定量结构-活性/性质相关性研究中变量选择方法的研究

鉴于变量选择在QSAR/QSPR研究中的重要性,比较了遗传算法和几种传统的方法,如前进法、后退法及逐步回归法.结果表明,对于研究中所用数据,遗传算法较几种传统的方法为好,其原因可能由于传统的方法陷入了局部最优.遗传算法在变量较多的情况下方可显示出效率高和得到较好结果的优越性.对于变量的选择,遗传算法是一值得推荐的有效的方法.     

定量结构-活性/性质相关性研究中变量选择方法的研究——遗传算法和几种传统算法的比较

鉴于变量选择在QSAR／QSPR研究中的重要性。比较了遗传算法和几种传统的方法,如前进法、后退法及逐步回归法。结果表明,对于研究中所用数据,遗传算法较几种传统的方法为好,其原因可能由于传统的方法陷入了局部最优。遗传算法在变量较多的情况下方可显示出效率高和得到较好结果的优越性。对于变量的选择,遗传算法是一值得推荐的有效的方法。     

定量结构-活性/性质相关性研究中变量选择方法的研究——遗传算法和几种传统算法的比较

鉴于变量选择在 QSAR/QSPR研究中的重要性 ,比较了遗传算法和几种传统的方法 ,如前进法、后退法及逐步回归法 .结果表明 ,对于研究中所用数据 ,遗传算法较几种传统的方法为好 ,其原因可能由于传统的方法陷入了局部最优 .遗传算法在变量较多的情况下方可显示出效率高和得到较好结果的优越性 .对于变量的选择 ,遗传算法是一值得推荐的有效的方法     

定量结构性质/活性相关性——广义a_N指数法

采用新的计算方案，给出广义ａＮ指数的计算过程、所得参数及应用例子．     

定量结构性质／活性相关性——广义αN指数法

采用新的计算方案，给出广义αＮ指数的计算过程、所得参数及应用例子。     

取代苯酚的定量结构－活性／性质相关性研究

在分子拓扑理论基础上,提出了一个新的价连接性指数~nG=∑(E_i·E_j· E_k...),其中~0G=∑(E_i),~1G=∑(E_i·E_j),并用~0G,~1G研究了取代苯酚（ 含Cl,Br,INH_2,NO_2,COOH,烷基、环烷基、苯基等）的溶解度,辛醇／水分 配系数及对黑曲霉、浮萍、细胞色素P－450、酵母菌等的生物活性,给出了相关方 程。结果表明,新方法计算简单,使用方便,预测值与相应的实验值较好吻合。     

三苯基丙烯腈衍生物的定量结构-活性关系研究

应用半经验量子化学AMl方法得到了24种三苯基丙烯腈衍生物的优势构象，利用AMl方法和分子图形学技术获得其电子结构、几何结构及拓扑结构参数，并将这些参数与三苯基丙烯腈衍生物对乳腺癌细胞(MCF-7)的生物活性相关联．结果表明，三苯基丙烯腈衍生物对MCF-7的活性与羟基指示数、分子表面积和B环上原子净电荷之和之间存在良好的多元线性相关性，成功地建立了三苯基丙烯腈衍生物的构效关系式．     

头孢类抗生素定量结构-活性关系的密度泛函研究

用量子化学密度泛函方法B3LYP对9种头孢类抗生素的电子结构进行了理论计算, 并对它们进行了定量构效关系研究. 建立了头孢类抗生素分子的结构-活性数学模型: 头孢类抗生素的抑菌活性与QC8, QC7以及偶极距(Dipole)呈正相关关系.     

N-亚硝基化合物结构-致癌活性的相关性研究

Ｎ－亚硝基化合物结构－致癌活性的相关性研究许禄,姚瑜元（中国科学院长春应用化学研究所应用谱学开放实验室,长春,１３００２２）关键词Ｎ－亚硝基化合物,半经验量化方法,构效关系目前已发现的Ｎ－亚硝基化合物约３００种中多数具有致癌活性。化学家和生物学家对该...     

