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为实现对人腺病毒六邻体家族蛋白进行快速准确的结构建模, 本研究发展了一种新的基于进化树的预测蛋白质家族中一系列分子三维空间结构的快速建模方法. 首先利用邻接法对7株D亚属人腺病毒的六邻体序列构建了基于距离的进化树, 并根据进化树所提供的信息, 确定最佳六邻体家族蛋白渐进式建模路径, 然后利用Modeler与Charmm程序实现六邻体家族蛋白的快速建模. 新的建模方法与传统方法相比, 所需要的计算量大大减少, 结果经过结构评估以及与传统方法建模所得到的结构进行比较,证实基于进化树的快速模建结果是可靠的. 人腺病毒六邻体家族蛋白的快速建模, 对于实现快速高通量的表位预测及开发多价人腺病毒疫苗与腺病毒分型诊断试剂都具有非常重大的意义. 相似文献
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运用柔性分子对接和分子动力学方法, 深入研究了4-(氮乙酰氨基)-5-胍基-3-(3-戊氧基)安息香酸(BA)与各类型神经氨酸酶(N1, N2, N9亚型和B型)间的作用机制. 结果显示, BA与各类型神经氨酸酶结合模式存在差异, 但作用机制比较相似: 与它们的活性腔均匹配良好, 并形成稳定的复合体系, 最大结合能分别等于-1233.62, -1385.72, -663.11, -1058.87 kJ•mol-1. 这表明BA对各类型神经氨酸酶均有良好的抑制效果. 进一步分析发现, BA与各类型神经氨酸酶活性腔内保守关键氨基酸残基发生较强的静电和氢键作用, 而与易突变氨基酸残基作用较弱, 表明了活性腔内易突变氨基酸残基发生突变也不会对抑制效果造成明显影响. 因此, BA是一种极具应用前景的新型抗流感病毒药物. 结合以前的研究结果, 我们提出了以BA为底物的抗流感病毒药物的修饰方向. 相似文献
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