石杉碱甲-AChE复合物中石杉碱甲的结构特征: 量子化学研究

在运用量子化学从头计算方法(HF/4-31G)结合点电荷模型方法对AChE-HupA复合物活性位点的410个原子和1929个点电荷进行理论计算的基础上, 比较了石杉碱甲分子在形成复合物前后的结构变化特征。发现复合物中石杉碱甲分子构象并非能量最低构象, 它的能量比HF/4-31G全优化得到的构象的能量高91.8kj/mol。和单分子状态相比, 形成复合物后季铵基和内酰胺基的N-H, C=O键的键长变长、键强减弱, 其总原子净电荷也发生了明显的变化。且这些基团的空间取向都有不同程度的改变, C(8)-N(21)键的旋转达20ⅲ。这些信息将有益于设计新的AChE抑制剂。     

抗早老性痴呆症天然产物石杉碱甲的红外光谱与简正分析——量子化学密度函数理论(DFT)研究

运用量子化学密度函数理论B3LYP/ 6 31G 方法计算了石杉碱甲的电子结构和红外光谱 ,得到了与实验结果的谱图特征基本一致的红外振动光谱 .通过对振动模式的分析 ,指认了 1 0 2个振动模式中分离得比较完全的 45个振动模式 ,结果表明其吡啶酮CO伸缩振动的红外活性最强 ,吡啶酮NH键的伸缩振动的频率最高 .涉及可形成氢键的石杉碱甲氨基氢及吡啶酮内酰胺氢的红外振动吸收的理论值与实验值差异较大 ,其原因是在晶体中存在分子间氢键 ,这不仅改变了这些氢在空间的取向 ,而且也改变了键的力学性质 ,导致红外振动吸收频率发生改变     

钙离子和镁离子浓度变化对磷脂酰乙醇胺-磷脂酰甘油双分子层膜的影响（英文）

钙离子和镁离子是生物细胞中重要的二价阳离子,对生物膜结构保持和功能行使发挥重要作用。但至今,对两种阳离子在不同浓度下与大肠杆菌内膜相互作用的认识仍存在局限。本文采用动态光散射(DLS)、zeta电势实验、全原子分子动力学模拟(AA-MD),定量研究了不同浓度的钙离子和镁离子对混合磷脂双分子层膜(1-棕榈酰基-2-油酰基-sn-丙三基-3-磷酸乙醇胺(POPE):1-棕榈酰基-2-油酰基-sn-丙三基-3-磷酸甘油(POPG)的摩尔比为3:1)模拟的大肠杆菌内膜的影响。DLS结果表明,在0和1 mmol·L~(-1)钙离子或镁离子溶液中,POPE/POPG脂质体为均匀的单分散体系。当两种离子浓度分别提高到5–100 mmol·L~(-1)范围时,单室脂质体间发生脂分子聚集或脂质体融合事件。Zeta电势数据表明,钙离子或镁离子对电负性的POPE/POPG脂质体均有电荷反转效果。AA-MD模拟计算结果表明,当模拟时间超过100 ns时,各浓度的钙离子稳定地吸附在磷脂双分子层膜上,而镁离子动态地吸附/解吸附于磷脂膜,这些结果与DLS和zeta电势实验基本吻合。同时,通过计算径向分布函数,分析了0、5、100 mmol·L~(-1)浓度溶液中POPE和POPG的磷酸、羰基和羟基基团氧原子的第一配位壳层中的钙离子或镁离子的平均配位数目,结果表明两种离子主要结合在POPE和POPG电负性的磷酸基团上,因此可以解释DLS实验中钙离子或镁离子对POPE/POPG脂质体的电荷反转现象。另外,随着离子浓度的增高,钙离子减小了磷脂双分子层膜的单个磷脂面积,同时使膜的厚度增大,而镁离子对膜的两种参数影响较小。同时,相同浓度条件下两种离子对膜中磷脂分子的取向影响不同。这些模拟结果可在原子水平上解释DLS和zeta电势实验中钙离子和镁离子对POPE/POPG脂质体的不同影响。本文的实验和分子动力学模拟结果可以解释一些与二价阳离子调控相关的生物学过程,例如,膜融合。     

HIV整合酶抑制剂的研究进展

HIV整合酶是病毒DNA复制所必需的3个基本酶之一,是新批准上市的抗艾滋病药物Raltegravir(MK-0518,Isentress)的分子靶标.HIV整合酶抑制剂已经成为新一类治疗获得性免疫缺陷综合症的药物.对HIV整合酶抑制剂的研究进展进行了综述,为研究新型人类免疫缺陷病毒整合酶抑制剂提供参考.     

