大学本科化学信息学课程的设计与优化

在分析了化学信息学课程基本内容与特点的基础之上,结合近年来我院相关课程的教学改革与实践,提出了大学化学信息学教学的两个层次;重点探讨了本科生化学信息学课程体系的设计与优化,为推进化学信息学教学改革抛砖引玉。     

新型四硫富瓦烯-三苯胺类光敏染料理论研究

在简单结构的D-π-A三苯胺光敏染料(YD1)中引入不同数量的四硫富瓦烯(TTF)单元作为次级电子给体以增强有机光敏染料的给电子能力,设计了两个结构分别为D-D-π-A (YD2)以及2D-D-π-A (YD3)的光敏染料分子,并且采用密度泛函理论(DFT)和含时密度泛函理论(TD-DFT)分别模拟计算了纯光敏剂分子及其吸附二氧化钛团簇后的几何构型、电子结构以及光物理性能。采用周期性密度泛函理论模拟计算光敏染料分子在二氧化钛(101)面吸附的表面形貌以及态密度(DOS)。计算结果表明,TTF单元的引入不仅可以有效减少光敏染料分子的团聚,还可以提升其吸收性能。此外,光吸收效率(LHE)、电子注入驱动力(ΔG^inject)以及DOS的计算结果显示,YD2和YD3理论上可以呈现出比YD1更高的短路电流密度(J_sc)以及开路电压(V_oc)。因此,通过本文的理论研究表明,TTF单元可以作为有机光敏染料中的次级电子给体来改善光敏染料的性能。     

基于支撑向量机方法的有机化合物的生成Gibbs自由能的预测

基于支撑向量机方法的有机化合物的生成Gibbs自由能的预测;支撑向量机;多元线形回归;吉布斯自由能     

四硫富瓦烯作为染料敏化太阳能电池有机染料电子给体的理论研究

为了研究四硫富瓦烯(TTF)基团对有机染料敏化剂光电性能的影响,以咔唑染料Dye 1 为原型,引入TTF基团作为电子给体,设计了咔唑染料Dye 2. 采用密度泛函理论(DFT)和含时密度泛函理论(TD-DFT)分别计算模拟了纯染料分子和吸附团簇(TiO₂)₉后的形貌、分子轨道能级以及紫外-可见吸收光谱,采用周期性密度泛函理论计算模拟染料分子在二氧化钛(101)面吸附的表面形貌. 结果发现：在有机染料中引入TTF基团有助于有机染料敏化剂在二氧化钛表面的抗团聚作用和分子内的电荷转移;最为重要的是,TTF 基团的强给电子能力极大地增强了有机染料敏化剂的光捕获能力. 所有的计算结果表明,TTF基团是一种非常有潜力改善染料敏化剂光电性能的给电子基团.     

基于启发式方法和支持向量机方法预测药物与人血浆蛋白结合率

应用启发式方法和支持向量机方法建立了70种药物与血浆蛋白结合率的定量构效关系模型, 研究了分子结构对药物与血浆蛋白结合率的影响. 两种方法均得到了较好的结果, 交互检验的相关系数平方分别为0.80和0.82; 通过对模型的稳定性和预测能力比较, 支持向量机建立的QSAR模型能够更好地预测药物与血浆蛋白结合率.     

3D-QSAR Study on Apicidin Inhibit Histone Deacetylase

For Histone Deacetylase (HDAC) Inhibitor, four 3D-QSAR models for four types of different activities, were constructed.The cross-valldated q^2 value of CoMFA Model 1 is 0.624 and the noncross-validated r2 value is 0.939. The cross-validated q^2 value of Model 2 for training set is 0.652 and the noncross-validated r^2 value is 0.963. The cross-validated q^2 value for Model 3 is 0.713, with noncross-validated r^2 value 0.947. The crossvalidated q2 value for Model 4 is 0.566 with noncross-validated r^2 value 0.959. Their predicted abilities were validated by different test sets which did not include in training set. Then the relationship between substituents and activities was analyzed by using these models and the main influence elements in different positions (positions 8 and 14) were found. The polar donor electron group of position 8 could increase the activity of inhibition of HDAC, because it could form chelation with the catalytic Zn. Suitable bulk and positive groups at position 14 are favorable to anti-HDAC activity. These models could web interpret the relationship between inhibition activity and apicidin structure affording us important information for structurebased drug design.     

考拉维酸对人血清白蛋白结构的影响

利用多种荧光光谱法、紫外光谱法并结合分子模拟等方法, 表征了模拟生理条件下一种植物药活性组分考拉维酸(KA)影响人血清白蛋白(HSA)的结构信息. 同步荧光及紫外光谱证实考拉维酸的存在影响了HSA的微环境; 二维及三维荧光光谱表明考拉维酸可以猝灭HSA的内源荧光, 使其构象发生变化. 荧光偏振的测定提供了考拉维酸与HSA作用后生成的配合物弛豫时间与聚集特性的信息, 揭示KA的存在使HSA的流动性和微粘度发生变化. 定量求得不同温度下(298、308 和318 K)考拉维酸与HSA作用的键合参数和热力学参数. 分子模拟表明考拉维酸键合位点于HSA分子的疏水腔内, 并与赖氨酸Lys195 和天冬氨酸Asp451 形成三个氢键, 与HSA的键合模式主要是疏水作用; 位点竞争实验证明考拉维酸在HSA亚结构域的位点Ⅱ位发生作用. 另外, 获得的相关物理化学参数从分子水平上揭示了考拉维酸与HSA相互作用的机制. 结果表明, HSA对考拉维酸有较强的结合能力, 提示人血清白蛋白对考拉维酸可起到储存和转运的作用.     

Correlation between Molecular Structures and Relative Electrophoretic Mobility in Capillary Electrophoresis:Alkylpyridines

Introduction　　Highperformancecapillaryelectrophoresis (HPCE)hasnowbeenwidelyusedtoseparateanddetermineana lytesfromsmallinorganicandorganicionstomacromolec ularspeciessuchasDNAandproteins .Overthepastfewyears ,therehavebeenconsiderableinterestsinthedevel opingmethodsusingcapillaryelectrophoresistoseparatesmallorganicmolecules ,asacomplementarymethodtoHPLCseparations .1 3Electrophoreticmobility (μ)isthemostimportantparametergoverningtheseparationofso lutesincapillaryzoneelectrophoresis (…