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蛋白质动力学理论研究中的计算机模拟方法 总被引:2,自引:0,他引:2
蛋白质是生物体中一种十分重要的高分子物质。蛋白质分子有着自身所特有的化学、物理结构;在溶液中蛋白质分子不仅自身不同部分间存在着相互作用,而且还与溶剂分子间发生着复杂的相互作用,这些都很大程度上影响到分子的结构和演变过程。为了对蛋白质分子进行模拟,很有必要建立适当的描述蛋白质分子结构的模型,引入合理的模型基元间的相互作用,并采用有效的方法进行模拟,本着贴近现实和方便模拟的原则,在本文中我们系统地总结了近年来蛋白质动力学及其物理特性,特别对其模型、势能及模拟方法进行了着重介绍。为了增加一些感性认识,文中还就实验分析、折叠的协作性、搜寻保守残基和动力学过程的熵效应和阻挫效应等几个专题进行了应用介绍。 相似文献
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Chengwei Deng 《中国物理 B》2022,31(11):118702-118702
RNAs play crucial and versatile roles in cellular biochemical reactions. Since experimental approaches of determining their three-dimensional (3D) structures are costly and less efficient, it is greatly advantageous to develop computational methods to predict RNA 3D structures. For these methods, designing a model or scoring function for structure quality assessment is an essential step but this step poses challenges. In this study, we designed and trained a deep learning model to tackle this problem. The model was based on a graph convolutional network (GCN) and named RNAGCN. The model provided a natural way of representing RNA structures, avoided complex algorithms to preserve atomic rotational equivalence, and was capable of extracting features automatically out of structural patterns. Testing results on two datasets convincingly demonstrated that RNAGCN performs similarly to or better than four leading scoring functions. Our approach provides an alternative way of RNA tertiary structure assessment and may facilitate RNA structure predictions. RNAGCN can be downloaded from https://gitee.com/dcw-RNAGCN/rnagcn. 相似文献
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利用酸水解与酶水解互补,采用超高效液相色谱-串联质谱法(UPLC-MS/MS),建立了特殊医学用途配方食品中22种氨基酸和牛磺酸的检测方法。样品经酸水解或酶水解提取,采用6-氨基喹啉基-N-羟基琥珀酰亚胺-氨基甲酸酯(AQC)衍生后,以乙腈-甲酸铵(10 mmol/L)为流动相梯度洗脱,通过AccQTag Ultra C18色谱柱进行分离,三重四极杆质谱电喷雾多反应监测模式检测,内标法定量。结果表明:22种氨基酸和牛磺酸线性关系良好,相关系数均大于0.9956;检出限在0.0028~0.0225 g/100 g之间,定量限在0.0094~0.0751 g/100 g之间。22种氨基酸和牛磺酸的平均加标回收率在90.1%~104.7%之间,相对标准偏差在1.1%~4.3%之间。该方法实现了GB 29922-2013和GB 25596-2010中规定的22种不同性质氨基酸以及牛磺酸成分的水解提取与准确测定,适用于特殊医学用途配方食品中氨基酸和牛磺酸的准确定性、定量分析。 相似文献
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提出了利用数字全息干涉术可视化观测液相扩散过程.实验中,采用马赫-曾德干涉仪光路记录乙醇与水之间两相扩散过程的多幅数字全息图;再通过数值再现不同扩散状态的波前相位分布,获得液体中的摩尔浓度分布;最后,根据菲克定律获得两相流扩散系数.结果表明:利用数字全息干涉术可实现对液相扩散传质过程的快速、实时及高精度测量;该方法还具有可实现远程监控、拥有大量微观数据的优点;此外,采用文中全息干涉光路结合波分与角分复用技术可实现多相流扩散系数的测量,为获得溶液中非线性变化特征参量提供了有效技术手段. 相似文献
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离子速度成像方法研究碘代正戊烷的紫外光解动力学 总被引:2,自引:0,他引:2
利用离子速度成像方法对n-C5H11I分子在266和277 nm下的光解动力学进行了研究. 实验分析了I*(5p 2P1/2)和I(5p 2P3/2)的离子影像, 得到其相应速度、角度分布和相对量子产率, 并根据相对量子产率和角度分布计算了不同解离通道的比例. 实验发现n-C5H11I的3Q0和1Q1态之间存在较强的耦合效应, 并且随着波长的减小, 这种非绝热耦合作用有递增的趋势. 由离子影像(I*和I)的角度分布结果发现, 在同一解离激光波长下I*的各向异性参数β值比I的β值小, 其中I*主要由3Q0直接解离产生, 而I绝大多数是由分子先跃迁到3Q0再经过3Q0→1Q1的非绝热耦合产生. 相似文献
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大气温度是描述大气状态的重要基本特征参量之一.目前,基于Rayleigh散射的大气温度探测方法多应用于大气温度的相对探测,即温度反演时需要响应函数和校准程序.本文提出了利用固体腔扫描式法布里-珀罗干涉仪进行大气Rayleigh散射谱型的精细探测方法和残余米散射信号的抑制方法.根据Rayleigh散射谱特点,针对固体腔扫描式法布里-珀罗干涉仪的自由光谱区、固体腔几何长度、腔体介质类型、半高全宽、腔体反射率、扫描间隔等参数进行了优化设计.利用优化参数的固体腔扫描式法布里-珀罗干涉仪获取Rayleigh散射谱上离散点信息,并采用多项式插值方法获得拟合谱型,与根据标准大气模型和S6模型获得的理论谱型进行比对,大气温度探测不确定度小于0.8 K.当信噪比为10时,白天与夜晚的探测距离分别为4.5和7.9 km.该方法可实现大气温度廓线的全天时和高精度绝对探测,并对同类高光谱激光雷达分光系统研究具有借鉴意义,为我国高光谱激光雷达陆基及星载应用提供了一套可行的分光系统解决方案. 相似文献
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In this paper,we investigate the performance of the bulk fin field effect transistor(FinFET) through a threedimensional(3D) full band Monte Carlo simulator with quantum correction.Several scattering mechanisms,such as the acoustic and optical phonon scattering,the ionized impurity scattering,the impact ionization scattering and the surface roughness scattering are considered in our simulator.The effects of the substrate bias and the surface roughness scattering near the Si/SiO2 interface on the performance of bulk FinFET are mainly discussed in our work.Our results show that the on-current of bulk FinFET is sensitive to the surface roughness and that we can reduce the substrate leakage current by modulating the substrate bias voltage. 相似文献
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