凝血酶抑制剂的结构与活性的关系

应用了一种新的预测酶－配体复合物亲和性的方法来研究凝血酶抑制剂的结构－活性关系．凝血酶－抑制剂复合物的三维结构根据模板化合物的晶体结构进行搭建，然后使用程序SCORE计算复合物的亲和性．共分析了3个系列34个抑制剂分子．计算所得的复合物的解离常数与实验值吻合得很好，大大优于用分子力学所给出的结果．通过比较其中两个抑制剂分子的结构和活性，说明了此方法能够定量给出配体分子中每个原子对结合过程的贡献大小，给出十分直接的结构－活性关系．     

凝血酶抑制剂的结构与活性的关系

应用了一种新的预测酶－配体复合物亲和性的方法来研究凝血酶抑制的结构－活性关系。凝血酶－抑制剂复合物的三维结构模板化合物的晶体结构进行搭建，然后使用程序ＳＣＯＲＥ计算复合物的亲和性。共分析了３个系列３４个抑制剂分子。计算所得的复合物的解离常数与实验值吻合得很好，大大优于用分子力学所给出的结果。通过比较其中两个抑制分子的结构和活性，说明了此方法能够定量给出配体分子中每个原子对结合过程的贡献大小，给出十     

氨基喹啉类化合物结构与抗疟原虫活性的相关分析

氨基喹啉类物质对于灵敏的氯喹疟原虫病毒和有抵抗力的疟原虫病毒都具有十分好的抑制作用 ,基于此 ,我们对 40个氨基喹啉类化合物进行了结构和抗疟原虫活性的相关分析 .在实验中 ,应用扩展的引力指数 GQ 和量子化学参数来表征该类化合物的结构 ,并运用进化算法来选择变量以克服传统的逐步回归方法在变量压缩中容易产生局部最优现象的缺点 ,继而通过人工神经网法来构造数学模型 .1　氨基喹啉类化合物的结构及其抗疟原虫活性氨基喹啉类化合物的结构通式为 X116 N7NH12 R N Et2.其抗疟原虫活性以 lg IC50 表示 [1] ,Haiti 1 35为灵敏的氯…     

基于岭回归和SVM的高维特征选择与肽QSAR建模

岭回归估计权重绝对值在一定程度上体现了对应特征作用大小, 据此发展了基于岭回归(RR)和支持向量机(SVM)的高维特征选择算法. 对苦味二肽(BTT)和细胞毒性T淋巴细胞(CTL)表位9 肽两个肽体系, 以氨基酸的531 个物理化学性质参数直接表征肽结构, 各获得1062、4779 个初始特征; 对训练集, 初始特征以岭回归排序后序贯引入, 当SVM留一法交叉测试(LOOCV)的均方误差(MSE)显著上扬时终止, 最后以多轮末尾淘汰进一步精筛, 分别获得7、18个物理化学意义明确的保留特征. 基于保留特征与支持向量回归(SVR), 对训练集建立定量构效关系(QSAR)模型, 预测独立测试集, 其拟合精度、留一法交叉测试精度、独立预测精度均优于现有文献报道结果. 新方法运行速度快, 选取的特征物理化学意义明确, 解释性强, 在肽、蛋白质定量构效关系建模等高维数据回归预测领域有较广泛应用前景.     

含天然苯乙烯结构的4-甲基-1,2,4-三唑-硫醚化合物的合成、除草活性及三维定量构效关系(3D-QSAR)研究

为了寻找以天然可再生资源为基础的除草剂,设计并合成了 26个新型含天然苯乙烯结构的4-甲基-1,2,4-三唑-硫醚类化合物,并通过FTIR,1H NMR,13C NMR,ESI-MS和元素分析等方法对其结构进行了确认.初步的除草活性测试表明,在质量浓度为100μg/mL时,大多数目标化合物对油菜胚根生长表现出良好的抑制...     

反相液相色谱中溶质保留与溶剂化结构参数间的定量关系

本文研究了等度条件下反相液相色谱中溶质保留与溶剂化结构参数间的定量关系;考察了反相液相色谱保留值变化规律式lnk'=a+cC~b中参数a.c 与溶剂化结构参数间的定量关系,结果表明能较好地预测等度和不同冲洗剂组成下溶质的保留值,将乙腈-水和甲醇-水冲洗剂下的a.c值定量关联,表明在考虑溶质的氢键作用参数后,其相关性有所提高.     

反相液相色谱中溶质保留与溶剂化结构参数间的定量关系

本文研究了等度条件下反相液相色谱中溶质保留与溶剂化结构参数间的定量关系;考察了反相液相色谱保留值变化规律式lnk'=a+cC~b中参数a.c 与溶剂化结构参数间的定量关系,结果表明能较好地预测等度和不同冲洗剂组成下溶质的保留值,将乙腈-水和甲醇-水冲洗剂下的a.c值定量关联,表明在考虑溶质的氢键作用参数后,其相关性有所提高.     

