鬼灯擎素的结构分析

本文报道了从鬼灯擎(Rodgersid aesculifolia Batal)中提取的鬼灯擎素(Bergenin)晶体的结构研究。鬼灯擎素晶体为正交晶系,C_(14)H_(18)O_(10),M_r=346.28,其晶胞参数a=7.468(9),b=13.899(4),c=14.228(0)A;空间群为P2_12_12_1;晶胞内分子数Z=4,D_c=1.5560g/cm~3,结构模型由SHELXTL程序解出;经Fourier合成和最小二乘修正,最后的偏离因子R=0.028。此外,利用晶体结构分析所得分子中各原子的坐标,以半经验分子轨道法CNDO/2程序计算了分子总能量、净电荷分布以及Wiberg键级等,并以此讨论了分子的反应活性中心。     

基于弱氢键相互作用形成的层状有机超分子晶体

合成了双吡啶双西佛碱(bped)有机分子,并用该分子进行了超分子网络晶体的组装.X射线单晶结构分析结果表明,该晶体属单斜晶系,P2(1)/c空间群,晶胞参数为a=1.340 14(15)nm,b=0.421 53(11)nm,c=1.115 05(4)nm,β=101.660(4)°,V=0.616 90(18)nm3,Z=2,R=0.064 8.在bped晶体中存在着分子间氢键相互作用,该氢键由N原子和H—C中的H原子相互作用而成.每一个bped分子同另外6个bped分子通过氢键相连,构成了二维层状结构.     

呋喃氟脲嘧啶的晶体结构

呋喃氟脲嘧啶C_8H_9FN_2O_3晶体属三斜晶系,a=6.0044(23),b=9.0221(80),c=16.7021(109),α=99.779(59),β=93.426(43),γ=94.178(55)°。空间群P_1~-,Z=4。用Nicolet R3四圆衍射仪收集强度数据,结构由SHELXTL系统的直接法解出。经最小二乘修正,R=0.078,R_w=0.069。结构测定结果表明,四氢呋喃环具有假旋转角P=218.6°(分子1)和P=177.9°(分子2),两个分子均为S型构造[C(6)endo—C(7)exo]。脲嘧啶基相对于五元环具有正的取向,x=—53.1(分子1)和x=—18.4(分子2)     

3,6-双-O-乙酰膜荚黄芪苷元的晶体和分子结构

3,6-双-O-乙酰膜荚黄芪苷元,C~34H~54O~7,属单斜晶系,空间群P2~1晶胞参数为a=10.902(4),b=17.048(6),c=8.938(3)A,β=107.99(3),V=1580(1)A^3,Z=2,D0=1.21g.cm^-3,D~m=1.18g.cm^-3.结构由直接法解出,对2253个可观察衍射计算,R=0.061,Rw=0.068.结构测定表明,20-C和24-C的构型为R和S,C(16)的羟基上氢原子H(05)与C(25)的羟基上氧原子O(7)形成分子内氢键O(5)-H(05)...(7),同时H(07)与另一个分子的羰基上氧O(2)形成分子间氢键O(7)-H(07)...O(2),通过分子间氢键,晶体中分子形成链状结构.     

RuN2分子结构和振动光谱的理论研究

使用钌原子相对论有效原子实势LanL2dz和密度泛函理论B3LYP方法对RuN2分子结构与分子光谱进行理论研究。结果表明RuN2分子基态为线性C∞v端配结构,基态电子态为3△,平衡几何为RRu-N=0.1910 nm,RN-1=0.1120 nm。同时首次计算给出各种稳定结构的振动频率,红外强度,拉曼活性与退极化率和偶极矩。     

3A分辨率绿豆胰蛋白酶抑制剂Lys活力碎片—牛胰蛋白酶(MBILF-BTRY)复合物的晶体结构分析和分子模型

用分子置换法成功地解得了MBILF-BTRY的晶体结构,并得到了它的立体结构模型。绿豆胰蛋白酶抑制剂属于絲氨酸蛋白酶抑制剂中结构最复杂的Bowman-Birk型抑制剂。这一类型抑制剂的立体结构以前尚未见报道。MBILF-BTRY复合物晶体的晶胞参数为a=62.99,b=63.54,c=69.70,α=β=γ=90°,空间群为P2_12_12_1,复合物分子量约为27500daltons。用理学电机的Ru-300型转靶X光机及AFC-5型四园衍射仪收集了分辨率为3范围内的独立衍射点5142个。以蛋白质数据库所取得的牛胰蛋白酶分子的座标为     

(+)-1R,3R,5S-1,8,8-三甲基-3-甲硫基-3-氧代-2,4,3-二氮磷杂二环[3,2,1]辛烷的合成、晶体结构和分子的绝对构型

合成标题化合物的结构经X射线分析,其晶体空间群为P_(2_1),晶胞参数a=0.7566(1)、b=0.7708(2)、c=1.0255(1)nm,β=98.60(1)°,Z=2.分子骨架由磷、氮船式七元环组成,P—S键为e键,P—O键为a键。分子绝对构型根据分子中P、S原子对Cu Ka射线的反常散射效应确定。     

