一种新的化学结构拓扑编码方法

分子的化学结构式由于它能抓住分子结构的主要特征——原子及其联接它们的键,从而简明地表述出整个分子的特性,成为长期以来公认的描述化合物分子结构的基础。随着计算机技术的飞速发展,相当数量的化学家已采用计算机来处理(贮存、显示以及检索     

抗小麦赤霉病类含氟农药的3D-QSAR研究

用CoMFA方法对一组含氟农药分子的抗小麦赤霉病活性进行了定量构效关系研究。发现影响药效的立体场与静电场的贡献分别为90.3%和9.7%,立体场的影响是占主导性的。该模型非交叉验证的相关系数(r^2)为0.991,F值是297.524,标准偏差(S)为0.015,表明模型具有较好的预测能力。根据该模型,设计并预测了几个新的化合物,其活性都在0.96以上。经过研究表明在预测结构的某些位置添加位阻较大的基团,活性提高比较明显。     

含氟新农药的构效关系研究Ⅱ.三维定量构效关系分析

为了能更深入地认识含氟新化合物作为农药的生物活性和其结构间的关系,建立有意义的药物-受体作用模型,寻找同类化合物的药效团,对合成的含氟化合物在经典QSAR方法研究的基础上,又进一步运用DISCO,CoMFA和Leapfrog方法研究了它们的三维构效关系.首先根据化学结构,将分子进行了分类,然后再分别进行CoMFA计算,根据第I类分子的CoMFA结果,我们进行了含氯化合物的全新设计.根据各类中较好的构效关系模型,我们进行了分子的改造,预测了它们的活性.     

DARC系统——计算机化学的一个缩影

本文从化学结构的 DARC 码表述方法,结构-性质相关研究的 DARC-PELCO 方法,化学数据库和计算机辅助有机合成四个方面介绍了著名的法国计算机化学研究系统,即 DARC 系统。由于这四个方面包括了计算机化学最主要的研究领域,因此本文也就概要地介绍了计算机化学。     

Contribution to Structural Elucidation： Behaviours of Substructures Partially Defined from 2D NMR

Structural elucidation (automatic determination of the structure of a molecule from its spectra) is frequently hampered by com-binatorial explosion when trying to assemble the identified sub-structures. We devised a new method which can avoid this pit-fall by a systematic examination of allowed t3C chemical shifts ranges for all substructures chemically possible and combined with a progressive pruning thanks to neighbouring relationships appearing from 2D NMR. This method is explained by a de-tailed example.     

基于分子对接的苯丙素甙（PPGs）类化合物的虚拟筛选和合理设计

采用虚拟化合物生成法对抗肿瘤的苯丙素甙(PPGs)类化合物进行了配体受体对 接研究。以三种不同的骨架结构为基础分别生成了五十个虚拟苯丙素甙(PPGs)类化 合物，并将它们与端粒DNA受体进行分子对接，分析已知结构的对接结果，通过虚 拟筛选的方法得到了一批与受体相互作用能较高并且复合物能量较低的新的有潜力 的活性化合物。该方法可以弥补分子对接研究中，只能计算药物与受体的相互作用 ，无法有效设计新化合物的不足。这种方法在基于结构的药物分子设计中具有重要 的意义。     

化学结构中互变键、交替键和芳香键的自动识别

化学结构计算机处理中最常遇到的困难是互变现象、交替键和芳香键的处理, 尽管解决这些问题的方法早有报道,但它们都有仅考虑计算机处理的方便,而很少 注意其化学应用的不足。本工作在环系识别算法的基础上,设计了新的识别算法, 使得识别的整体性能更好,形成了拥有自主知识产权的软件。简要介绍了这些算法 ,并通过例子说明了它们的可能应用。     

含氟新农药的构效关系研究

为了能更深入地认识含氟新化全物作为农药的生物活性和其结构间的关系,建立有意义的构效荆州我们用经典ＱＳＡＲ（定量构效关系）方法研究了三十三个含氟化合物的两种没的生物活性与结构的关系,其对抗黄瓜疫病活性模型有很好的解释能力和预测能力,并根据这个模型设计了一些新的活性结构,而对抑制西瓜白绢病的活性数据的处理未能获得理想模型,通过定工作确立了先应用聚类等定性分析方法,再用多元统计分析和更深入研究的ＱＳＡＲ     

Discovery of Anti-SARS Coronavirus Drug Based on Molecular Docking and Database Screening

The active site of 3CL proteinase (3CL^por) for coronavirus was identified by comparing the crystal structures of human and porcine coronavirus. The inhibitor of the main protein of rhinovirus (Ag7088) could bind with 3CL^pro of human coronavirus, then it was selected as the reference for molecular docking and database screening. The ligands from two databases were used to search potential lead structures with molecular docking. Several structures from natural products and ACD-SC databases were found to have lower binding free energy with 3CL^pro than that of Ag7088. These structures have similar hydrophobicity to Ag7088. They have complementary electrostatic potential and hydrogen bond aeceptor and donor with 3CL^pro, showing that the strategy of anti-SARS drug design based on molecular docking and database screening is feasible.     

一元烷基磷(膦)酸酯萃取钴,镍反应中取代基空间效应的经验参数

本文在考察一元烷基磷(膦)酸酯萃取钴、镍反应平衡常数与取代基结构的定量关系的基础上,提出了酸性磷(膦)酸酯萃取钴、镍反应中反映取代基结构空间效应为主的经验参数EPA[Co]和EPA[NI],这些新标度的建立,不仅使我们可用关系式来描述萃取钴、镍的反应性与取代基结构效应的关系,而且也为选择高效镍、钴分离萃取剂提供了新途径。