利用Monte-Carlo模拟评价基因水平的关联分析方法

采用Monte-Carlo模拟了多种参数条件下的遗传关联数据, 计算多种基因水平的关联分析方法的统计效能. 结果显示: 主成分Logistic回归分析(累积贡献率为95%)和我们之前发展的基于LD结构和Fisher组合法的新方法(LD-Fisher)在多种参数条件下都具有很高的统计效能, Fisher组合法只有在单个易感SNP的P值较小时或者存在多个P值不太小的易感SNP时表现较好. 主成分Logistic回归分析和LD-Fisher可以作为基因水平关联分析的较为理想的分析方法.     

质量-数量性状的遗传参数估计*Ⅱ.利用DH群体或RIL群体

采用混合分布理论与极大似然法，拓展了适用于双单倍体群体（ＤＨ）和重组近交系（ＲＩＬ）群体的质量－数量性状的遗传分析方法．据此方法可以鉴别主－微基因的存在、了解主基因的作用方式、估计主－微基因的遗传效应和方差等遗传参数．     

基于群智能和冲突规避策略的基因-基因交互作用检测方法

针对当前检测基因-基因交互作用方法中存在的一些缺陷,提出一种基于群智能和冲突规避策略的基因-基因交互作用检测方法（DEIBSC）.以SNP（single nucleotide polymorphism）为研究对象,从大量SNP中选出具有显著基因-基因交互作用的SNP组.初始化多个SNP组作为初值,同时产生多条搜索路径,利用得分单调递增原则寻找问题的解,通过冲突规避策略和群智能动态调整搜索路径的方向,使得到的解更能反映基因-基因交互作用在基因组范围内分布的情况.在仿真数据和真实数据上的实验证实,本文方法在统计能力上可以和SNPHarvester方法相比,在效率上有明显优势,得到的结果能够更广泛地代表基因-基因交互作用在基因组的分布.     

水藓科植物遗传多样性研究

利用ISSR分子标记方法对不同地区的13份水藓科植物进行遗传多样性分析,结果表明,稳定且重复性高的7条引物共扩增出526条清晰的条带,其中518条具有多态性,平均多态性位点比率为98.47%.运用PopGen-32软件分析发现,等位基因数Na=1.736 3,有效等位基因数Ne=1.306 2,Nei基因的多样性与Shannon信息的指数分别为0.201 5和0.321 1,说明水藓科植物的遗传多样性比较丰富.13份水藓科植物的遗传分化系数Gst、遗传距离D与遗传一致度I分别为0.025 3、0.007 1和0.054 7,对其进行计算得知,不同属种间存有基因交流,但与种间变异相比,种群内部的遗传变异较大.通过NTSYS2.1软件对13份样本的亲缘关系进行聚类,可将其分为3类,且样本的遗传距离与地理位置有一定的相关性.     

口服转鲑鱼降钙素基因酵母的安全性评价

以小鼠为实验对象对表达鲑鱼降钙素的转基因酵母进行了毒理学实验,包括急性毒性实验、遗传毒性实验(小鼠骨髓微核实验、小鼠精子畸形实验)、传统致畸实验和大鼠30 d喂养实验.结果表明,急性毒性实验显示LD50>10.0 g/kg,属于实际无毒物质;遗传毒性实验结果均为阴性,显示无致突变性;致畸实验结果表明转鲑鱼降钙素基因酵母对小鼠不会产生母体毒性,对小鼠胚胎发育无影响且无致畸作用;30 d喂养实验中各项检测指标均无显著差异(p>0.05),组织病理切片检查未发现病理性变化.本文的结论是口服转鲑鱼降钙素基因酵母未对实验动物造成不良影响,是安全无毒的.     

利用烟草高效转化功能基因体系的建立

对农杆菌介导的烟草遗传转化条件进行探索,以20 mg/L的潮霉素作为转化苗的筛选压,稀释至OD600为O.2～O.3的农杆菌对外植体浸染15 min,于添加300 mg/L头孢霉素的生根培养基中诱导生根,可稳定获得较高的阳性转化率.经PCR和PCR-Souttlern检测,阳性转基因植株达84.8%以上.通过本研究建立了一种稳定高效的功能基因烟草遗传转化体系.     

基于线粒体COI基因鉴定蚌类的寄生钩介幼虫

淡水蚌类发育过程中的钩介幼虫需要寄生在鱼鳃或鳍上,由于幼虫体型微小,依据其形态鉴定蚌种较困难,因此难以准确确定蚌类寄主鱼种类。通过提取寄生在黄颡鱼鳃上的已知蚌种三角帆蚌钩介幼虫DNA,扩增线粒体COI基因并测序,构建系统发育树,并计算种内、种间遗传距离。结果表明:寄生的三角帆蚌钩介幼虫和三角帆蚌聚为一支,置信度为100%,且种内分支明显小于种间分支长度。种内遗传距离为0.003,种间平均遗传距离为0.238,种间遗传距离为种内遗传距离的79.3倍。说明基于线粒体COI基因的分子标记,能够正确鉴定寄生钩介幼虫蚌种,为确定淡水蚌类寄主鱼提供了一种有效的方法。 更多还原     

基于抑制消减杂交识别白化刺参和青刺参差异表达基因

为探寻刺参体色遗传的内在分子基础,运用Clontech SSH试剂盒分别构建了白化刺参和青刺参的正反向抑制性消减杂交文库;221个克隆测序分析确认了体色遗传差异性表达基因26个;GO分析显示这些差异基因分别隶属于核糖体基因、能量代谢、细胞结构、免疫调控、白化性状直接相关基因及未知基因.荧光定量PCR结果显示:ADP-核糖激化因子在白化刺参中相对表达量约是青刺参的2倍,而虾青素和小眼畸形转录因子在白化刺参中相对表达量则低于青刺参,分别为青刺参的0.38倍和0.47倍,相对表达量趋势和文库所得结果一致.该研究为进一步了解刺参体色分化及其优良性状的形成机制提供了基础资料.     

吡咯喹啉醌(PQQ)合成基因对PQQ产量的影响

将携带新辅基吡咯喹啉醌合成基因的克隆载体pRK310 经三亲本杂交,分别导入M.extorquens.AM1 及其突变体3b 和D2 中,可不同程度增加pqq 基因的拷贝数. 在基因复制水平构建了8 个工程菌,使PQQ产量提高了0.84～5.6 倍. 结果表明,结构上成簇的pqq 基因在功能上是密切相关、协调作用的,单个或部分pqq基因对PQQ合成的贡献是有限的,pqq 基因之间的比例和相互作用对PQQ 的合成量是有重要意义的.pqq 基因簇中起转录衰减作用的反向重复序列可能是pqq 基因正常转录所必需的.     

江西7种蛇类基于16S rRNA基因的DNA条形码构建

采用新设计CO1、16S、CR3种线粒体基因(位点)的简并引物,对江西地区常见蛇类(2科6属7种)共20个个体样本进行了DNA条形码分析的初步尝试,将实验结果结合GenBank部分蛇类序列数据分析表明,在本实验涉及的蛇类个体及类群的识别上,16S rRNA基因片段合乎通用条码标记的序列的要求;且本实验设计的16S简并引物有适用性强、宽容度大的优势.其次,本研究结果支持"16S rRNA基因至少应该作为脊椎动物标准条码标记--线粒体COI基因不可缺少的补充"观点;提示当前对DNA条形码在不同生物类群的应用方面,尚待在更大的标本样品数量及更多不同基因片段序列数据的支撑.