原小檗属类生物碱13C核磁共振化学位移的模拟

将表征分子局部化学微环境的原子电性作用矢量(AEIV)和原子所处状态的原子杂化状态指数(AHSI)用于原小檗属类生物碱¹³C核磁共振(NMR)波谱模拟中,所得5参数回归模型的r, q, RMSEE和RMSCV分别为0.982 9, 0.982 1, 7.732 9和7.884 3. 采用留分法(LMO)和交叉测试(cross test, CT)相结合的方式对模型稳定性和预测能力的检验结果较为满意,LMO及CT对样本原子化学位移预测值与实验值的相关系数rpred分别为0.982 9, 0.986 5和0.982 1. 进一步采用该模型对¹³C NMR未知的4个小檗碱类化合物共计58个等价共振碳原子进行预测,所得结果与谱学模拟软件gNMR计算值较为接近.     

将潜因多元建模技术与遗传虚拟筛选模式相结合：改善定量构效关系

提出了改进的定量构效关系（^mmQSAR）研究方法,即认为在知晓配基与受体相互作用模式前提下建立一种较可靠的定量构效关系模型,从而克服了传统做法中仅根据样本集分子自身信息来构建预测模型的某些弊端．将此思路应用于功能肽／蛋白质亲和活性考察,采用遗传算法（GA）筛选虚拟受体结合靶点及相互作用模式,结合偏最小二乘（PLS）潜因多元建模技术,通过交互检验均方根误差（RMScv）作适应度评价函数筛选变化位点和受体残基,完成种群进化以最优个体为最终确定模型,得到一种新颖QSAR方法（^mmQSAR）：基于功能肽／蛋白质作用模式的遗传虚拟筛选（暂称GVSPPC）．该法成功解决了诸多QSAR研究难题,即大多数情况下受体结构未知而难以了解的配基与之结合方式．分别使用生物功能寡肽和多肽体系对GVSPPC加以检验,其结果表明,GVSPPC得到了优于传统方法QSAR结果（Rcu^2〉0．75～0．91,Qcv^2〉0．71～0．86,ERMs为0．19～0．95）且深入阐明配基与受体间作用机理,物理意义较为明确;同时计算选中模式作用能并与样本活性建立PLS模型,以其交互检验均方根误差（ERMSCV）作评价函数完成种群进化．通过大规模迭代直到规定的终止条件或到达最大繁殖代数,以该过程最优个体作为最终确定QSAR模型．     

新型三维原子场全息相互作用矢量用于几类典型药物体系的QSAR研究

将有机化合物中常见原子按元素周期表的族和杂化状态进行分类, 基于药物与受体相互作用的3类非键效应, 从分子空间立体结构出发得到了一种新型三维原子场全息作用矢量(3D-HoVAIF). 利用该矢量对几类典型药物体系进行了系统的QSAR研究, 结果表明, 3D-HoVAIF能够有效地提取药物分子的立体结构信息并与其生物活性呈良好线性关联.     

QSAR Study on Some N-[5-（2-Furanyl）-2-methyl- 4-oxo-4H-thieno[2,3-d]pyrimidin-3-yl]-carboxamide and 3-Substituted-5-（2-furanyl）-2-methyl-3H-thieno- [2,3-d]pyrimidin-4-ones Using Three-dimensional Holographic Vector of Atomic Interaction Field

Study on the quantitative structure-activity relationship （QSAR） of 26 compounds, N-[5-（2-furanyl）-2-methyl-4-oxo-4H-thieno[2,3-d]pyrimidin-3-yl]-carboxamide and 3-substituted- 5-（2-furanyl）-2-methyl-3H-thieno[2,3-d]pyrimidin-4-ones, with three-dimensional holographic vector of atomic interaction field （3D-HoVAIF） was carried out. SMR-PLS QSAR models have been created and good correlation coefficients and cross-validated correlation coefficients were obtained. The result shows that the models have good prediction capability and favorable stability and the 3D-HoVAIF is applicable to the molecular structural characterization and biological activity prediction.     

