一种新的De Novo生物活性分子设计方法

由药效团进行虚拟活性结构生成与3D-QSAR模型相结合,筛选出有前途的结构多样性的化合物,并从中寻找活性先导化合物,是一种新的分子设计方法。采用这种方法对抗小麦赤霉病类含氟农药进行了研究,共生成了53个虚拟活性结构,通过3D-QSAR模型筛选出其中10个活性较高的结构,在活性最高的化合物基础上进行了结构修饰,得到了活性更高且毒性较低的理想化合物。研究结果表明这种方法能突破原模型化合物结构模式的局限,可以找到结构新颖的活性先导化合物,是一种非常有前途的分子设计方法,而且具有较高的筛选效率。     

药效团检索设计新的HIV-1蛋白酶抑制剂

通过对自建的未开发化合物三维结构库进行药效团检索,得到了4个对HIV-1蛋白酶抑制活化的化合物,通过构象分析发现包含药效团的构象处于优势构象,而且4个结构都含有带两个邻位羟基的苯环和一个间位羰基的药效团以及公共子结构。通过计算发现它们的疏水参数都很小。在考虑满足包含药效团的结构特征和有适中的疏水参数两个因素的前提下,设计出了新的具有潜在抑制HIV-1蛋白酶活性的化合物。它们的结构都比检索得到的四个化合物更为简单,因此易于合成。     

含氟农药的比较分子场分析研究

用比较分子场分析(CoMFA)方法对112种含氟农药分子的生物活性及毒性同时进行了定量构效关系研究。用78个化合物作为训练集,以距离比较方法(DISCO)确认的药效团为叠合规则构建CoMFA模型,发现影响活性的立体场与静电场的贡献分别为60.4%和39.6%,影响毒性的立体场与静电场的贡献分别为59.2%和40.8%。药效模型与毒效模型在交叉验证时的相关系数平方(R^2)分别为0.652和0.611,非交叉验证的R^2分别为0.982和0.977,方差比F(8,69)值分别为463.6及362.9,活性和毒性的标准偏差-极差比s/△γ值分别为3.6%和2.9%,表明模型具有较好的自预测能力。对测试组34个化合物进行了活性和毒性的预测,活性与毒性预测的标准偏差-极差比s/△γ值分别为10.4%和6.4%。最后,还建立了一个由97个化合物构建的扩大的模型,各种统计量得到了进一步提高。并预计了一个活性较高且毒性很低的新化合物。     

有机磷化合物的研究 ⅩⅩⅢ.烷基膦酸二烷基酯的取代基结构参数与其水解速率常数的相关分析

为研究烷基膦酸酯在水解反应中的结构效应,合成了具有不同结构的烷基膦酸二烷基酯,并测得它们在不同温度时的碱性水解速率常数(k).相关分析研究结果表明,k值与σ~p参数及Charton的v参数间具1gk=ρ∑σ~p+δ∑v+C的线性关系.     

C-13 NMR拓扑模型在有机化合物结构解析中的应用

本文介绍了一种利用计算机从C-13NMR谱数据自动推断简单化合物结构的方法.该方法基于子结构/部分光谱拓扑相关模型从未知物分子式及C-13NMR数据推导出候选子结构以及对拼装这些子结构的约束条件,然后在这些约束条件之下利用部分重叠的方法将这些子结构拼装成候选结构.解析过程中每一步推导到的子结构或结构都经过评估,以便及时删除与已知数据相矛盾的(子)结构.评估的主要方法是模拟候选(子)结构的(部分)C-13NMR谱并与已知数据进行比较.解析过程是自动进行的,同时使用者可以根据自己的经验和直觉对推理过程加以干预以提高解析效率.对文献上报道的247个单官能团化合物作为未知物进行解析,成功率为97.2％.     

3D-QSAR Study on Diindolylmethane and Its Analogues with Comparative Molecular Field Analysis (CoMFA)

ＩｎｔｒｏｄｕｃｔｉｏｎＢｒｅａｓｔｃａｎｃｅｒｉｓｏｎｅｏｆｔｈｅｌｅａｄｉｎｇｃａｕｓｅｓｏｆｐｒｅｍａｔｕｒｅｄｅａｔｈｉｎＮｏｒｔｈＡｍｅｒｉｃａｎｗｏｍｅｎ .Ｉｔｉｓａｎｅｓｔｒｏｇｅｎ ｄｅｐｅｎｄｅｎｔｃａｎｃｅｒ,1ｗｈｅｒｅｖａｒｉｏｕｓａｎｔｉｅｓｔｒｏｇｅｎｈａｖｅｂｅｅｎｅｘｔｅｎｓｉｖｅｌｙｄｅ ｖｅｌｏｐｅｄｆｏｒｉｔｓｔｒｅａｔｍｅｎｔ,ｓｕｃｈａｓｂｅｎｚｏｔｈｉｏｐｈｅｎｅ ,ｐｒｏｇｅｓ ｔｅｒｏｎｅ,ａｎｄｔｈｅｃｕｒｒｅｎｔｔａｍｏｘｉｆｅｎ ,ｗｈｉｃｈｐｒｉｍａ…     

羟基负离子与一氟甲烷双分子亲核取代反应的量子化学研究

本文用LCAO-MO-SCF ab initio方法, 对OH^-+CH3F→CH3OH+F^-反应进行了过渡态理论及前线轨道理论的量子化学研究, 以4-31G为基组, 计算了反应进程的势能曲线,得到了过渡态的几何构型, 并用MP2方法进行了电子库仑相关效应的校正, 反应活化能的计算值与实验数据较为一致。用前线轨道理论对反应中分子重新组合过程进行了轨道分析, 较全面地解释了该反应的机理。     

有机磷化合物的研究XXIII:烷基膦酸二烷基酯的取代基结构参数与其水解速率常数的相关分析

为研究烷基膦酸酯在水解反应中的结构效应,合成了具有不同结构的烷基膦酸二烷基酯,并测得它们在不同温度时的碱性水解速率常数.     

抗小麦赤霉病类含氟农药的3D-QSAR研究

用CoMFA方法对一组含氟农药分子的抗小麦赤霉病活性进行了定量构效关系研究。发现影响药效的立体场与静电场的贡献分别为90.3%和9.7%,立体场的影响是占主导性的。该模型非交叉验证的相关系数(r^2)为0.991,F值是297.524,标准偏差(S)为0.015,表明模型具有较好的预测能力。根据该模型,设计并预测了几个新的化合物,其活性都在0.96以上。经过研究表明在预测结构的某些位置添加位阻较大的基团,活性提高比较明显。     

含氟新农药的构效关系研究Ⅱ.三维定量构效关系分析

为了能更深入地认识含氟新化合物作为农药的生物活性和其结构间的关系,建立有意义的药物-受体作用模型,寻找同类化合物的药效团,对合成的含氟化合物在经典QSAR方法研究的基础上,又进一步运用DISCO,CoMFA和Leapfrog方法研究了它们的三维构效关系.首先根据化学结构,将分子进行了分类,然后再分别进行CoMFA计算,根据第I类分子的CoMFA结果,我们进行了含氯化合物的全新设计.根据各类中较好的构效关系模型,我们进行了分子的改造,预测了它们的活性.