银杏内酯及其类似物溶剂化的量子化学研究

在现代医药研究中 ,银杏内酯受到高度的重视 ,最常见的是用于治疗哮喘和支气管炎 .药理研究表明其对血小板激活因子 ( platelet activatingfactor,PAF)有显著抑制活性 .我们用半经验量子化学计算方法AM 1 SM 1计算了银杏内酯分别在正十六烷和水溶液中的分子结构和电子结构 ,计算结果阐释银杏内酯类化合物与受体的氢键和疏水作用模式     

A型流感病毒M2通道蛋白开闭机制：His37和Trp41间的氢键及阳离子-π作用的计算研究

A型流感病毒的M2蛋白为一四聚的离子通道．实验结果显示，通道的通透性可能与His37间的氢键网络，以及His37-Trp41间的阳离子-π作用网络有关．以4-甲基咪唑间的氢键网络模拟通道His37间的氢键作用，以质子化4-甲基咪唑和吲哚芳环体系来模拟His37和Trp41间的阳离子-π作用，用量子化学MP2／6—311G＊＊方法开展计算研究．结果显示，氢键网络中咪唑环间的每个N—H…N氢键作用强度可达-6．2kcal．mol^-1；阳离子-π作用网络中的每对阳离子．兀作用最高可达-18．8kcal．mol^-1（T-型作用构象）或-12．3kcal．mol^-1（平行堆积型）．因此，我们计算得到的作用能表明，通过pH调控氢键作用和阳离子-π作用网络进而调控M2通道的通透性是可能的．     

阳离子－π体系相互作用的理论研究 3: 碱金属阳离子－苯 复合物体系的量子 化学研究

运用abinitioHartree-Fock从头算,微扰MP2和密度泛函B3LYP方法在不同的基组水平上对碱金属阳离子－苯复合物体系的可能构型进行了自由优化,得到了复合物的能量最低构型为碱金属阳离子位于苯环平面的正上方,频率计算结果表明该结构为稳定结构.复合物的键长、原子净电荷、分子轨道、前沿轨道能量、Mullicken键级等都表明,碱金属阳离子和苯环碳原子之间的作用包含p-π作用方式,碱金属阳离子与苯结合时电子从苯环向碱金属阳离子转移,形成电荷转移复合物.它们之间的结合方式和氢键的结合方式相似,但计算得到的热力学参数表明复合物中碱金属阳离子与苯之间的结合强度远远大于典型的氢键,尤其是锂离子－苯复合物的生成焓已和普通的化学键相当.复合物的红外特征振动频率位于200^-^1附近,对应于碱金属阳离子垂直于苯环平面的来回振动,同时形成复合物后,原来位于3200cm^-^1的苯的C--H振动红外活性消失。     

空气弹簧在大型洗衣机隔振设计中的应用

本文论述了空气弹簧在大型洗衣机脱水工况的隔振设计中的应用.文中详细论述了空气弹簧的力学特性及有关隔振理论,并用机械阻抗法推导了隔振效率,振动幅值及最佳阻尼等公式.最后给出了空气弹簧在国产 XT260大型洗衣机上的应用效果.     

配体活性构象搜寻方法及其应用研究——Ⅰ.搜寻方法及凝血酶抑制剂活性构象的搜寻

在综合系统构象搜寻和配体-生物大分子对接(Dock)方法的基础上,发展了根据受体活性部位三维结构搜寻配体活性构象的搜寻方法BCSPL.用此方法搜寻了凝血酶抑制剂PPACK的活性构象,结果与晶体结构非常吻合,又用此方法搜寻了膦酰肽类和二肽、三肽类凝血酶抑制剂与人体α凝血酶结合时的活性构象,并在此基础上用分子力学计算了抑制剂与凝血酶的结合能,结果表明结合能与活性有很好的相关性,计算结果能合理地解释抑制剂与凝血酶的相互作用方式及结构与活性的关系.     

Cu催化偶联反应合成烷基芳基醚的DFT机理研究

本工作提出了 Cu催化的2-(2-碘苯基)-1-乙醇分子内Ullmann C—O偶联反应机理,并用密度泛函理论(density functional theory,DTF)计算验证.催化循环从原位生成的亚铜配合物开始,亚铜配合物经氧化加成生成Cu(Ⅲ)配合物;Cu(Ⅲ)配合物和反应物醇配位形成四配位Cu(Ⅲ)配合物;然...