弯弓蚌螨(Unionicola arcuata)线粒体12 S rRNA基因的序列分析

用线粒体12 S rRNA基因特异性引物,对鄱阳湖地区褶纹冠蚌内弯弓蚌螨的线粒体12 S rRNA基因进行PCR扩增和双向测序,经校对拼接后,获得全长为648 bp的弯弓蚌螨12 S rRNA基因全序列。A、T、G、C 4种碱基的平均含量分别为49.1%、25.6%、8.5%、16.8%,平均A+T含量(74.7%)明显高于G+C     

江西7种蛇类基于16S rRNA基因的DNA条形码构建

采用新设计CO1、16S、CR3种线粒体基因(位点)的简并引物,对江西地区常见蛇类(2科6属7种)共20个个体样本进行了DNA条形码分析的初步尝试,将实验结果结合GenBank部分蛇类序列数据分析表明,在本实验涉及的蛇类个体及类群的识别上,16S rRNA基因片段合乎通用条码标记的序列的要求;且本实验设计的16S简并引物有适用性强、宽容度大的优势.其次,本研究结果支持"16S rRNA基因至少应该作为脊椎动物标准条码标记--线粒体COI基因不可缺少的补充"观点;提示当前对DNA条形码在不同生物类群的应用方面,尚待在更大的标本样品数量及更多不同基因片段序列数据的支撑.     

鄱阳湖流域华溪蟹属DNA条形码

探讨DNA条形码分子标记作为华溪蟹属(Sinopotamon)淡水蟹类辅助分类工具的可行性。选取分布于鄱阳湖流域的6种华溪蟹属淡水蟹类78个样本,采用线粒体COI和16SrRNA基因片段以及ITS2核基因片段,作为分子标记,结合GenBank数据库中同属序列片段,经DNA提取、引物筛选、PCR扩增、产物纯化测序及测序数据处理和分析,在计算得到的遗传距离和所构建系统发生树进行华溪蟹DNA条形码标准基因的选择。在本实验涉及的淡水蟹类个体及类群的识别上,16SrRNA和ITS2基因片段不适宜作为DNA条形码标准基因,而COI基因片段结合GenBank部分华溪蟹属序列数据分析,可区分本次研究所涉及的75%的物种。以线粒体COI基因片段为DNA条形码标准序列,可作为华溪蟹属淡水蟹类物种鉴定的辅助分类工具。     

浙江沿海大弹涂鱼、弹涂鱼的线粒体COI基因序列差异及其系统发育

为探讨浙江沿海大弹涂鱼和弹涂鱼线粒体细胞色素氧化酶I号(COI)基因序列差异及其系统发育, 对两者进行了COI扩增、测序和分析. 结果显示: 扩增得到大弹涂鱼、弹涂鱼COI基因序列长度分别为1554bp和1556bp; 大弹涂鱼和弹涂鱼COI基因序列中, 所占比例(分别为55.8%和56.0%)均高于 所占比例(分别为44.2%和44.0%); 大弹涂鱼和弹涂鱼的种内平均遗传距离分别为0.002和0.003, 两者的种间遗传距离为0.183. 构建的系统发育树显示, 大弹涂鱼与红狼牙虾虎鱼、孔虾虎鱼、犬齿背眼虾虎鱼聚为一簇(大弹涂鱼COI序列与三者的同源性分别为91.0%、92.0%和88.0%), 弹涂鱼与青弹涂鱼聚为一簇(两者COI序列同源性为99.0%)后与大弹涂鱼所在的簇相聚. 研究结果可为探讨大弹涂鱼、弹涂鱼的系统发育及建立基于COI序列的弹涂鱼类鉴定方法提供参考资料.     