具有除草活性的3-(嘧啶基-2)-1,3,4-噁二唑-2(3H)-酮衍生物的设计、 合成与定量构效关系的研究

设计合成了一系列未见文献报道的5-叔丁基-3-[4-取代-5-(氢)甲基嘧啶-2-基]-1,3,4-噁二唑-2(3H)-酮的衍生物, 其结构均经过1H NMR, IR和元素分析表征. 生测结果显示, 部分化合物表现出较好的除草活性. 定量的结构与活性关系研究表明, 它们的除草活性与取代基的立体效应参数和电性参数呈现很好的相关性, 相关系数r大于0.8. 当作用对象为油菜时, 化合物的活性可能主要与取代基R2的邻位立体效应参数Es和电性参数相关; 当作用对象为稗草时, 化合物的活性主要与取代基R2邻位立体效应参数Es和间位取代基电性参数相关.     

应用分子图形学、分子力学、量子化学及静电势研究农药分子结构与性能关系(ΧⅢ)──用比较分子力场方法研究4-肟醚基喹唑啉类化合物的结构与抗烟草花叶病毒活性的三维构效关系

应用比较分子力场分析 (Co MFA)方法研究 4 -肟醚基喹唑啉类化合物抗烟草花叶病毒活性的三维构效关系 (3 D-QSAR) ,引入分子的摩尔折射率 (MR)和偶极矩 (DIPOLE)分别作为 Co MFA的第三和第四个场 .在此基础上进行偏最小二乘 (PLS)分析 :交叉验证 (leave-one-out)结果为 r2cv=0 .4 43 ,非交叉验证 (novalidation)结果为 r2 =0 .93 2 ,说明所建立的模型有较好的可靠性 ,并且在三维等值线图的基础上得到了一个此类化合物的模拟作用模型 ,据此可生长出一系列先导分子     

3-取代硫基-5-(2-羟基苯基)-4H-1,2,4-三唑类化合物抑菌活性的定量构效关系和结构修饰的理论研究

用DFT-B3LYP 方法, 在基组6-31G 水平, 对24 种3-取代硫基-5-(2-羟基苯基)-4H-1,2,4-三唑类化合物分子进行几何优化, 并计算了E_HOMO, E_LUMO, E_NHOMO, E_NLUMO, Q_C1～Q_C8, Q_N1～Q_N3, Q_O, Q_S和ΔE₁, ΔE₂, ΣQ 等量子化学描述符(q_c). 通过最佳变量子集回归建立13 种上述化合物对大肠杆菌、白色念珠菌、金黄色葡萄球菌等抑菌活性(A_J: A_e, A_m 和A_s) 的QSAR 模型. 对于大肠杆菌的A_e 模型的相关系数(R²)和逐一剔除法交叉验证系数R_cv² 依次为0.930 和0.871, 相应白色念珠菌A_m 模型为0.926 和0.869, A_s 模型为0.781 和0.572. 通过R_adj², F, R_cv², VIF, AIC, FIT 等检验, 上述模型具有令人满意的稳健性和预测能力. 结果显示ΔE₁ 和ΣQ 直接影响这些化合物的生物活性: ΣQ 增大, 其抑菌活性增强; ΔE₁ 越高, A_J 下降. 据此提出三唑类化合物分子可能的抑菌机理. 由此发现, 在三唑类化合物分子的R 中合适部位选用吸电子能力较强的取代基团进行结构修饰, 有利于提高被修饰后分子的抑菌活性. 根据对R 进行结构修饰(共提出11 种化合物), 得出4 种抑菌活性均超出100%的三唑类化合物(质量分数为0.01%), 希望将来得到生物实验的证实.     

应用分子图形学、分子力学、量子化学及静电势研究农药分子结构与性能关系（ⅩⅢ））——用比较分子力场方法研究4—肟醚基喹唑啉类化合物的结构与抗瀵草花叶病毒活性的三维构效关系

应用比较分子力场分析（CoMFA)方法研究4－肟醚基喹唑啉类化合物抗烟草花叶病毒活性的三维构效关系（3D－QSAR）,引入分子的摩尔折射率（MR）和偶极矩（DIPOLE）分别作为CoMFA的第三和第四个场。在此基础上进行偏量小二乘（PLS）分析：交叉验证（leave-one-out)结果为rcv^2=0.443,非交叉验证（no valida-tion0结果为r^2=0.932,说明所建立的模型有较好的可靠性,并且在三维等值线图的基础上得到了一个此类化合物的模拟作用模型,据此可生长出一系列先导分子。