利用Benford定理分析固有无序蛋白

目的 利用Benford定理分析固有无序蛋白(Intrinsically Disordered Proteins,IDPs).方法 利用本福特定律在生物通路动力学速率常数的成功运用所受到的启发来分析固有无序蛋白.结果与结论 首次系统地调查固有无序蛋白,并发现所有固有无序蛋白及固有无序蛋白的结构域长度首位数的分布都很好地符合本福特定律.因此,固有无序蛋白能做为一个理想的组合来研究实际生活得到的数据的首位数分布,此外,这些观察值还能用来全局地约束固有无序蛋白的行为,这也许能够为固有无序蛋白更加精确的预测提供有用的信息,也将对很多疾病的治疗提供新的思路.     

利用Benford定理分析固有无序蛋白（英文）

目的利用Benford定理分析固有无序蛋白(Intrinsically Disordered Proteins,IDPs)。方法利用本福特定律在生物通路动力学速率常数的成功运用所受到的启发来分析固有无序蛋白。结果与结论首次系统地调查固有无序蛋白,并发现所有固有无序蛋白及固有无序蛋白的结构域长度首位数的分布都很好地符合本福特定律。因此,固有无序蛋白能做为一个理想的组合来研究实际生活得到的数据的首位数分布,此外,这些观察值还能用来全局地约束固有无序蛋白的行为,这也许能够为固有无序蛋白更加精确的预测提供有用的信息,也将对很多疾病的治疗提供新的思路。     

固有无序蛋白与结合配体作用位点的分析与预测

固有无序蛋白(简称IDPs)在生理条件下不具有稳定的二级或三级结构,但是在生物体内通过与结合配体相互作用来发挥重要的生物学功能,故研究固有无序蛋白与配体的相互作用,对理解这些蛋白的功能具有重要的生物学意义。本文基于IDPsBind数据库,获得固有无序蛋白与5类配体分子(DNA,RNA,金属离子,肽,小分子)结合的结合位点,然后对这些结合位点处残基出现在5类结合位点的倾向性进行分析,结果发现：5类配体分子的结合位点处氨基酸的分布是不一样的。然后,利用滑动窗口中心残基的结合配体类型,建立5类结合配体的结合位点数据集,并提取四种特征参数：位置特异性矩阵(PSSM),20种氨基酸组分(AAC),以及残基的疏水性(HP)和溶剂可及表面积(SASA)特征,结合机器学习算法对5类结合位点进行分类识别,在5折交叉检验结果中预测准确率(Acc)最高达到87%,当特征融合后,预测准确率(Acc)达到88.3%。该研究结果对固有无序蛋白与结合配体相互作用的分析提供了很好的参考。     

基于PSO＿BP神经网络的固有无序蛋白质预测

通过对蛋白质有序-无序区域分析,找到表示氨基酸的34维特征.其中,样本熵是用于计算时间序列复杂度的参数,通过比较20种氨基酸在两种区域的出现频率,将其对应为0-9的时间序列,从而计算蛋白质的复杂度.另外,使用长度为35的滑动窗口将相邻氨基酸联系起来,提高了预测准确度.最后,使用粒子群算法优化BP神经网络的节点参数,训练并实现有序-无序分类的5个网络,取均值后转化为有序-无序输出.使用DisProt数据集和R80数据集分别进行十折交叉验证,预测准确率分别达76%和87%以上.     

局部凸拓扑空间中的不动点定理与固有值

利用拓扑度理论讨论了局部凸拓扑向量空间中不动点定理和非线性算子固有值 ,从而推广了 [1]和[2 ]中的结果 ,获得一些新的结论     

1-集压缩映象固有值与固有元存在性定理

该文进一步用1-集压缩映象的不动点指数,研究更广泛的1-集压缩映象的固有值和固有元问题,得到若干新的固有值和固有元存在性定理。     

连续系统固有振动分析的一种解析方法

提出弹性体固有振动分析的一种解析方法。以梁、板的横向振动为例说明该方法分析过程，求得固有频率（方程）与已有解析解一致，说明该方法有效，且具有通用性。     

一般悬架固有特性分析

本文主要对一般悬架的固有属性进行了阐述,指出固有的结构使得一般悬架呈现出固有属性,并提出相频分析法,证明了悬架有可能在降低低频车身振动时,而并不恶化轮胎接地性的结论。这对悬架的设计优化有一定的指导意义。     

A-固有算子方程x=Ax+λBx在楔形中的可解性

设X是一具有投影格式Γ={X_n,P_n}的实Banach空间,KX是一拟正规锥,Petryshyn研究了方程x=Ax+λBx 在K 中的可解性,他的结果在一般锥和楔形中是否成立仍未解决。本文在楔形上探讨了这方程的可解性,证明了两个充分性结果。作为应用本文得到一个新的不动点定理,它改进和推广了一些作者的相应结果。     

固有函数系的完全性

在应用Ｓｔｕｒｍ－Ｌｉｏｕｖｉｌｅ理论的展开定理时，固有函数系是完全的，不能缺少某一固有函数．在应用分离变量法解某些定解问题时，容易发生缺少某一固有函数的原因     

一维无序体系的振动局域态

 应用点阵动力学的方法以及五对角对阵矩阵本征矢算法,考虑原子间次近邻相互作用,计算了一维无序体系的振动本征态的分布.结果表明与电子本征态分布一样,无序体系的声子态分布也具有局域性,且局域程度与本征频率的大小、体系无序程度以及系统大小有密切的关系.     

