基于线粒体co I 基因探讨无尾目10个科的分子系统关系

运用PCR技术和相关生物软件，对大头蛙Limnonectes kuhlii和脆皮大头蛙Limnonectes fragilis的线粒体coⅠ基因全序列进行了测定与分析．结合GenBank上已公布的无尾目10个科22个物种的同源序列，以爬行纲楔齿蜥Sphenodon punctatus和密河鳄Alligator mississippiensis为外群，基于核苷酸序列（选取前两位密码子）和氨基酸序列两种数据形式，分别构建NJ树和MP树．结果表明：系统树将无尾目10个科分为两大支，一支为新蛙亚目Neobatrachia的5科15个物种，一支为古蛙亚目Archaeobatrachia的5个科9个物种（其中包括锄足蟾科Pelobatidae和负子蟾科Pipidae），并推测这两个亚目均为单系群．古蛙亚目一支内的盘舌蟾科Discoglossidae与铃蟾科Bombinatoridae亲缘关系较近；新蛙亚目内蟾蜍科Bufonidae与雨蛙科Hylidae，蛙科Ranidae与树蛙科Rhacophoridae两两亲缘关系较近．蛙科中泽陆蛙Fejervarya limnocharis与大头蛙属3个种首先形成姐妹群，表明其较近的亲缘关系，同时推断大头蛙与福建大头蛙Limnonectes fujianensis亲缘关系近于脆皮大头蛙．     

海葵目4种海葵线粒体cyt b基因的序列分析

采用CTAB法提取浙江沿海海葵目4种海葵的基因组,PCR获取4种海葵的线粒体cytb基因的部分序列(1Kb左右),经序列比对,并利用邻接法(NJ)和最大简约法(MP)进行了系统发育关系的分析.结果发现,红海葵(Actinia equine)、黄侧花海葵(Anthopleu raxanthogrammica)及绿疣海葵(Anthopleura midori)3种海葵与已知的海葵科物种老年细指海葵(Metridiumsenile)的Cytb基因序列相似性分别均为88%、87.6%和86.9%.NJ法和MP法建立的分子系统树显示,3种海葵与海葵科物种首先聚支,属于同一分类单元.星虫状海葵(Edwardsia sipunculoides)现有分类地位属于爱氏海葵科,但在上述两种分子聚类分析中,均较海葵科物种老年细指海葵更先归入海葵科聚支,其置信度在NJ和MP中分别高达到100%、99%的自引导值.因此,星虫状海葵所在的艾氏属(Edwardsia),归入海葵科较为合理.     

江西7种蛇类基于16S rRNA基因的DNA条形码构建

采用新设计CO1、16S、CR3种线粒体基因(位点)的简并引物,对江西地区常见蛇类(2科6属7种)共20个个体样本进行了DNA条形码分析的初步尝试,将实验结果结合GenBank部分蛇类序列数据分析表明,在本实验涉及的蛇类个体及类群的识别上,16S rRNA基因片段合乎通用条码标记的序列的要求;且本实验设计的16S简并引物有适用性强、宽容度大的优势.其次,本研究结果支持"16S rRNA基因至少应该作为脊椎动物标准条码标记--线粒体COI基因不可缺少的补充"观点;提示当前对DNA条形码在不同生物类群的应用方面,尚待在更大的标本样品数量及更多不同基因片段序列数据的支撑.     

