Characterization and Three-dimensional Structural Modeling of Humic Acid via Molecular Mechanics and Molecular Dynamic Simulation

The humic acid（HA） sample obtained from the alluvial soil was characterized by elemental composition, pyrolysis gas chromatography-mass spectrometry（Py-GC-MS） and solid-state 13C nuclear magnetic resonance （13C NMR） spectroscopy. There is high fat content and a few nitrogen-containing functional groups in HA. Py-GC-MS demonstrates the characterization and structural identification of HA. One long list of identified pyrolysis products was proposed for the construction of conceptual model of HA. Solid-state 13C NMR data indicate there are higher values of alkyl-C, O-alkyl-C and aryl-C in HA. The elemental composition, structural carbon distribution and L3C NMR spectroscopy of simulated HA are consistent with those of experimental HA. HyperChem was used to simulate the three-dimensional molecular structure of the monomer, which was optimized by the molecular mechanics of the optimized potential for liquid simulations（OPLS） force field and molecular dynamics simulation to get the stable and balanced conformation. The deprotonation process study depicts that the degree of ionization of HA gets deeper, while the electronegativity of HA and the energy of van der Waals（vdW） increase. Moreover, the 3D structure of humic acid with -4 charges is the most stable. The deprotonation process is an endothermic process.     

电喷雾质谱在金属配合物研究中的应用

综述了电喷雾质谱(ESI-MS)在金属配合物分析中的应用,详细介绍了电喷雾质谱在测定金属配合物的分子量、表征金属配合物的结构、分析金属离子与配体的相互作用及相关机理等方面的研究进展.     

QM/MM自由能模拟3-吲哚乙酸甲基转移(IAMT):催化机理和底物特异性(英文)

3-吲哚乙酸甲基转移(IAMT)催化甲基化植物激素3-吲哚乙酸(IAA)的端位自由羧酸,被认为在叶片发育过程中起到了至关重要的作用.然而,目前对于酶催化机理的详尽过程尚未被研究。在这里本文对拟南芥的甲基转移过程(AtIAMT1)进行结合量子力学和分子力学(QM/MM)的自由能模拟,并确定了其催化机制及IAMTs的底物特异性根源.研究表明,从S腺苷L甲硫氨酸(AdoMet)到3-吲哚乙酸盐(IAA)的甲基转移自由能垒要比从AdoMet到水杨酸盐的自由能垒低很多,这与之前的实验发现以及酶的底物特异性完全一致.这表明,与水杨酸相比,IAA相对高效性的甲基化是由于一部分过渡态构型的稳定性可能通过底物结合反映在反应物里,本文研究支持了之前关于计算模拟可对SABATH系列中酶的底物特异性根源进行深入理解的设想,并且可用来帮助生成可控的并具其他底物特异性的酶的实验研究.     

两个dpa类配体的铜(Ⅱ)配合物的合成、结构、核酸酶活性及细胞毒性

以dpa衍生配体合成2个单核铜配合物[CuL（NO₃）₂]（1）和[CuL（OAc）（H₂O）]ClO₄（2）,并对其进行了表征。单晶结构显示,配合物1中的Cu中心可以描述为畸变的五角双锥构型,而2的Cu中心为畸变的八面体构型。运用电子吸收和发射光谱法研究了配合物与CT-DNA的键合作用,结果表明2个配合物与DNA的相互作用均为部分插入模式。通过改变浓度、时间进一步检测配合物切割DNA的能力,以及验证其切割机理,结果表明在外界诱导剂存在下,2个配合物均表现出强的切割DNA的能力,其作用机理为氧化切割机理,其中活性氧可能为·OH和1O2。利用MTT法测定了配合物对体外HeLa、HepG-2和SGC-7901肿瘤细胞增殖的抑制能力。     

液体混合物的推广Vander Waals理论

本文通过对Van der Waals模型中排斥体积的修正, 建立了一个液体状态方程式,并将它推广到了二元液体混合物, 预测和关联了液体混合物的过量性质, 计算结果表明, 可与Flory理论相比拟, 但所需提供的纯组分性质比Flory理论少, 计算也得到了简化.     

N-(4,6-二甲氧基嘧啶-2-基)-N'-磷酰基脲类衍生物的合成及生物活性

利用二氯代磷酰基异氰酸酯与4,6-二甲氧基-2-氨基嘧啶的加成反应合成了中间体N-(4,6-二甲氧基嘧啶-2-基)-N'-二氯代磷酰基脲(Ⅰ).Ⅰ与2倍的醇或胺反应得到对称双取代磷酰基脲类化合物Ⅱa_Ⅱi;Ⅰ与1倍的胺反应得到氯代磷酰基脲类化合物Ⅲa_Ⅲe,再与1倍的醇反应则得到不对称双取代磷酰基脲类化合物Ⅳa_Ⅳg.生物活性测定结果表明,化合物Ⅱ、Ⅲ和Ⅳ均显示一定除草活性.     

以乙二胺为分子绳索的C60自组装单层膜和双层膜的激光质谱研究

富勒烯的固体薄膜一般分为气相沉积膜、液相沉积膜、LB(Langmuir Blodgett)膜和化学自组装膜.化学自组装膜是通过特定的化学反应,将富勒烯通过化学键固定于基片上而形成的膜.     

底质中总磷的测定方法探讨

在一定的温度下,用硫酸和高氯酸进行消解,使不溶性磷酸盐和有机磷转化为正磷酸盐进入溶液,待测液与钼酸铵反应生成磷钼杂多酸,当加入还原剂氯化亚锡后则转变成蓝色络合物,进行比色测定。该法随氧化剂的种类、反应温度和时间,以及中和剂碱的种类不同可获得不同的结果。因此,必须严格按操作步骤进行。测定结果显示,精密度和准确度满足实验要求。     

三角形银纳米片的合成及其影响因素

报道了一种在不需光照的条件下制备三角形银纳米片的新方法.在表面活性剂BRIJ35存在下,将硝酸银用硼氢化钠和柠檬酸钠还原,在不同温度范围内反应形成各种尺度的三角形银纳米片,探讨了硼氢化钠浓度、BRIJ35浓度和表面活性剂的种类和溶液pH值等因素对银纳米颗粒形貌和尺寸的影响.     

全二维液相色谱(IEC/RP)的构建与评价

以IEC/RP模式构建了二维液相色谱系统,采用平行交替柱捕集分析的2位十通切换阀作接口,第一维洗脱产物按10:1的分流比分流后,得到IEC和RP切换谱图.以5个标准蛋白混合物的分离评价该系统,在单独一维模式中不能分离的样品在全二维液相色谱中得到了很好的分离.