基于图论方法建立二取代吲哚酮类的拓扑数学模型

新型的二取代吲哚酮类衍生物对人转移胰腺癌细胞Hela有抑制作用,根据密度泛函理论(DFT),通过计算该类化合物的分子连接性指数、电性拓扑状态指数、分子电性距离矢量、分子形状指数,得到153个分子描述符,对它们进行多元逐步回归,得到四个最佳变量,其中R~2=0.908,采用遗传算法进行优化,建立3-3-1型神经网络,得到的训练集的关联度R~2=0.968 5,验证了参数间的非线性关系,影响该类化合物抑制率的主要因素为电性与拓扑环境,影响分子的二维结构的是-CH_2-、=CH-、=C等结构碎片。     

芳烃-氟代芳烃和氢键作用调控的树枝状分子自组装及其液晶性质

通过收敛法合成了母核为亚胺键连接的芳环与氟代芳环,外围为3,4,5-三(正十二烷氧基)苯基亚甲基的第一代树枝状亚胺分子,并对其热致液晶行为和聚集体结构进行了研究.示差扫描量热和热台偏光光学显微镜研究表明该亚胺分子在93?C到118?C的温度范围内为具有双折射的液晶相.X-射线衍射结果表明该亚胺分子的液晶相为斜柱状结构(a=4.90 nm,b=3.51 nm,γ=110?).芳环-氟代芳环的面对面交替堆积和氢键驱动亚胺分子形成了柱状聚集体,分子外围的柔性十二烷氧基链的无序伸展,与母核聚集体发生微相分离,促使了亚胺分子斜柱状液晶相的形成.     

苄氧羰酰脯氨酰丙氨酰苏氨酰叔丁酯晶体结构的研究

用X射线晶体学方法测定了含有保护基的三肽(Z-Pro-Ala-Thr(But)_2)的晶体结构和分子构象.其结晶属正交晶系,空间群为P2_12_12_1,晶胞参数a=29.557A,b=11.583A,c=8.830A,z=4.用PW-1100四圆衍射仪收集衍射强度数据,用直接法解结构,使用MULTAN-80计算机程序系统.用块矩阵最小二乘方法修正结构,最终的R=0.088(不包括氢原子). 分子中丙氨酸的构象趋近屏蔽式,形成肽链的转折.脯氨酸与保护基之间形成的“肽键“是顺式结构.脯氨酸侧链的吡咯烷环五个原子不在一个平面上,C~β和C~γ分别向相反方向偏离平面.相邻的肽基团平面之间的交角都接近90°.分子之间存在氢键,它使分子沿晶体z方向无限伸展形成分子链.晶体沿x和y方向的分子间作用力为范氏力.保护基(Z)在分子堆积中起重要作用。     

娃儿藤成分ⅡX射线研究

本文报道了从人参娃儿藤(Tylcphora Kerrii Crab)中提取的一个娃儿藤成分Ⅱ的分子及晶体结构。晶体为三斜晶系,晶胞参数:a=13.534(4)(?),b=7.704(1)(?),c=14.480(6)(?),α=93.66(3)°,β=108.61(3)°,γ=89.04(2)°空间群为P_1,Z=2,D_(Ca1)=1.09g/cm~3。结构模型由SHEXTL程序解出,经最小二乘修正,最后的一致性因子R=0.064。该化合物的晶体在不对称单位内包含了两种化学成分相同,而结构不同的分子。     

二正丁基锡邻甲基水杨酸酯配合物的合成、结构及量子化学研究

二正丁基氧化锡和邻甲基水杨酸按物质的量比1∶1反应,合成了二正丁基锡邻甲基水杨酸酯配合物{[n-Bu2Sn(O2CC6H3OHCH3)]2O}2。经X-射线衍射方法测定了其晶体结构,配合物属单斜晶系,空间群为P21/c,晶体学参数a=2.436 89(10)nm,b=1.909 58(8)nm,c=1.632 04(7)nm,β=107.467 0(10)°,V=7.244 4(5)nm3,Z=4,Dc=1.438 g.cm-3,μ(Mo Kα)=14.19 cm-1,F(000)=3 184,R1=0.034 7,wR2=0.084 7。晶体中每一个结构基元包含了2个结构相同而空间取向不同的以Sn2O2构成的平面四元环为中心环的双核结构分子,锡原子均为五配位的畸变三角双锥构型。对其结构进行量子化学从头计算,探讨了配合物的稳定性、分子轨道能量以及部分前沿分子轨道的组成特征。     

钛、锆、铪有机化合物的研究——四(环戊二烯基)二(邻甲苯基)和四(甲基环戊二烯基)二(对甲苯基)-μ-氧合二锆的晶体结构和分子结构

本文报道了四(环戊二烯基)二(邻甲苯基)-μ-氧合二锆[二聚物(Ⅰ)]和四(甲基环戊二烯基)二(对甲苯基)-μ-氧合二锆[二聚物(Ⅱ)]的晶体结构和分子结构。二者均属单斜晶系,具有相同的空间群C_(2h)~5-P (21)/a。二聚物(Ⅰ)晶胞中含有四个分子,晶胞参数为a=19.122,b=16.319,c=9.296,β=92°1′。二聚物(Ⅱ)晶胞中含有两个分子,晶胞参数为a=20.076,b=8.205,c=10.016,β=104°41。两种二聚物分子构型的主要差别在于:二聚物(Ⅰ)不具有对称中心,Zr—O—Zr氧桥稍呈弯曲;二聚物(Ⅱ)以氧原子为对称中心,Zr—O—Zr氧桥呈直线型,据此讨论了空间效应和分子的电子结构。     