基于基因序列的乙型肝炎病毒基因分型方法的比较

采用3种不同的生物信息分析法对HBV S基因序列进行分析以鉴定HBV基因型,并比较分析各方法的优缺点。采集10例HBV慢性感染者血清,抽提HBV DNA,PCR扩增HBV S基因并测序。分别采用Clustal X软件和Bioedit软件计算S基因核苷酸和氨基酸同源性;DNAstart软件、Clustal X软件和Mega 4软件绘制S基因遗传进化树;以及在线Genotyping软件,将10例S基因序列与不同型及亚型HBV S序列比较以鉴定基因型及亚型。S基因核苷酸和氨基酸同源性计算结果显示1,3,4,5,7,8,9,10号标本与B2AF121243同源性最高,核苷酸同源性分别是98.0%,99.0%,98.8%,99.1%,99.2%,99.5%,99.5%,99.6%,而2号标本与C2 M38636同源性最高,核苷酸同源性为97.7%,6号标本与C4GQ377630同源性最高,核苷酸同源性为97.3%;构建系统树法鉴定结果为1,3,4,5,7,8,9,10号标本与B2AF121243进化距离最近,而2号标本与C2M38636进化距离最近,6号标本与C4GQ377630进化距离最近;Genotyping比对发现1,3,4,5,7,8,9,10号标本属于B基因型,2,6号标本属于C基因型。结论S基因核苷酸及氨基酸同源性的计算法可有效用于乙型肝炎病毒基因分型,是对现有分型方法系统树构建法以及在线Genotyping法的补充。     

瓯江流域唇NFDA1和花NFDA1线粒体COⅡ基因部分序列分析

采用PCR技术获得了唇NFDA1(Hemibarbus labeo)和花NFDA1(H. maculatus)线粒体DNA细胞色素氧化酶(COⅡ)基因部分序列,将所得的COⅡ基因序列与4种取自GenBank的NFDA1属鱼类同一基因序列进行了分析,以探讨这一序列在种质鉴定、种群遗传结构和分子系统发生研究中的应用价值.测序结果表明,在实际分析的600 bp序列中,序列A T含量(56.9%～57.8%)高于G C含量,物种间共有变异位点116个,其中简约信息位点46个;唇NFDA1和花NFDA12个地理种群间变异位点均为11个,唇NFDA1种群间碱基替换均为转换,花NFDA1的转换/颠换为8/3.以COⅡ基因片段序列为标记,用似刺鳊鮈(Paracanthobrama guichenoti Bleeker)作外群,构建了NFDA1属鱼类的系统发生树,其拓扑结构显示2个地理种群浙江花NFDA1单倍体Ⅰ(H1)与江苏花NFDA1首先聚为一支,然后与浙江花NFDA1单倍体Ⅱ(H2)形成一个单系群.韩国唇NFDA1和日本NFDA1为姐妹群,然后与中国花NFDA1(浙江和江苏)相聚为一支.长吻NFDA1和朝鲜NFDA1单独聚为一支,表明2者的亲缘关系较近.结果同时表明,韩国唇NFDA1与江苏花NFDA1、日本NFDA1和浙江花NFDA1(H1)的遗传距离均为0.008 4,结合形态特征鉴定,推测韩国唇NFDA1和日本NFDA1是中国花NFDA1(浙江和江苏)的同物异名.     

浙江两地产索氏桃花水母核糖体小亚基rRNA基因序列分析

采用PCR和DNA测序技术,对杭州与绍兴产桃花水母标本的核糖体小亚基rRNA基因进行了扩增与测序．经序列比对分析,杭州与绍兴产桃花水母的核糖体小亚基rRNA基因序列与已知索氏桃花水母的序列极为相似,相似度分别为99．61％和99．45％;与索氏桃花水母的遗传距离均为0．001;经分子系统树分析,杭州与绍兴产桃花水母与索氏桃花水母的分支置信度高达1000．4．综上分析,杭州与绍兴产桃花水母均为索氏桃花水母（Craspedacusta sowerbyi）,该结论与其形态学分类相一致．     

几种饵料微藻基因组DNA的提取及其特异性引物的设计

用改良CTAB法提取我国沿海东南部滩涂贝类常见的4种饵料微藻的基因组DNA,结果发现提取的DNA产率高、完整性好,认为是一种简便而高效的微藻基因组DNA提取方法.对其18S rRNA 基因(18S rDNA)进行克隆与测序,并利用序列比对软件 MEGA 5.0对各微藻的18S rDNA序列进行两两比对,设计出了能够用于快速区分此4对饵料微藻的特异性PCR引物(Cha.F/Cha.R、Iso.F/Iso.R、Pla.F/Pla.R及Nan.F/Nan.R). PCR扩增验证实验结果显示,4对引物均具有很强的特异性,无交叉扩增现象.扩增片段大小范围为100~200 bp,满足实时荧光定量PCR的实验要求,在检测滩涂贝类对此4种饵料微藻的摄食选择性研究方面具有重要意义.     