嗜盐古生菌AJ6的分离及系统发育分析

从新疆阿尔金山国家自然保护区阿牙克库木湖分离纯化得到嗜盐古生菌AJ6,革兰氏染色呈阴性、杆状、少数球形、菌体大小为0.2～0.6 μm×1.6～4.2 μm,最适NaCl和Mg2+质量浓度分别为15%和0.6%,在pH为6.0～7.0条件下生长良好.在此基础上,进一步通过PCR方法扩增了菌株AJ6的16S rRNA基因(16S rDNA),测定了该基因的核苷酸序列,并利用"Clustalw"软件和"PHYLIP"软件包分析16S rDNA序列,对其进行同源性比较和系统发育学分析,建立了嗜盐古细菌的系统发育树.结果表明菌株AJ6与Nnm.pallidum、Nnm.pellirubrum和Nnm.versiforme分在同一类群中,16S rDNA序列同源性分别为97.47%,96.44%和98.12%,菌株AJ6是Na-trinema属中的一个新成员,命名为Natrinema altuensis.菌株AJ6的1 6S rDNA序列已登陆到GenBank,其序列号为AY277584.     

象山港黄墩支港菲律宾蛤仔种群COI和ITS1基因序列特征及遗传多样性分析

为了解象山港黄墩支港菲律宾蛤仔种质资源的遗传多样性现状, 采用COI和ITS1分子标记对该种群进行了基因序列特征和遗传多样性分析. 结果表明 在该种群30个个体中扩增得到的COI基因序列长度均为709bp, ITS1序列长度范围在693~729bp(共有746个位点). COI基因序列的位点中有670个保守位点(占94.50%)、39个变异位点(占5.50%); ITS1序列的位点中有保守位点671个(占89.95%)、变异位点62个(占8.31%)和缺失/插入位点13个(占1.74%). COI基因序列的保守性高于ITS1序列. 在COI基因序列中碱基(A+T)的占比(65.84%)高于(C+G), 而ITS1序列中则是碱基(A+T)占比(37.59%)低于(C+G). COI和ITS1序列的遗传距离分析均显示群体内遗传分化不明显. 基于COI基因序列和ITS1序列构建的遗传进化树显示 各科贝类分别相聚, 象山港菲律宾蛤仔位于帘蛤科的分支中, 其COI序列与杂色蛤进化关系最近. 遗传进化树中各种贝类的聚类关系与传统分类学结果相一致, 可作为分类的参考. COI和ITS1序列的平均核苷酸差异数分别为5.497和6.549, 核苷酸多样性指数分别为0.00775和0.00973, 单倍型数目分别为21和28, 单倍型多样性分别为0.963和0.993, 根据COI和ITS1两个序列计算得到的菲律宾蛤仔象山港群体单倍型多样性均大于0.5, 核苷酸多样性指数均大于0.005, 表明该种群遗传多样性丰富, 并处于稳定状态. 本研究结果补充了菲律宾蛤仔遗传多样性方面的研究资料, 并可为象山港菲律宾蛤仔种质资源保护和遗传育种提供理论基础.     

秦岭山脉华溪蟹属(Sinopotamon)淡水蟹DNA条形码

选取秦岭山脉地区华溪蟹属(Sinopotamon)淡水蟹进行DNA条形码研究,探讨DNA条形码在华溪蟹分类中的适用性。经与模式标本比对,采集样本为光泽华溪蟹指名亚种(Sinopotamon davidi davidi)、尖叶华溪蟹(S.acutum)、长安华溪蟹(S.changanense)和陕西华溪蟹(S.shensiense);选择线粒体COI基因片段及核ITS2序列片段作为DNA条形码,经DNA提取、PCR扩增、产物纯化测序及测序数据分析,发现ITS2序列获取效率过低,不适宜作为DNA条形码;将实验获得62条COI序列与GenBank中的55条华溪蟹COI序列共同组成数据集,构建的NJ、ML树可明确鉴别光泽华溪蟹指名亚种(S.davidi davidi)、兰氏华溪蟹(S.lansi)、长江华溪蟹指名亚种(S.yangtsekiense yangtsekiense)、凹肢华溪蟹(S.depressum)及福建华溪蟹(S.fukienense),但尖叶华溪蟹(S.acutum)与长安华溪蟹(S.changanense)、陕西华溪蟹(S.shensiense)与长江华溪蟹桐柏亚种(S.yangtsekiense tongbaiense)及陕县亚种(S.yangtsekiense shanxianense)均因遗传距离过小而无法鉴别;NJ树显示长安华溪蟹(S.changanense)、尖叶华溪蟹(S.acutum)基本依据在秦岭两侧分布而分为两支,提示山脉对于华溪蟹分布起一定阻隔作用。     