2,2-二苯基-2-羟基乙酸苯胺加合物的合成及其晶体结构

合成了2,2-二苯基-2-羟基乙酸苯胺加合物(1),其结构经UV,IR和X-射线单晶衍射仪表征。1的分子式为C34H31NO6,分子量为549.60,晶体属于三斜晶系,P1空间群,晶胞系数为:a=8.646(16),b=13.357(2),c=14.117(3),α=69.685(3)°,β=77.593(3)°,γ=71.748(3)°,V=1.441 3(5)nm3,Z=2,Dr=1.266 mg.cm-3,F(000)=580,μ(Mo Kα)=0.087 mm-1。结构由直接法解出,最终偏离因子为R1=0.054 6,wR=0.123 3。1通过分子间氢键连接形成超分子化合物。     

(+)-1R,3R,5S-1,8,8-三甲基-3-硫代-3-(4-甲基苯氧基)-2,4,3-二氮磷杂二环[3,2,1]辛烷的合成和分子绝对构型

合成的标题化合物用X射线衍射方法确定其分子的绝对构型,晶体空间群为P_(2_1 2_1 2_1),晶胞参数:a=0.8365(3)、b=0.8625(3)、c=2.3513(2)nm,Z=4.结构分析表明,分子骨架中存在3个环结构,即含磷、氮原子的船式七元环、椅式六元环以及由碳原子组成的信封式五元环。P—S键为e键,P—O键为a键。     

烷烃异构体的结构排序与热力学性质的变化规律

应用分子链状片断(C-C-C, C-C-C-C, C-C-C-C-C)数P2、P3、P4研究了烷烃异构体系列的结构排序及其热力学性质的规律性。每个烷烃分子表达为二维平面(mP2+P4, P3)上的一个点(对辛烷, m=2, 壬烷m=4, 癸烷m=5), 沿着坐标轴方向连结相同m点, 得到相应烷烃的异构体周期表。在此基础上, 提出了分子异构体序数的概念, 并分析了多种热力学性质的变化趋势及其对结构的依赖关系。     

丙酮团簇的多光子电离解离与结构计算

用355nm激光多光子电离解离飞行时间质谱观测到在超声分子束中形成的最多为12个分子的团簇离子及其碎片.用密度泛函方法对n=2～5的丙酮团簇结构进行计算,给出了优化构型及其基态能量.结果表明,两个丙酮分子组成团簇时稳定结构为近似垂直构型.3～5个丙酮分子组成团簇时以环状结构最稳定.     

多环芳烃分子结构的距边矢量表征及其气相色谱保留指数预测

 从分子图论拓扑学角度出发 ,提出用六元素组成的分子距边矢量VMDE表达上百个多环芳烃化学结构 ,对 10 0种多环芳烃的毛细管气相色谱保留值进行定量相关性研究 ,发现存在良好的线性相关关系 :IR=a +bVMDE,n =10 0 ,r =0 .988,其中a ,b为回归系数 ,可用于多环芳烃的色谱保留指数的分子建模与定量预测。     

对位取代苯甲酸酯的晶体结构研究Ⅲ对羟基苯甲酸乙酯p—HOC_6H_4CO_2C_2H_5的晶体结构

对羟基苯甲酸乙酯(p-EHB)晶体属单斜晶系,空间群C_(2h)~/a,晶胞参数a=11.579(4),b=13.182(1),c=11.765(4),β=107.76(3)~0,V=1710.2,Z=8,D_c=1.291g/cm~3。R=0.056,R_w=0.053。结构测定结果表明,晶胞中8个分子分成两组按两套不同坐标排布,其分子构型极相似。分子间H键数目较少,但键的作用较强。文中还谈到分子空间排布问题。     

希夫碱N,N′-双水杨醛缩连氮的合成与晶体结构研究

由水杨醛与水合肼反应生成希夫碱N ,N′ 双水杨醛缩连氮 ,并用溶液法生长其单晶。X 射线单晶结构分析表明 ,此晶体属于单斜晶系 ,P2 ( 1) /n空间群 ,晶胞参数为 :a =8.4 97( 4 ) ,b =6 .2 90 ( 3) ,c =11.789( 5 ) ,β=10 7.874 ( 7)° ,V =5 99.6 ( 4 ) 3 ,Z =2 ,Dc =1.331g·cm-3 ,F ( 0 0 0 ) =2 5 2 ,结构偏离因子R =0 .0 4 6 9,wR2 =0 .110 8。晶体中一个分子羟基上的氧原子与另一个分子中 -CH =N -上的氢原子之间形成分子间氢键 (O┄H -C)。