南昌市前湖区春季鸟类群落结构

2007年3～5月我们通过调查南昌市前湖区春季鸟类群落结构,结果表明共记录了959只鸟类个体,隶属于11目、26科、54种,其中雀形目和鹳形目鸟类属于绝对的优势目.鸟类居留型组成不管是个体数量还是种数的分布,留鸟占有的比例都最高,分别为45%和41%.前湖地区鸟类群落多样性指数为2.86,均匀度指数为0.72.在划分的7个生境中,洼地群落具有最高的多样性和均匀度,分别为2.93和0.92.总之,前湖地区生境受到人类活动影响深刻,该区分布的优势种主要为一些与人类关系比较密切的伴生种.     

7种鲽形目鱼类生长激素基因cDNA序列的克隆及系统分析

从7种重要鲽形目经济鱼类--高眼鲽(Cleisthenes herzensteini)、黄盖鲽(Limanda yokohamae)、木叶鲽(Pleuronichthys Cornutus)、宽体舌鳎(Cynoglossus robustus)、石鲽(Platichthys bicoloratus)和条鳎(Zebrias zebra)、夏鲆(Paralichthys dentatus)的脑垂体中提取mRNA, 通过RT-PCR方法,克隆了含开放阅读框的生长激素(growth hormone,GH)cDNA序列,与本实验室已克隆的大菱鲆和漠斑牙鲆、已报道的鲆鲽鱼类及外群鱼类共22条生长激素基因cDNA进行了序列比对和同源性分析.测序结果显示,高眼鲽、黄盖鲽、木叶鲽、宽体舌鳎、石鲽、条鳎和夏鲆的GH cDNA长度依次为479,564,519,440,564,440,522 bp,编码140～170个氨基酸的成熟GH多肽片段.通过序列比对,这7种蛋白序列与其他已知的鲆鲽鱼类GH序列具有较高的同源性,同科的鱼类之间同源性更高.运用PAUP软件对15种鲽形目鱼类与另外7种不同种属鱼类进行了分子系统进化树分析,结果与根据传统的形态学和生化特征分类进化地位基本一致,大菱鲆和塞内加尔鳎各自单独形成一个分支且与鲆科和鲽科鱼类相距较远,其中塞内加尔鳎等种类的分类地位与根据线粒体DNA序列分析的系统发生模式基本吻合.说明生长激素基因可以有效地用于研究鲽形目等硬骨鱼类的亲缘关系及分类地位.     

瓯江流域唇[鱼骨]和花[鱼骨]线粒体COⅡ基因部分序列分析

采用PCR技术获得了唇[鱼骨]（Hemibarbus labeo）和花[鱼骨]（H．maculatus）线粒体DNA细胞色素氧化酶（COⅡ）基因部分序列,将所得的COⅡ基因序列与4种取自GenBank的[鱼骨]属鱼类同一基因序列进行了分析,以探讨这一序列在种质鉴定、种群遗传结构和分子系统发生研究中的应用价值．测序结果表明,在实际分析的600bp序列中,序列A＋T含量（56．9％～57．8％）高于G＋C含量,物种间共有变异位点116个,其中简约信息位点46个;唇[鱼骨]和花[鱼骨]2个地理种群间变异位点均为11个,唇[鱼骨]种群间碱基替换均为转换,花[鱼骨]的转换/颠换为8／3．以COⅡ基因片段序列为标记,用似刺鳊鮈（Paracanthobrama guichenoti Bleeker）作外群,构建了[鱼骨]属鱼类的系统发生树,其拓扑结构显示2个地理种群浙江花[鱼骨]单倍体Ⅰ（H1）与江苏花[鱼骨]首先聚为一支,然后与浙江花[鱼骨]单倍体Ⅱ（H2）形成一个单系群．韩国唇[鱼骨]和日本[鱼骨]为姐妹群,然后与中国花[鱼骨]（浙江和江苏）相聚为一支．长吻[鱼骨]和朝鲜[鱼骨]单独聚为一支,表明2者的亲缘关系较近．结果同时表明,韩国唇[鱼骨]与江苏花[鱼骨]、日本[鱼骨]和浙江花[鱼骨]（H1）的遗传距离均为0．0084,结合形态特征鉴定,推测韩国唇[鱼骨]和日本[鱼骨]是中国花[鱼骨]（浙江和江苏）的同物异名．     