几种饵料微藻基因组DNA的提取及其特异性引物的设计

用改良CTAB法提取我国沿海东南部滩涂贝类常见的4种饵料微藻的基因组DNA,结果发现提取的DNA产率高、完整性好,认为是一种简便而高效的微藻基因组DNA提取方法.对其18S rRNA 基因(18S rDNA)进行克隆与测序,并利用序列比对软件 MEGA 5.0对各微藻的18S rDNA序列进行两两比对,设计出了能够用于快速区分此4对饵料微藻的特异性PCR引物(Cha.F/Cha.R、Iso.F/Iso.R、Pla.F/Pla.R及Nan.F/Nan.R). PCR扩增验证实验结果显示,4对引物均具有很强的特异性,无交叉扩增现象.扩增片段大小范围为100~200 bp,满足实时荧光定量PCR的实验要求,在检测滩涂贝类对此4种饵料微藻的摄食选择性研究方面具有重要意义.     

38株紫色土硅酸盐细菌的遗传多样性和分类地位

利用BOX-PCR指纹图谱、结合16S rRNA全序列分析对分离自四川和重庆紫色土的38株硅酸盐细菌和2株参比菌株的遗传多样性和分类地位进行了研究.BOX-PCR指纹分析结果表明,尽管都是分离自紫色土的硅酸盐细菌,但是其遗传多样性明显,分别在54%相似性水平上分为4遗传群,约50%的供试菌株与胶胨样芽孢杆菌Bacillus mucilaginosus VKPM 7519T聚在一群.对代表菌株K28和K38的16S rRNA全序列分析表明,K28与B.muculaginosus 180D的16S rRNA全序列相似性为95.9%,而K38则与蜡质芽孢杆菌(Bacillus cereus) ATCC14579同源性高达99.9%,这是初次发现硅酸盐细菌在蜡质芽孢杆菌(B.cereus)中有分布.     

钝顶螺旋藻Fe-SOD基因的克隆及序列分析

参照GenBank中Fe-SOD基因序列,根据SOD的保守区域设计引物,以钝顶螺旋藻(Spirulina platensis)基因组DNA为模板,PCR扩增获得大小为528 bp的片段.序列分析表明,其与集胞藻(Synechocystis sp.PCC 6803)、念珠藻(Nostoc commune DRH1)等物种的Fe-SOD基因的同源性分别为75%、71%,且由该序列推导的氨基酸序列与集胞藻、念珠藻等种属的Fe-SOD相比,同源性为68%、67%.表明该片段为钝顶螺旋藻Fe-SOD基因的部分序列.     

鲥鱼、太湖新银鱼和大银鱼18S rRNA基因的克隆与序列分析

本文利用多对引物,扩增并测定出鲥鱼、太湖新银鱼和大银鱼18S rRNA基因部分序列,其长度均为1206bp,其中太湖新银鱼与大银鱼基因序列完全相同.将3种经济鱼类与GenBank中10种脊椎动物及头索动物文昌鱼的18S rRNA基因同源序列进行比对分析,计算出序列碱基组成、序列间差异百分比和转换/颠换数值.基于18S rRNA基因序列,利用NJ法、ML法和BI法3种聚类方法,以文昌鱼为外群,构建13种脊椎动物的分子系统树,3种方法获得拓扑学结构一致的系统树.系统树包括3大支,一支为哺乳类、鸟类和爬行类共6个物种,一支为两栖类的2个物种,另一支为5种硬骨鱼类.结果表明:鸟类与哺乳类亲缘关系较近,而胡瓜鱼目与鲑形目亲缘关系近于鲱形目.此外,本文还讨论了脊椎动物18S rRNA基因的序列特征.     

