文献
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用离散量方法预测细胞凋亡蛋白的亚细胞位置 总被引:2,自引:0,他引:2
细胞凋亡蛋白的亚细胞位置与它的功能紧密相联.基于一个凋亡蛋白的亚细胞位置主要决定于它的氨基酸序列这一观点,提出了一种新的预测凋亡蛋白亚细胞位置的算法——离散量方法.计算了蛋白质一级序列中紧邻残基对的出现个数,作为离散源中的参数,利用离散增量极小化对四类凋亡蛋白进行定位预测.采用Zhou和Doctor使用的数据库,通过Re-sub-stitution检验和Jack-knife检验方法,离散量方法比他们使用的协变判别式算法总体预测成功率分别高1.0%和12.2%;采用我们自己整理的扩大以后的数据库,通过Re-substitution检验和Jack-knife检验方法,总体预测成功率分别为88.1%和78.1%. 相似文献
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蛋白质酪氨酸磷酸酶SHP-1的中药抑制剂筛选 总被引:2,自引:0,他引:2
用含有蛋白质酪氨酸磷酸酶SHP-1催化结构域(ΔSHP-
1)的质粒转化大肠杆菌, 得到ΔSHP-1的高效表达, 经分离纯化后, 以ΔSHP-1为靶标, 通过体外酶反应动力学实验, 对157种中药水提液的抑制效果进行研究, 筛选出两种对ΔSHP-1具有显著抑制作用的中药: 山茱萸和蒲公英, 并对其IC50及抑制类型做了进一步研究. 为建立蛋白质酪氨酸磷酸酶抑制剂的筛选方法和中药在治疗免疫疾病和糖尿病上的开发
和应用提供了理论依据. 相似文献
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前列腺癌是男性癌症死亡的第二大原因,前列腺癌患者五年生存率仅为30%。m6A修饰和长链非编码RNA(Long non-coding RNA,lncRNA)在前列腺癌的预后中起着非常重要的作用。因此,研究m6A与lncRNA之间的关系对改善前列腺癌患者的预后生存将有所帮助。本文研究了与m6A相关的lncRNA和与免疫基因相关的lncRNA,通过LASSO分析构建了基于六个lncRNA基因的预后模型,将前列腺癌样本分为高、低风险组,KM生存分析显示高风险组患者预后较差。通过单因素和多因素分析发现该模型可能是预测前列腺癌患者的独立因素。通过突变数据分析发现肿瘤突变负荷与该模型存在密切联系;免疫浸润分析得出高、低风险组中免疫细胞浸润存在差异;GO和KEGG分析结果发现m6A修饰主要富集在肌肉收缩、离子通道活性上。这些研究结论有望提高前列腺癌患者的预后生存率。 相似文献