考虑极性基团相互作用影响的疏水常数计算方法

通过对点价的修正,将分子连接性指数转变成为一种量子拓扑指数,由于改进后的量子拓扑指数能够很好地表达分子的体积和电性等结构信息,因此该指数与疏水常数计算中的极性基团相互作用有很好的相关分子的体积和电性等结构信息,因此该指数与疏水常数计算中的极性基团相互作用有很好的相关性,实际计算表明,对于含有极性基团的分子,用该指数计算的结果更加精确。     

分子动力学模拟研究结构金属镁离子在GSK-3β激酶磷酸化中的作用

糖原合成酶激酶-3β(GSK-3β)是一种丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶, 调节糖原合成酶的活性, 并在生物体内的多条信号通路中发挥作用. GSK-3β是糖尿病, 肿瘤, 急性炎症, 早老性痴呆等多种复杂疾病的药物作用靶标.Mg²⁺是GSK-3β激酶的保守结构金属离子, 与三磷酸腺苷(ATP)分子作用, 在激酶的磷酸化中扮演重要的角色,本文阐明了两个Mg²⁺离子(Mg²⁺_I , Mg²⁺_II)在激酶磷酸化中的作用: Mg²⁺稳定GSK-3β与ATP的构象. 缺乏Mg²⁺离子, GSK-3β结构的柔性增强, 同时ATP的构象发生改变, 相对Mg²⁺_II离子而言, Mg²⁺_I离子在磷酸化反应中的作用更突出, 但Mg²⁺_II离子也是必不可少的, 如果没有Mg²⁺_II离子, Lys183 无法独立稳定ATP的合适构象. 当两个Mg²⁺离子都不存在时, ATP形成分子内的氢键, 成为一种折叠的构象.