泥蚶线粒体COI和16S rRNA基因片段序列研究

采用PCR技术扩增了泥蚶线粒体DNA的COI和16S rRNA基因片段,PCR产物经T载体连接后进行克隆、测序,用MEGA version 3.0软件计算这2个基因片段序列碱基组成.结果显示：COI和16S rRNA基因删除引物序列后分别得到660bp和548bp的核苷酸序列,T,C,A和G碱基含量分别为40.4%,14.7%,20.6%,24.3%和23.2%,25.9%,30.3%,20.6%.COI和16S rRNA基因片段对泥蚶不同地理种群的遗传分化的研究具有一定的应用价值.     

虾肝肠胞虫感染病理特征、18S rRNA基因序列及系统进化树分析

为调查浙江省部分地区虾肝肠胞虫(Enterocytozoon hepatopenaei,EHP)暴发来源及与其他宿主来源的微孢子虫进化关系,本研究利用形态学特征和分子鉴定,尝试对引起浙江多地凡纳对虾生长缓慢综合征的病原进行探究.同时基于18S rRNA基因序列分析该病原与其他地区及其他宿主来源微孢子虫的进化关系.结果显...     

嗜盐古菌中氯视紫红质基因序列的遗传分析

采用PCR方法扩增了嗜盐古菌AB19、AB30和AJ5编码螺旋C至螺旋G的氯视紫红质（halorhodopsin，HR）蛋白基因片断和168rRNA基因（168rDNA），测定了它们的核苷酸序列，与已报道的，hr基因序列差异显著．获得AJ5 HR蛋白基因序列在Halobiforma属中尚属首次．对hr基因序列进行的遗传分析，包括GC含量、转换与颠换的比值、密码子使用偏好，表明hr基因面临进化选择和偏倚突变压的双重制约，是一类进化程度较高的基因．对比br基因编码蛋白螺旋C到G的序列发现它们具有相似的种属特征．采用BR和HR蛋白螺旋C到G序列构建系统发生树比传统的168rDNA序列具有优势，BR和HR可以作为两种新型的分子指标．     

5种蚌螨ITS2基因片段序列及其系统发育分析

对5种蚌螨ITS2基因片段进行了序列测定,经比对后发现序列长度为258 bp(含gap);其中保守位点186个,可变位点57个,总变异率达到22.1%,种间变异率在7.4%~14.9%之间;转换位点11个,颠换位点18个,转换颠换比值为0.61。A,G,C,T4种碱基的平均含量分别为29.5%、17.2%、18.1%、35.2%,平均     

伪狂犬病毒糖蛋白H基因片段的克隆、序列测定和分析

对伪狂犬病毒湖北地方株(PRVHB株)糖蛋白H基因片段进行了扩增、克隆、序列测定和分析,比较了该序列与PRVKa株及NIA-3株三者之间的同源性.结果显示,克隆片段长1396bp,G+c含量75.6%,包括糖蛋白H(gH)N端283个氨基酸编码区及上游调控序列和胸苷激酶(TK)C端136个氨基酸编码区.gH基因ORF上游调控区存在有TATA框和CAT框的真核启动子特征结构.PRVHB株gH基因片段序列与PRVKa株和N1A-3株相应序列的核苷酸同源性相同,为99.6%.推导的gH多肽N端第1～30位氨基酸组成的肽段富含疏水性氨基酸,具有真核信号肽的序列特征.     