Advances in Structure-function Relationships and Mechanism of Transporter Associated with Antigen Processing

The transporter associated with antigen processing (TAP) belongs to the ATP-binding cassette (ABC) transporter superfamily. Driven by ATP hydrolysis, TAP translocates antigenic peptides from the cytosol into the ER (endoplasmic reticulum) lumen where the antigenic peptides are loaded onto the HLA class Ⅰ molecules. Recently, numerous studies show that TAP is closely related with various diseases such as viral infections, autoimmune diseases, and different malignancies. In consideration of important roles of TAP in human adaptive immunity, this review summarizes the recent advances in structure-function relationships of crucial domains and transport mechanism systematically. The challenging problems and potential methods are also pointed out for in-depth researches.     

支持向量机用于高分子聚合物的折射率预测

支持向量机;定量构性相关;高聚物;折射率     

碱基和核苷及其衍生物的13C核磁共振波谱模拟

应用原子电性作用矢量(VAEI)和原子杂化状态指数(AHSI)及γ效应校正表征碱基和核苷及其衍生物81种分子,以多元线性回归建立13C核磁共振定量结构波谱关系模型,得复相关系数r为0.970。经留一法和留组(分子)法交互检验表明,模型具有较好内部预测能力,r分别为0.969和0.969。将该模型用于三类嘧啶和嘌呤衍生物13C核磁共振波谱模拟,得r分别为0.969、0.921和0.884,所建模型外部预测能力较强。     

氨基酸描述子SZOTT用于多肽定量序效建模研究

在相关研究的基础上, 提出一新的氨基酸描述子SZOTT, 该描述子所含信息量大, 且操作简便. 将其用于两类肽体系序列表征, 用偏最小二乘和正交信号纠正-偏最小二乘建模, 获得较好的建模结果.     

原子类型电拓扑指数在脂肪醇类化合物毒性预测研究中的应用

采用原子类型电拓扑指数(ETSIAT)为结构描述子, 对梨形四膜虫、番茄、红蜘蛛、发光细菌荧光素酶、呆鲦鱼以及鼠的脂肪醇毒性进行了定量构效关系(QSAR)研究. 在偏最小二乘法建立QSAR模型的基础上, 采用内部和外部两种验证方法对模型进行验证. 研究结果表明: ETSIAT可以很好地表征脂肪醇与多种生物毒性相关的结构信息, 所建模型具有良好的稳定性和外部预测能力. 偏最小二乘模型分析结果显示: 疏水性可能是影响脂肪醇毒性大小的主要因素, 其毒性随C链长度的增加而增强, 且相同C原子数的直链脂肪醇毒性明显高于支链脂肪醇; 由于空间位阻效应, 长链脂肪醇与短链脂肪醇可能存在不同的毒性作用机理.     

氨基酸描述子VHSEH用于多肽定量序效建模研究

从20 种天然氨基酸的171个物化性质出发, 按照疏水、立体和电性特征及氢键贡献将其分类后, 分别进行主成分分析, 得到一个新描述子VHSEH(Principal component score vector of hydrophobic, steric, electronic properties and, hydrogen bonds contributions). 对后叶催产素的结构进行了表征, 并以偏最小二乘法及D-优化划分样本建立了PLS定量序效关系模型, 得到复相关系数R2分别为 0.958 和 0.957, Q2分别为0.903和0.845, 约高于VHSE描述子模型值; 对抗菌肽进行了结构表征, 建立了PLS和OSC-PLS模型, 其R2分别为0.84和 0.995, Q2分别为0.546和0.926, 较SZOTT描述子结果好; 对58 个血管紧张素转化酶抑制剂进行QSAM研究, 得到R2, Q2及RMS分别为0.877, 0.838和0.361. 研究结果表明, VHSEH 描述子信息量大, 物化意义明确, 结果更易解释.