新发现和正在研究中的细胞凋亡蛋白抑制剂(综述)

自从杆状病毒中分离出凋亡蛋白抑制剂 (inhibitorofapoptosisproteins ,IAPs)后 ,发现的凋亡蛋白抑制剂的种类和数量逐渐增多。迄今为止 ,在人体新发现的IAPs有HIAP - 1(humanIAP -1)、HIAP - 2 (humanIAP - 2 )、XIAP(Xchromosome -likedIAP)、ML -IAP(melanocytesIAP)、Survivin和Livin等。对IAPs的发现、定位、结构、分布和作用等方面的研究进展进行介绍     

Sequence variability of fibrinogen-related proteins (FREPs) in Crassostrea gigas

Fibrinogen-related proteins(FREPs) are lectins with at least a fibrinogen-like domain.They are widespread in Mollusca and play an important role as immune pattern-recognition receptors.These diverse molecules provide interesting models for the study of the evolution of innate immunity.Although oysters are among the most studied mollusks,there have been few investigations of this gene family in oysters.This paper reports the cloning of the first oyster FREP,named CgFREP,from the Pacific oyster Crassostrea gigas.Five types of FREP(CgFREP-1 to CgFREP-5) were obtained based on a single pair of primers,confirming their high diversity.The proteins deduced from these FREPs contained 253-363 amino acids and were divided into three subfamilies based on sequence identities(cutoff point <86%).The topological structure of the phylogenetic tree showed the five CgFREPs clustered together and were completely separated from the subgroup of FREPs obtained from Biomphalaria glabrata(BgFREPs).This implies that FREP diversity evolved before the BgFREPs branched off.An interesting aspect of the CgFREPs was their individual hypermutation.Ninety-three SNPs and five indels were characterized among CgFREPs.Some mutations(e.g.an insertion in CgFREP-5) could cause premature translation termination.Multiple alignments suggest recombination events might have occurred during exchanges between alleles,or by somatic diversification,or both.Individual sequence variability parallels the extraordinary complexity of the innate immune system,suggesting a potential capacity to recognize and eliminate many kinds of pathogens,even in a primitive system.The diversity of immune pattern-recognition receptors may offer an alternative strategy that functions in the absence of highly specific immune globulins,which only emerged in vertebrates.     

中国法学的边缘化发展

法哲学是从一定的哲学世界观和方法论来观察和认识法这一社会现象的学科。目前越来越多的学者倾向于从边缘角度来看待法律现象。中国法学的边缘化即是中国法学走向沿边的部分或走向靠近边界线区域的一种发展趋势——即由中心走向边缘。对这一趋势，可从法的概念、法学研究方法和纠纷解决方式这三今角度做出阐释。     

Functional analysis of schistosomes EF-hand domain-containing tegument proteins

Schistosomes cause schistosomiasis disease which severely threatens human health. Little is known about the functions of EF-hand domain containing schistosomes tegument proteins other than as an-tigens. More possible functions of these tegument proteins were investigated with in silico analyses including protein-protein functional interaction,site-specific variation and glycosylation modification. The analysis results suggested that schistosomes could actively modulate host immune responses for its own favor through functional interactions with host proteins with immunomodulatory function,and passively regulate host immune responses through sequence variation under positive selection and glycosylating the recognition sites of host immune attack. In addition,the analysis of the C-terminal domain of these tegument proteins indicated that they could assist schistosomes in escaping host immune attacks through inhibiting chemotaxis and non-complement fixing antibody (IgG4) responses. In summary,our results suggested that these tegument antigen proteins could assist schistosomes in escaping and modulating host immune responses for self-protection during the process of host-para-site interaction.     

矩阵左半张量积的(T,S,2)-逆的反序律

给出了矩阵半张量积的(T,S,2) 逆的反序律成立的充要条件。并证明了等式(A⊙B)⁺_MP=(A⁺_MN(A⊙B))⁺_NP((A⊙B)(B⁺_NPIp))⁺_MN。     

原生动物四膜虫(TetrahymenaS1)高迁移率非组蛋白的研究

利用原生动物四膜虫(Tetrahymena shanghaiensis S1)作材料,经高氯酸抽提,丙酮沉淀等方法,制备取得高迁移率的非组蛋白。在高分辨率的乙酸一脲电泳图谱上,具有小牛胸腺所具有的典型的全部蛋白带。此外还含有一些未经检测的蛋白带。作者认为这些多余蛋白带可能是四膜虫所特有的高迁移率的非组蛋白。     

利用酵母双杂交系统筛选IrrE相互作用蛋白

本研究通过酵母双杂交技术,构建了IrrE蛋白为诱饵载体,从拟南芥cDNA文库中筛选与IrrE诱饵蛋白相互作用的功能蛋白.研究结果表明,在所获得的阳性克隆中,发现了一个与拟南芥基因At1g01470所编码的蛋白有较高同源性的蛋白,即LEA14蛋白（晚期胚胎发育富集蛋白）,同源性高达98%.推测IrrE转录因子在提高植物耐盐性的过程中起了重要作用.     

高斯过程下的有限项部分和重对数律

在约束条件下,将标准维纳过程中的有限项部分和的重对数律推广到高斯过程中,获得了渐近不相关条件下,高斯过程中的有限项部分和的重对数律。