新疆伊吾湖嗜盐菌bop基因多样性

为了研究新疆中部地区伊吾湖嗜盐微生物和细菌视蛋白基因（bop）资源，分离纯化了95株嗜盐和耐盐菌．并从中挑选了10株红色的菌株，采用PCR和TA克隆的方法，扩增出bop基因螺旋C到螺旋G的核心序列，测定了基因的核苷酸序列．基于bop基因序列的同源性比较和系统发育学分析，发现9个序列分布在同一分支下，表明伊吾湖嗜盐菌bop基因具有一定的多样性和明显的自身地域性．     

果蝇heix基因启动子的分析及其转录活性鉴定

采用生物信息学的方法,综合运用启动子预测工具Promotor Scan1.7和BDGP(neural network pro-moter prediction)分析了目标序列的启动子特征,以果蝇基因组DNA为模板扩增出heix基因启动子候选序列连接至pMD19T载体,构建了荧光素酶报道基因重组质粒pHeixpromoter-Luc,转染果蝇S2细胞表达荧光素酶,并测定了荧光素酶的活性.预测出4个候选的heix基因启动子序列,发现存在ATF、MLTF、c-fos_US5等多种转录因子调控基序;成功构建了pMD19T-Heixpromoter和pHeixpromoter-Luc重组质粒.与肌动蛋白启动子(actinp romoter)相比,pHeixpromoter-Luc表达出的荧光素酶也有较强的活性.本研究找到了果蝇heix基因启动子候选序列,并发现多种转录调控元件,其荧光素酶报告基因实验说明果蝇heix基因启动子与肌动蛋白启动子有相当的转录活性.     

H9N2亚型禽流感病毒细胞适应株细胞致病性和HA、NA基因序列分析

对分离自中国南方的H9N2亚型禽流感病毒A/Chicken/Guangxi/KMⅢ/99(H9N2)进行了MDCK细胞的连续传代和NA基因序列的初步分析.研究发现,病毒接种细胞36 h左右出现细胞病变(CPE),细胞肿胀变圆,聚集,脱落.流感病毒经MDCK细胞连续传代19代后,HA效价与亲代病毒相当.将传代获得的第19代病毒进行基因克隆,与亲代病毒进行序列比较,发现经传代后其HA1羧基端的分子特征是:R-S-S-R,仍属于非低致病力毒株.     

中国东海及南海近海4采样点海水可培养细菌的多样性研究

采用不同的培养方法从中国东海和南海近海海水样品中分离得到105株细菌,探讨了不同海区可培养细菌的物种多样性和群落组成特点.16SrDNA序列分析结果表明,东海分离菌株分属于2个细菌门的14个种,南海分离菌株分属于3个细菌门的19个种.其中,东海分离菌株中α-变形菌占33.3%,γ-变形菌占57.2%,厚壁菌门细菌占9.5%.南海分离菌株中α-变形菌占41.9%,γ-变形菌占35.5%,拟杆菌门细菌占17.7%,厚壁菌门细菌占4.8%.东海和南海样品的分离菌株在种属水平上的多样性差异明显,后者的多样性指数高于前者.     

PCR技术检测海运船舶压载水病原弧菌初探

船舶压载水引起的外来物种入侵,及由此引发的经济、环境和卫生等方面的灾害性后果,已成为当前世界海洋所面临的最大威胁之一.弧菌作为一种广泛存在于海洋环境的病原微生物,其数量已成为船舶压载水是否可以排放的一项指标.本文采用PCR扩增病原弧菌特征基因技术,结合弧菌相关16S rRNA基因文库,初步探讨压载水中病原弧菌快速检测技术.从采集自舟山远洋船舶压载水水样S1中,检测到hlyA和vvh基因,表明样品中含有霍乱弧菌(Vibrio cholerae)和创伤弧菌(V.vulnificus)的毒力基因.文库序列分析结果显示,重组克隆子中部分序列与副溶血弧菌(V.parahaemolyticus)和费氏弧菌(V.fischeri)相似性较高.研究结果表明,压载水样品S1中含有多种对人和动植物有害的病原弧菌,对海洋生态平衡、公共卫生安全和海洋养殖业具有潜在危害.