VMD在分子间相互作用教学中的应用*——以丙氨酸二肽与水形成的氢键为例

在“计算机在化学中的应用”课程教学中,借助VMD软件揭示溶液中丙氨酸二肽(ALAD)与水分子间存在的氢键作用及其对多肽分子结构的影响。课堂教学过程中将有机化学中抽象的氢键以三维立体动画的形式在课堂上展示,并在上机实践教学中引导学生从定性和定量的角度对多肽与水分子间的氢键相互作用机制进行解析,能够丰富教师课堂教学手段,深化学生宏微观探析、证据推理与模型认知的化学学科核心能力。     

一类二阶中立型方程的周期解

利用Ｆｏｕｒｉｅｒ级数理论，研究了一类二阶中立型方程ｘ（ｔ）＋ａ１ｘ（ｔ）＋ａ２ｘ（ｔ）＋ｍ／∑ｉ＝１《ｕｉｘ（ｔ－ｈｉ）＋ｕｉｘ（ｔ－ｈｉ）＋ｗｉｘ（ｔ－ｈ）ｉ］＝ｆ（ｔ）的周期解问题，获得了保证其具有连续二阶导数的周期解存在唯一的些简便的充分条件。     

正态云模型果蝇优化算法及其应用

提出了一种基于正态云模型的果蝇优化算法(NCMFOA).该算法通过直接将果蝇位置赋值给气味浓度判定值和引入正态云模型来刻画果蝇嗅觉搜索行为的随机性与模糊性,从而解决了果蝇优化算法(FOA)不能搜索负值空间的缺陷,并有效克服了 FOA算法在解决复杂优化问题时容易陷入局部极值的不足.通过正态云模型熵值的动态调整,使得NCM...     

新型铁系催化剂聚合丁二烯

以铁化合物Fe(CF3SO3)2为催化剂,烷基铝为助催化剂,亚磷酸二异辛脂(P8)为给电子体,研究了该催化体系对丁二烯的聚合行为。 结果表明, 催化体系（n(Fe)∶n(P8)∶n(Al)=1∶4∶20）具有良好的聚合活性和间同立构选择性,并且聚合活性和间同立构选择性随聚合温度升高而增加,50 ℃时可得到1,2-结构含量大于85%、间规度达99%以上的间同1,2-聚丁二烯;该催化体系具有很好的立体选择性和温度耐受性,克服了以往铁系催化体系立体选择性差、需要低温聚合的缺点,并且催化体系不涉及使用有毒、有害的催化剂组分。     

多肽一级结构表征与抗菌肽QSAM建模

从整体上考虑多肽一级结构, 提出了3种仅基于多肽氨基酸序列、 计算简便、 适于不等长肽和可捕获多肽上下文关联特征的多肽新描述子, 即地统计学关联(GS-AA531)描述子、多尺度组分与关联(MSCC)描述子和地统计学关联与多尺度组分(GS-AA531-MSC)描述子. 将其应用于2个抗菌肽体系(等长肽与不等长肽)的结构表征, 并以支持向量回归建立QSAM模型. 模型的拟合、 留一法及独立测试结果表明, 结合特征筛选的新描述子GS-AA531与GS-AA531-MSC的预测精度明显稳定且优于其它参比描述子, 在多肽QSAM研究中具有广泛应用前景.     

基于序列特征筛选与支持向量回归预测蛋白质折叠速率

折叠速率预测对阐明蛋白质折叠机理意义重大.本文收集了115条目前已知折叠速率的蛋白质样本(包括二态、多态和混态蛋白),为了较全面地表征蛋白质分子的一级结构信息,提取序列长度、氨基酸残基多尺度组分、成对残基k-space特征与基于残基物理化学性质的地统计学关联总共9357维特征.经改进的二元矩阵重排过滤器和多轮末尾淘汰非线性筛选,获得23个物理化学意义明确的保留特征,建立的非线性支持向量回归模型Jackknife交叉验证的相关系数R=0.95,优于文献报道及其他参比特征选择方法.支持向量回归解释体系表明折叠速率与保留描述符的非线性回归极显著,分析了各保留描述符对折叠速率的影响,结果表明蛋白质折叠速率与序列长度、中短程关联特征、三联体残基组份特征等密切相关.     

纳米材料与细菌结合应用于肿瘤治疗

纳米材料在肿瘤治疗中有着广泛的应用,但其存在靶向效率低、肿瘤穿透性差以及副作用明显等缺点.细菌及其分泌物具有靶向肿瘤乏氧部位、肿瘤渗透能力强、刺激免疫应答的特点,但其安全性和单独使用疗效低的问题仍需解决.将纳米材料与细菌结合起来,可以补足彼此的缺陷,在肿瘤治疗中有很大的应用潜力.这篇综述中,我们根据细菌在治疗中起的作用,将细菌与纳米材料结合的作用方式分为三类:细菌与纳米材料形成复合物来增强肿瘤靶向、细菌的生物酶发生酶促反应以及细菌分泌物结合纳米材料用于抗肿瘤.通过典型示例重点介绍了近年来用纳米材料与细菌结合增强肿瘤治疗的研究,并讨论其增强机制,同时进行了前景展望.     

三种工业废料对石油焦CO2气化动力学的影响

以造纸黑液、煤渣、污泥为催化剂,用加压热天平考察了石油焦与CO2催化与非催化气化动力学特性。结果表明,非催化气化时,反应速率随着转化率的增大先增大后减小,呈单峰曲线;催化气化时,反应速率随着转化率的增大而减小,不存在峰值。给出的正态分布函数模型很好地描述了石油焦CO2的非催化与催化气化动力学。计算得到石油焦与CO2非催化气化的活化能为197.7 kJ/mol。三种催化剂活性的差异与其所含金属元素的质量分数密切相关,其中富含Na元素的造纸黑液活性最好,反应速率是非催化气化的6倍。     

毛细管电泳-电致化学发光法测定土壤中的多抗霉素B

以稀土铕离子(Ⅲ)掺杂的类普鲁士蓝膜(Eu-PB)修饰铂电极为工作电极,采用毛细管电泳-电致化学发光法(CE-ECL)对土壤中的多抗霉素B进行检测.分别对毛细管电泳分离条件和电致化学发光检测条件进行优化,并探讨了体系产生电致化学发光的机理.在优化实验条件下,多抗霉素B可在4 min内得到分离,其ECL强度值与多抗霉素B...     

高砷酸性浸出液中回收铜的试验研究

采用市场上比较有代表性的三种醛肟类萃取剂AcorgaM5640、N902和Mextral5640H对含铜量为8.4 g/L高砷酸性废水进行萃取回收铜.通过考察三种萃取剂在不同条件下的萃取率,结合三种萃取剂的市场价格,以高效、低价的原则选择出最佳的萃取剂Mextral5640H.萃取铜的最佳条件为:室温下,萃取剂Mext...