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室温离子液体作为一种新型的反应介质正在受到人们的关注,近十年来成为了化学领域的研究热点。随着人们对离子液体结构与性质研究的不断深入和计算方法的快速发展,分子模拟已是研究离子液体的结构和性质的有力工具。本文介绍了分子动力学(molecular dynamics,MD)的基本原理,分子力场的种类,以及离子液体分子动力学模拟一般采用的AMBER、OPLS和CHARMM三种力场的构建形式。综述了近年来纯组分离子液体、混合组分离子液体分子动力学模拟方法研究取得的成果和最新进展,并分析了主要存在的问题。展望了离子液体分子动力学模拟的研究方向和前景,同时还提出了包含极化作用和静电远程作用的离子液体分子动力学模拟研究的基本思路。 相似文献
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高性能大规模分子动力学的前沿进展——近35年生物体系的分子动力学模拟研究回顾 总被引:1,自引:0,他引:1
对近35年来数值模拟方法,特别是经典分子动力学方法和相关的优先采样技术在生物体系研究中的应用作了回顾.由于生物体系研究对象的特点是体系空间尺度大且细胞机制时间跨度长,因此所涉及的结构生物学和生物物理学方面的研究构成了分子动力学模拟的最大挑战.从生物学的角度对分子动力学的基本理论、算法发展以及在生物体系中的应用进行综述,重点阐释在生理活动相关的时间尺度上生物体系的模拟是如何逐步发展的.另一方面,回顾了生物模拟体系在空间和时间尺度上得益于计算机硬件和算法的飞速发展而急速扩张的历程.最后,基于最近生物体系分子动力学模拟领域的尖端研究成果,对该领域未来发展的趋势进行了思考和展望. 相似文献
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配体和受体之间的相互作用研究有助于阐明配体的作用机理, 为合理药物设计提供线索. 新发展的拉伸分子动力学模拟使原来在微秒至秒时间范围内发生的生物化学过程可以在纳秒尺度内进行模拟, 从而动态再现目前实验所无法提供的配体与受体的结合或解离过程. 文中通过详细介绍拉伸分子动力学方法对石杉碱甲与乙酰胆碱酯酶结合和解离过程以及HIV-1逆转录酶和其非核苷酸类似物抑制剂α-APA解离过程的成功模拟, 综述拉伸分子动力学模拟在研究配体和受体相互作用中的应用. 相似文献
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本研究从力场、几何优化、牛顿运动方程、周期性边界条件、系宗、控温控压方法、步长步数等方面简述了分子动力学模拟的基本原理。目前,煤大分子的构建方法有三种:经典模型、自主构建模型和含氧官能团修饰的石墨烯层模型。分子动力学模拟中,吸附构型的图像信息可以直接观察分散剂/表面活性剂在煤颗粒表面的吸附情况及吸附历程,而密度分布曲线、均方根位移、吸附能等定量结果可以揭示分散剂/表面活性剂的吸附机理。分子动力学模拟与实验方法相结合可以从微观和宏观两个角度揭示分散剂/表面活性剂在煤颗粒表面吸附模式,将为分散剂和浮选剂的开发和应用提供重要的理论支撑。 相似文献
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基于分子动力学模拟软件GROMACS设计了微生物谷氨酰胺转胺酶在不同温度水环境下的分子动力学模拟实验,通过计算模拟过程中酶蛋白主链动力学,分子内氢键数目,回转半径以及溶剂可接触表面积的变化,分析温度对酶的结构与功能造成的影响。该模拟实验可帮助学生:(1)掌握蛋白质分子在水溶液中动力学模拟的方法;(2)理解温度对酶结构稳定性和活性造成的影响;(3)了解分子运动特性的生物学的意义;(4)学习酶工程研究的新手段。 相似文献
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采用分子动力学模拟研究甲基多巴分子透过磷脂双层膜的动力学机制.研究所采用的磷脂双层膜是一种卵磷脂脂质分子双层膜,即1-棕榈酰-2-油酰-卵磷脂(POPC)双层膜,分子动力学模拟基于Gromacs程序.通过分子动力学模拟获得甲基多巴透过POPC双层膜的自由能垒是99.9 kJ·mol-1(310 K),显示甲基多巴分子可以透过细胞生物膜.模拟获得甲基多巴在POPC双层膜中间层扩散运动的自由能垒是16.9-27.7 kJ·mol-1(310 K),证明甲基多巴分子在细胞膜中间层容易扩散.研究工作加深了对甲基多巴治疗高血压病机制的理解,促进研发治疗高血压病的新药物. 相似文献
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对高分子体系进行分子动力学模拟方法的研究 总被引:2,自引:0,他引:2
以单链聚乙烯为例,研究了多种对高分子体系进行分子动力学模拟的方法.结果表明,不同的力场条件可以导致明显不同的结果.在使用OPLS力场的真空条件下.在100K体系出现了玻璃化现象,在200和300K条件下体系出现了局部结晶现象,而在400和500K体系出现了熔化现象.在给定体系中加入周期性边界和在300K下进行分子动力学模拟,无序和结晶状态都具有一定的稳定性. 相似文献
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采用分子动力学模拟研究甲基多巴分子透过磷脂双层膜的动力学机制. 研究所采用的磷脂双层膜是一种卵磷脂脂质分子双层膜,即1-棕榈酰-2-油酰-卵磷脂(POPC)双层膜,分子动力学模拟基于Gromacs程序. 通过分子动力学模拟获得甲基多巴透过POPC双层膜的自由能垒是99.9 kJ·mol-1(310 K),显示甲基多巴分子可以透过细胞生物膜. 模拟获得甲基多巴在POPC双层膜中间层扩散运动的自由能垒是16.9-27.7 kJ·mol-1(310 K),证明甲基多巴分子在细胞膜中间层容易扩散. 研究工作加深了对甲基多巴治疗高血压病机制的理解,促进研发治疗高血压病的新药物. 相似文献
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采用分子动力学模拟的方法, 构建了人促红细胞生成素模拟肽与其受体胞外结合片段的相互作用的分子动力学模型. 通过对该模型的结构研究和理论分析, 对模拟肽与受体结合机制提出了新的理论解释. 根据EBP活性口袋的静电势分布, 对二聚体小肽激活剂的每条链上的部分氨基酸进行了突变, 分别用电性更强的氨基酸来代替部分疏水氨基酸, 计算结果显示, 突变后的二聚体小肽激活剂对EBP的“亲和力”明显增强. 相似文献