配体-受体相互作用的计算机模拟及其在药物设计中的应用

配体-受体相互作用在许多生物过程中起重要作用, 计算机分子模拟技术和理论化学计算方法在配体-受体相互作用研究中得到了广泛的应用。本文综述了有关配体-受体相互作用分子模拟和理论计算的常用方法及其在药物设计中的应用。     

银杏内酯及其类似物溶剂化的量子化学研究

在现代医药研究中 ,银杏内酯受到高度的重视 ,最常见的是用于治疗哮喘和支气管炎 .药理研究表明其对血小板激活因子 ( platelet activatingfactor,PAF)有显著抑制活性 .我们用半经验量子化学计算方法AM 1 SM 1计算了银杏内酯分别在正十六烷和水溶液中的分子结构和电子结构 ,计算结果阐释银杏内酯类化合物与受体的氢键和疏水作用模式     

Cu催化偶联反应合成烷基芳基醚的DFT机理研究

本工作提出了 Cu催化的2-(2-碘苯基)-1-乙醇分子内Ullmann C—O偶联反应机理,并用密度泛函理论(density functional theory,DTF)计算验证.催化循环从原位生成的亚铜配合物开始,亚铜配合物经氧化加成生成Cu(Ⅲ)配合物;Cu(Ⅲ)配合物和反应物醇配位形成四配位Cu(Ⅲ)配合物;然...     

阳离子－π体系相互作用的理论研究 2: 铵离子－二苯复 合物体系的密度泛函 研究

运用密度泛函B3LYP/6-31G^*方法对离子-二苯复合物体系的可能构型进行了结构优化,得到了复合物的能量低构型为:铵离子位于两个苯环平面之间分别以两个氢原子和苯环作用,频率计算结果表明该构型为稳定结.复全物的键长、原子净电荷、分子轨道系数、前沿轨道能量、Mullicken键级等都表明,铵氢原子和与之接近的苯环碳原子之间通过s-π相互作用而实现铵与两个苯环的结合,结合时电子从苯环向铵转移复合物.它们之间的结合方式和铵离子－苯复合物及典型键的结合方式相似,计算得到的热力学参数证明了这一点.复合物的红外特征振动频率位于230cm^-^1附近,振动方式为铵平行于苯平面来回振动。     

Theoretical study on electron transfer in biological systems (Ⅲ)——Intramolecular electron transfer in metal-containing spiro π-electron system

Intramolecular electron transfer of metal-containing spiro π-electron system was studied by AM1 method in the MOPAC-ET program developed by the present group. The results indicated that with the increasing of the outer electric field F, the activation energy of the reaction decreased. When F reaches a certain threshold value, the activation energy barrier becomes zero and the rate of reaction achieves the largest value. The results also indicated that electron transfer matrix elements V_(AB) and reorganization energy λ were not obviously affected by outer electric field while the exothermicity ΔE was directly proportional to it.     

分子间相互作用的量子化学研究方法

分子间相互作用是一类十分重要的作用, 这类作用的实验和理论研究越来越受到化学家、生物学家、材料科学家等的重视。本文综述了这种相互作用的量子化学研究现状和特点, 主要集中于常见的3 种量子化学方法。并对该领域的研究前景作了展望。     

生物体系中电子转移机理的理论研究 I.一种计算电子转移的方法及在螺环化合物中的应用

应用"相应轨道变换"和"广义"密度矩阵的方法,向MOPAC程序包中加入了新的功能,使其能处理电子转移反应中的部分参数.然后用此程序包中AM1方法对具有螺环结构的分子进行处理,计算了化合物在不同外加电场强度下的势能面、反应热△E,重组能λ及电子转移矩阵元VAB,结果表明,λ,VAB受外加电场的影响较小,而△E则与之成正比.对标题化合物1的计算结果也同ab initio法的结果进行了比较,发现其变化趋势完全一致,这说明本方法在计算电子转移方面是可靠的.与ab initio方法相比,本程序不仅适用于计算较大体系(如生物大分子),而且还具有速度快,耗时少的优点.     

阳离子-π作用的研究进展

摘要阳离子-π作用是一种存在于阳离子和芳香性体系之间的相互作用,与一些经典的作用（如氢键、静电和疏水相互作用）相比,被认为是一种新型分子间作用,普遍存在于生物体系中,对分子识别、蛋白质和核酸的结构与功能起着十分重要的作用．本文结合我们课题组的研究工作,对生物体内存在的典型的阳离子-π作用,以及有关阳离子-π作用的实验与理论计算研究进行综述．     

银催化有机合成反应的研究进展

银催化的化学反应是近年来有机化学领域研究的热点,发展迅速.与其他过渡金属相比,人们一直认为银(主要指一价银盐)催化活性较低,因此通常被用作辅助催化剂或者路易斯酸(Lewis acids)参与反应.直到近年来,银才被用作重要的催化剂广泛应用于各种有机反应中.银可以活化炔等基团的π体系,进而发生分子内或分子间的亲核反应;另...     

Theoretical studies on cation-π interactions (I)——Density-functional theory investigation on the configurations and interaction for ammonium cation-benzene complex

Ｎｏｎｃｏｖａｌｅｎｔｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎｓｐｌａｙａｄｏｍｉｎａｎｔｒｏｌｅｉｎｄｅｔｅｒｍｉｎｉｎｇｔｈｅｓｔｒｕｃｔｕｒｅｓａｎｄｆｕｎｃｔｉｏｎｓｆｏｒｂｉｏｌｏｇｉｃａｌｍａｃｒｏｍｏｌｅｃｕｌｅｓ.Ｆｏｒｅｘａｍｐｌｅ,ｌｉｇａｎｄｒｅｃｅｐｔｏｒｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎ,ｅｎｚｙｍｅｓｕｂｓｔｒａｔｅｂｉｎｄｉｎｇａｎｄａｎｔｉｇｅｎａｎｔｉｂｏｄｙｒｅｃｏｇｎｉｔｉｏｎａｒｅａｌｌｒｅｌａｔｅｄｔｏｔｈｅｎｏｎｃｏｖａｌｅｎｔｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎｓ[1].Ｃｏｍｐａｒｅｄｔｏｔｈｅｍ…