基于局部序列比对相似度的用户会话聚类新方法

随着网络环境的愈加复杂,用户数量和种类显著增加,网络信息更新频繁.针对文本数据自身较稀疏、不规范等特点,提出了基于改进的局部序列比对算法的用户会话聚类新方法.首先通过计算用户会话集成距离方法衡量会话的相似度;然后,采用改进的基于用户会话距离的序列比对算法对话题进行聚类,该算法改善了传统用户聚类算法的不足.实验表明,该算...     

SARS-CoV-2病毒全基因组序列比对及进化分析

SARS-CoV-2病毒株是β属冠状病毒,它包括S、N、E、M4个主要编码蛋白,是造成中国湖北省武汉市爆发重大公共卫生事件的罪魁祸首,目前对该病毒的系统性研究分析并不是很多.运用计算机辅助软件工具来对筛选自NCBI基因文库中的36条来自不同国家地区的SARS-CoV-2病毒株序列进行全序列比对分析,从而找出SARS-C...     

基于遗传算法的序列比对方法

为有效解决大尺度基因组序列的比对分析,提出了一种基于遗传算法的序列比对方法。该算法通过对序列比对问题进行编码,将其转换成了搜索空间中的一个优化问题。实验结果表明,这种新的比对算法是有效的,它在占用少量内存的情况下可以获得近似于Need lem an-W unsch算法结果的最优解。     

局部序列自同构

证明了维数大于等于3的可分Hilbert空间H上的所有有界线性算子全体B(H)的效应代数E(H)上满的2-局部序列自同构是序列自同构以及Hilbert空间H上的投影算子全体P(H)上满的2-局部序列自同构是序列自同构.     

基于智能蚁群算法的双序列比对方法

序列比对是生物信息学中一项重要的基础性研究课题。提出了一种基于全新的信息素改变策略的智能蚁群算法,该算法利用历史最优信息来更新信息素,避免出现早熟现象,加速算法的后期收敛。实验表明该方法是有效的和可行的。     

基于动态规划的序列比对的并行算法研究

针对序列比对算法进行了深入地研究,分析比较了两序列和多序列、局部和全局、渐进和迭代的序列比对算法.利用动态规划序列比对算法内在的并行性,提出了自适应的动态规划序列比对的并行策略.该策略在计算初期和计算末期采用较小的高度和宽度值使得大部分处理器参与计算,在计算中期采用较大的高度和宽度值降低处理器间的通信开销;运用上述自适应的动态规划序列比对的并行策略,提出了一种基于动态规划的序列比对的并行算法,将读入的比对序列负载均衡地分布至不同的计算结点.基于集群系统和MPI环境的实验数据及分析表明,该算法在给定进程数量的条件下,其执行时间随序列长度的增长而急剧上升;在给定序列长度的条件下,其执行时间随并行进程数量的增大而大幅减小;充分反映出该算法较好地发挥了序列比对问题的内在并行性,有效地降低了序列比对算法的时间复杂度.     

基于知识表达系统的序列比对研究

序列比对是生物信息学中基本的信息处理方法,对于发现生物序列中的功能、结构和进化信息具有重要的意义。该文对典型的双序列比对算法以及多序列比对算法进行了描述和评价;针对目前序列比对算法普遍存在的不足,提出了一种新的思想--基于知识表达系统的序列比对研究,应用知识表达系统对序列比对相似性发现进行定义及其处理。     

非序列比对软件SeqDistK在微生物菌群分类中的应用

用非序列比对方法研究微生物菌群的分类是目前生物信息学中的一个热门领域.文中开发了一种基于k-mer统计的非序列比对软件SeqDistK. SeqDistK可通过开源网站https:∥github. com/htczero/SeqDistK获得,具有在微生物菌群分类中运算速度快、准确度高的优点,而且具有适应大型数据研究的潜力.利用SeqDistK对63条已知分类的16S rRNA基因序列所算出的距离矩阵进行菌群聚类,发现所得聚类结果与已有的分类基本一致.SeqDistK能准确地对微生物菌群样本序列进行聚类,可作为一个有效的从分子生物学角度分析系统发育学的软件.     

基于2D gabor滤波器的车辆局部特征提取方法研究

车辆局部特征提取是车辆检测的关键。目前常使用的一些特征提取方法不够稳定,且容易丢失图像局部特征。提出基于2D gabor滤波器的车辆局部特征提取方法,分析并探讨滤波器方向、径向中心频率以及滤波窗口大小对图像结果的影响。Matlab仿真结果证明该方法的有效性。     

生物序列比对算法的简述

基因组和蛋白质组的研究极大地依赖于数据库的搜索,寻求更快更灵敏的生物序列相似性比对算法一直是生物信息学研究的热点,文章介绍了相似性比对的得分算法和各种数据库搜索工具,并对各种算法的优缺点进行了讨论与比较.     

