微生物的全基因组测序

微生物基因组测序在当今生命科学领域的研究中起着重要作用．本文通过对主要测序方法一鸟枪法的介绍，阐明了微生物全基因组序列的测定与注释在基因组学的进一步研究中的广阔领域．     

论基因组的分子进化

本文主要探讨了在生物进化中的ＲＮＡ和ＤＮＡ分子改变的方式和方法，从基本的本质上说明了ＤＮＡ分子在生物进化中的作用。     

生命起源和生物进化中的辩证唯物主义教育

生物学中的许多知识蕴含着朴素的辩证唯物主义的思想和方法.在生物教学中,如何挖掘教学内容中的辩证唯物主义的思想观念和辩证方法,达到教书育人的目的,是值得在高校教学中进行探讨的问题之一.本文探讨了生命起源和生物进化中的辩证唯物主义思想观念和辩证方法在教书育人中的作用.     

论生物基因组的起源和进化

通过分析核基因组、线粒体基因组和叶体基因组的大小与结构，发现这三种基因组教师阴“小基因组”和“大基因组”的形式及与之对应的结构特点，认为它们各自的祖先都是通过分别与“小基因组”和“大基因组”相应的两种途径进化成成为现象核（类核）基因组、线粒体基因组和叶绿体基因组，发展了生物基因组起源和进化的统一模式。     

微生物基因组研究进展

本文阐述了微生物基因组的测序方法,并探讨了微生物基因组的研究现状,最后展望了微生物基因组的发展前景。     

利用心电的李氏数探讨混沌在生物进化中的作用

采集了进化程度不同的物种人和犬的心电信号,计算了心电信号的李氏数(Ｌｙａｐｕｎｏｖ指数),得出了以下结论:心电信号的李氏数反映了心脏的总体动态特征,它可作为一种定量研究心电图的新方法进行心血管疾病的早期诊断；生物进化是自然选择和混沌相结合的产物·     

提取桑天牛成虫肠道微生物基因组DNA的2种方法比较

比较了改良CTAB法和改良SDS法两种提取桑天牛成虫肠道微生物基因组DNA的方法,结果表明:改良SDS法提取的DNA杂质较多,并且有部分降解;改良CTAB法提取的DNA纯度较高,适用于后续试验研究.     

微生物基因组的注释

自l995年12月完成第一个微生物（流感嗜血杆菌）全基因扭测序以来,微生物基因扭学策略和技术提高很快,促进了其他生命形式（包括人类）的基因扭学发展,开创了生物基因扭计划新时代,短短几年内,互联网数据库中各种生物基因扭数据迅速增长．1998年3月27日Science杂志编者指出：生物基因扭革命可以同工业革命和计算机革命所带来的变化相比,是“第三次技术革命”。     

基于生物进化理论的技术演进研究

技术自诞生以来,就一直处于进化发展之中,其演进历程是从低级向高级一步一步进化而成的。以生物进化理论为基础,借助其中的系统演化思想,以生物进化为背景,系统地分析了技术演进的方式。技术演进过程同生物进化的过程一样,也经历着类似的方式:渐变中有突变,突变产生于渐变中量的积累,是渐变和突变的辨证统一。     

21世纪生命科学展望

以近20年来生命科学领域所取得的巨大成就为依据论述了21世纪生命科学在自然科学中的领头地位，同时，对21世纪生命科学的几个重要研究领域进行了评述，其中包括人类基因组计划，基因组学与发育生物学的关系，基因组学与生物进化及生命起源的关系，生物信息学的作用和地位，以及现代生物技术的开发应用对21世纪人类生活的影响。     

试论化石证明生物进化的模糊性

化石是古生物存在的见证,是证明生物进化最直接、最重要材料。但又存在着许多模糊之处。本文根据古生物学和现代生物进化论的研究成就,就化石证明生物进化中存在的模糊问题进行了理论性阐述。     

浅谈区分生物进化等级的信息标准

生物进化存在一个提高信息加工能力的进化指向。生物加工处理信息的能力可以使用定量标准划分等级不同的比特值可作为信息量级标准,以此为标准可以将生物进化划分为若干等级,并能据此建立新的生物进化描述模式。     

