生物大分子多尺度理论和计算方法

分子模拟是研究生物大分子的重要手段. 过去二十年来, 人们将分子模拟与实验研究相结合, 揭示出生物大分子结构和动力学方面的诸多重要性质. 传统分子模拟主要采用全原子分子模型或各种粗粒化的分子模型. 在实际应用中, 传统分子模拟方法通常存在精度或效率瓶颈, 一定程度上限制了其应用范围. 近年来, 多尺度分子模型越来越受到人们的关注. 多尺度分子模型基于统计力学原理, 将全原子模型和粗粒化模型相耦合, 有望克服传统分子模拟方法中的精度/效率瓶颈, 进而拓展分子模拟在生物大分子研究中的应用范围. 根据模型之间的耦合方式, 近年来发展起来的多尺度分子模拟方法可归纳为如下四种类型: 混合分辨多尺度模型、并行耦合多尺度模型、单向耦合多尺度模型、以及自学习多尺度模型. 本文将对上述四类多尺度模型做简要介绍, 并讨论其主要优缺点、应用范围以及进一步发展方向.     

Bézier曲面在三角域和矩形域上的互化

Bezier曲面是CAD/CAM中应用最为广泛的曲面之一。它可分为两类:矩形域上张量积形式的Bezier曲面:三角域上的Bezier曲面:     

菲醌磺酸盐脱硫机理及脱硫液再生条件控制的研究

菲醌磺酸盐脱硫机理及脱硫液再生条件控制的研究邹振扬，王骏（重庆建筑大学重庆６３００００）关键词菲醌磺酸盐，电极电势，脱硫，再生气体脱硫技术的发展，不仅显著提高了原料气和燃气、排放尾气的质量，改善了大气环境，同时还可为社会提供商品硫磺。脱硫方法有干式和...     

蛋白质动力学理论研究中的计算机模拟方法

蛋白质是生物体中一种十分重要的高分子物质。蛋白质分子有着自身所特有的化学、物理结构;在溶液中蛋白质分子不仅自身不同部分间存在着相互作用,而且还与溶剂分子间发生着复杂的相互作用,这些都很大程度上影响到分子的结构和演变过程。为了对蛋白质分子进行模拟,很有必要建立适当的描述蛋白质分子结构的模型,引入合理的模型基元间的相互作用,并采用有效的方法进行模拟,本着贴近现实和方便模拟的原则,在本文中我们系统地总结了近年来蛋白质动力学及其物理特性,特别对其模型、势能及模拟方法进行了着重介绍。为了增加一些感性认识,文中还就实验分析、折叠的协作性、搜寻保守残基和动力学过程的熵效应和阻挫效应等几个专题进行了应用介绍。     

蛋白质表示简化的物理研究

文中概要地描述了“蛋白质折叠”的问题及其统计研究方法 ,并针对根据氨基酸之间相互作用特性进行的氨基酸和蛋白质简化研究进行了较为细致的论述和讨论 ;并指出通过这样的分析 ,我们不仅可以对蛋白质具体的简化字母表示有一定的了解 ,而且对于我们进一步了解蛋白质序列 结构关系有很大的帮助。     

基于脉冲数字全息干涉术的云滴谱离散度研究

为了研究云滴谱的离散度与云微物理参量之间的相关性,提出了基于现场可编程门阵列的短脉冲调制激光、高分辨率显微光学系统和同轴数字全息干涉术相融合的观测技术,该技术探测云滴粒子的最小尺寸为2μm,还可以获得完整的云滴谱谱宽数据。在膨胀云室中连续三天的不同气溶胶数浓度下,开展了生消过程中云滴粒子的三维位置与直径的观测,利用观测结果计算了云微物理参量。进一步分析了云滴谱的离散度与云微物理参量在生成与消散过程中的正相关关系。通过比对不同气溶胶数浓度条件下云滴谱离散度的分布情况,得到了随着云滴数浓度的增多,离散度的取值范围会逐渐减小,且离散度相对拟合线的离散性降低的结论。     

Spatially resolved gap closing in single Josephson junctions constructed on Bi_2Te_3 surface

Full gap closing is a prerequisite for hosting Majorana zero modes in Josephson junctions on the surface of topological insulators.Previously,we have observed direct experimental evidence of gap closing in Josephson junctions constructed on Bi_2Te_3 surface.In this paper we report further investigations on the position dependence of gap closing as a function of magnetic flux in single Josephson junctions constructed on Bi_2Te_3 surface.     

二氧化硫分子通过增强二次成核促进纤维的生长:基于分子动力学的模拟研究

空气污染是一种常见的现象. 空气污染物是诱发各类疾病的重要因素之一. 以二氧化硫分子为代表,研究了它与Aβ_17～42原纤维之间的相互作用. 伞形抽样模拟表明,二氧化硫分子的引入减少了纤维的解离自由能. 分析各氨基酸残基结合二氧化硫的频数得知,二氧化硫分子更容易动态地结合到疏水性氨基酸残基的骨架上,同时也容易结合到带电的氨基酸残基上进而削弱盐桥相互作用,但是对这些相互作用的削弱是非常微小的,不足以破坏原纤维的结构. 通过非线性主方程分析,我们发现二氧化硫分子加速了Aβ_17～42二次成核过程,同时缩短了迟滞时间而加速纤维的聚集过程. 通过这些计算,我们定量地揭示了空气污染物与蛋白质相互作用的特征,期望我们的结果为当今社会评估污染物的健康效应提供宝贵的参考信息.     

液相色谱-质谱法对饮用水中六价铬的测定

建立了液相色谱分离、电喷雾质谱测定饮用水中六价铬的方法.水样经微孔滤膜过滤后直接进样,以乙腈-1.5 mmol/L四丁基氢氧化铵水溶液为流动相,Xterra~(TM) MS C_(18)色谱柱分离六价铬,使用单四极杆质谱,选择离子模式检测,监测离子为m/z 118、117、101、85,其中117为定量离子.Cr(Ⅵ)的线性范围为1.0 ～100.0 μg/L,方法定量下限为1 μg/L.在空白水样中分别添加1.0、2.0、10.0 μg/L的六价铬,测得平均回收率(n=5)依次为91%、94%、97%,相对标准偏差分别为12.2%、7.4%、3.5%.测定了42个饮用水样品,其中17批检出六价铬,检出量为1.2 ～15.4 μg/L.     

真空紫外区定时曝光法分析高组份合金

分析高组份合金时,用传统的内标法误差太大,加上诱导含量计算法亦无明显改善。本文首先对超合金分别进行了内标-诱导含量法与定时曝光法实验,肯定了定时曝光法。通过算术平均误差的比较、相关系数的比较、置信区域比较等判据,论证了内标法和定时法的精度。再用真空光量计定时曝光法成功地分析了HK-40合金,并作出了其工作曲线。