一种有效的基于4D图形表示法的DNA序列相似性比较方法

研究了一种有效地DNA序列相似性比较方法,在将每条DNA序列平均分成两个片段的基础上,采用4D图形表示法构建了每个片段的中心几何点重现模型,以此为基点,建立了DNA序列间的相似性与不相似性的欧氏距离比较法.最后,11个物种球蛋白基因的第一个外显子的DNA序列比较的结果验证表明:欧氏距离越小,其相似性越大,在进化上越趋于同源性;反之,欧氏距离越大,则物种差异性越大.实验结果表明,通过这样的方式可以有效避免信息的丢失,结果更具有统计显著性,并更有效地反映位置信息,可以对DNA序列的研究提供良好的支撑作用.     

一种基于图象序列的3D重构算法

提出一种基于图象序列的 3D重构算法。采用共轭梯度法迭代估计射影深度 ,通过矩阵分解方法实现射影重构。然后利用一个 4× 4非奇异矩阵 ,将射影重构变换为欧氏重构。实验结果表明此算法是行之有效的     

基于局部参数化的三维表面滤波

研究对任意亏格三维网格表面的滤波.通过寻找每个网格顶点的局部区域,对各个局部区域分别进行平面参数化,插值形成局部图像片,进行小波域滤波及重构,实现了对三维表面的滤波.实验表明,该方法能够直接对任意亏格的三维表面进行低通、增强、去噪等滤波操作.由于采用逐点局部参数化,参数化带来的失真减小.用该方法不需对非零亏格的表面进行分割,就能够实现整个表面的光滑滤波.     

二维随机场离散的曲边单元局部平均法

提出了用于二维随机场离散的任意八节点曲边单元,并给出基于该种单元的随机场局部平均的二阶统计特性的计算方法,其中通过坐标变换和高斯数值积分,直接建立了局部平均协方差矩阵与高斯积分点处随机变量协方差矩阵之间的显式矩阵表达式. 所提出的八节点曲边随机场单元尤其适用于带曲边域随机场的离散,随机场在单元上的局部平均的统计特性计算概念清晰,操作简单. 以一薄板弯曲问题为例,采用本文提出的随机场离散方法,结合Monte-Carlo法分析了随机场相关结构和相关长度对挠度标准差计算结果的影响,同时研究了高斯积分点数的选取问题.     

基于局部字袋模型的三维部分形状检索方法

提出一种新的基于“局部字袋混合模型”表示的三维部分形状检索方法。该方法首先定义一种支撑范围相互重叠的三维局部字袋模型表示, 并在该形状表示下, 给出“推土机距离”的基础距离度量的定义, 并运用“层次匹配核”方法计算三维模型间部分相似性的具体步骤, 显著提高了原方法的效率和鲁棒性。在理论上证明了所提出的距离度量改进了整体字袋模型低估三维形状之间距离的问题。实验结果显示了该方法对三维部分形状检索的有效性。     

一种可变长子片段对拼接的DNA双序列局部比对算法

提出一种基于可变长子片段对拼接的DNA双序列局部比对算法.该算法以最长的子片段对为中心,拼接相邻的相容子片段对来得到最优局部比对,并允许用户输入比对调控因子适当调整比对结果以提高算法的灵活性.实验结果表明算法在时间和空间复杂性方面都得到了较大的改善.     

高斯序列顺序统计量幂的高阶展开

对给定的最优规范常数,研究高斯序列顺序统计量幂的分布函数和密度函数的高阶展开,同时得到其收敛速度均与■同阶.     

一种基于混沌序列控制的3D cat映射加密算法

讨论并比较了3D cat映射与二维Arnold映射的差别,在此基础上改进了3D cat映射变换置乱方法,并利用复合混沌控制序列对像素灰度进行变换,从而实现图像像素位置和灰度值同时改变的加密效果.结果表明,这种加密方法具有较好的有效性.     

二维有限元网格的局部加密方法

设计了关键点、圆域和矩形域三种有限元网格局部加密方式．在所构造的局部加密嵌入面域内,利用基于Delaunay剖分的动态节点-单元一体化生成算法生成局部加密网格,并将其嵌入原网格,以实现分析对象关键区域有限元网格的局部加密．算例表明,该方法生成的网格质量良好,符合有限元分析要求．     

基于DNA序列的信息隐藏

研究了以DNA序列为载体的信息隐藏,提出了一个信息隐藏算法.该算法首先将秘密信息经预处理、编码、调制变成一维随机DNA序列;然后由一个随机数序列决定隐藏信息在载体的高复杂性区域的位置;最后在隐藏信息的位置,秘密信息字符替代载体字符.由该算法实现的信息隐藏既具有一定的稳健性和安全性,又符合生物学意义.实验结果也证明了该算法的有效性.