在67种微生物基因组序列中都不存在的最短的碱基组合

对67种微生物基因组全序列进行分析，发现某些碱基组合(及其反向互补序列)在某些基因组中不存在，而这种不存在的概率很低；发现6个11bp的寡核苷酸序列(及其反向互补序列)--AGGGGGGGGTC(GACCCCCCCCT)、AGGGTCCCTG(CTAGGGACCCT)、ACGTACCTAGG(CCTAGGTACGT)、GACACACGTAG(CTACGTGTGTC)、CGCGTAACTAG(CTAGTTACGCG)、CTAGGGACCCA(TGGGTCCCTAG)在这67种基因组中都不存在。上述每个寡核苷酸序列(及其反向互补序列)在由这67种细菌基因组连接而成的DNA分子(长度为169660265bp)中不存在的概率至少小于2．5e-26。     

地芽孢杆菌(Geobacillus)YHL的全基因组测序及序列分析

该文采用Illumina 高通量测序技术对地芽孢杆菌(Geobacillus sp. YHL)进行全基因组测序,使用Velet软件进行组装,利用Glimmer软件对菌株进行基因预测,得到的蛋白质通过与COG、KEGG等数据库进行比对来获得相应的注释信息.利用多种绘图工具对注释信息进行汇总及分析,获得了COG、KEGG等多种基础注释信息,对这些信息进行挖掘分析,研究结果发现:该菌株具有多种编码酶基因,包括糖苷水解酶、葡糖苷酶、木聚糖酶、淀粉酶、新普鲁兰酶、支链淀粉酶和脂肪酶,是一种嗜热的多酶编码菌,有一定的应用潜力.重点关注了在基因组中编码热应激蛋白基因,这些基因信息最终可以提供关于细菌的热适应机制的初步解释.     

产活性氧假交替单胞菌GCY全基因组序列分析

生物源活性氧(reactive oxygen species, ROS)是环境ROS的重要来源,在生物元素地球化学循环中发挥着重要作用.但目前关于产ROS微生物的生物学信息尚不完善,影响微生物ROS产生的因素也未知.为此从近海沉积物中分离得到一株产胞外ROS的假交替单胞菌GCY(Pseudoalteromonas sp.GCY),利用全基因组测序表征了其潜在生物学功能.结果表明菌株GCY基因组大小为5.47 Mb, GC含量为43.39%,与胞外ROS产生相关的基因包括lodA、lodB和nqrA-F等.此外,氨基酸和Na⁺被证实影响胞外ROS的产生.进一步通过比较基因组分析,推测具备产胞外ROS能力的微生物在环境中广泛存在.综上,提供了产胞外ROS微生物全基因组分析报告,在分子水平上加深了对生物源ROS产生的理解,为开发利用各种环境中生物源ROS及认知生物源ROS的环境意义提供了重要视角.     

生物进化的新理论及其在工艺科技领域的延伸

介绍了出现的关于生物进化的新理论,包括天地生人综合作用进化说、分子水平的随机变异与生物控制论,阐述了进化理论在科技工艺领域的延伸。     

试论化石与生物进化关系的内在模糊性

根据现代生物进化论和古生物学成就，就化石与生物进化关系的内在模糊性予以论述。     

化石证明生物进化作用的相对性及其原因

本文根据古生物学研究成就,在充分肯定化石在生物进化中具非常重要作用的基础上,就其证明生物进化作用的相对性及其原因,进行了理论阐述。     

基因组重排技术在微生物菌种选育中的应用

对基因组重排育种技术的建立过程、自身的技术优势及其在微生物菌种选育方面的应用研究进行了综述.结果表明,该技术能大幅度提高微生物细胞的正向突变频率和速度,缩短菌种选育时间.目前基因组重排技术主要用于提高工业微生物菌种的代谢产率,增强菌株对环境的耐受性,提高底物利用率和范围等方面;未来随着生物信息学、基因组学等生物技术的发展,该技术将在药物微生物菌种选育研究中得到进一步应用.