用PCR技术检测生物硝化池污水中硝化细菌(Nitrobacteria)的研究

从生物硝化池污水水样中分离了硝化细菌ＤＮＡ,以其为模板,针对其１６ＳｒＲＮＡ基因及２３ＳｒＲＮＡ基因而设计合成了两对引物并分别进行了ＰＣＲ扩增,扩增产物的２％琼脂糖凝胶电泳结果显示,硝化细菌ＤＮＡ模板得到了特异性扩增．参照分子量标准（Ｍａｒｋｅｒ）的电泳结果,被扩增的ＤＮＡ条带大小分别约为４００ｂｐ和７３０ｂｐ．实验结果表明ＰＣＲ技术可用于污水中硝化细菌的快速检测     

一株新属紫色非硫光合细菌的初步鉴定

利用特异性培养基对采自宁波象山地区养殖虾池底泥样品进行富集、分离和纯化，得到了一株紫色非硫细菌（PNSB），依据形态特征观察、无机碳源利用、活细胞吸收光谱测定、pufM基因检测及16SrRNA基因序列分析等实验，初步鉴定其为comamonadaceae科中一新属．     

用PCR技术检测生物硝化池污水中硝化细菌(Nitrobacteria)的研究

从生物硝化池污水水样中分离了硝化细菌DNA,以其为模板,针对其16Sr RNA基因及23Sr RNA基因而设计合成了两对引物并分别进行了PCR扩增,扩增产物的2%琼脂糖凝胶电泳结果显示,硝化细菌DNA模板得到了特异性扩增．参照分子量标准（Marker）的电泳结果,被扩增的DNA条带大小分别约为400bp和730bp．实验结果表明PCR 技术可用于污水中硝化细菌的快速检测．     

太平洋多金属结核区深海沉积物细菌多样性分析

从太平洋多金属结核区东区两个站点沉积物中直接提取环境总基因组,通过PCR及TA克隆分别构建了16S rRNA基因文库．经序列分析结果表明,2个文库共93个克隆分属13个类群,包括α变形菌纲、β变形菌纲、γ变形菌纲、δ变形菌纲、浮霉菌门、酸杆菌门、噬纤维菌-黄杆菌-拟杆菌群、硝化螺旋菌门、放线菌门、绿弯菌门、厚壁菌门、异常球菌-栖热菌门和OP11类群．其中,γ变形菌纲的细菌在2个站点沉积物中都是优势种群,变形菌纲、浮霉菌门、放线菌门、噬纤维菌-黄杆菌-拟杆菌群、硝化螺旋菌门是2个站点共有的细菌类群．DOTUR和LIBSHUFF数据分析结果表明,两个站点的沉积物均具有丰富的细菌多样性,并且物种组成具有显著性差异．     

虾肝肠胞虫感染病理特征、18S rRNA基因序列及系统进化树分析

为调查浙江省部分地区虾肝肠胞虫(Enterocytozoon hepatopenaei,EHP)暴发来源及与其他宿主来源的微孢子虫进化关系,本研究利用形态学特征和分子鉴定,尝试对引起浙江多地凡纳对虾生长缓慢综合征的病原进行探究.同时基于18S rRNA基因序列分析该病原与其他地区及其他宿主来源微孢子虫的进化关系.结果显...     

一株氨氧化菌的分离鉴定及其活性影响因子分析

从浙江舟山南美白对虾养殖池塘底泥样品中筛选到一株具有氨氧化功能的细菌,命名为AOB-1.菌株AOB-1好氧,革兰氏阴性,球状至短杆状;菌落呈淡黄色、干燥、针尖状.16S rDNA序列分析表明,该菌株与Nitrosomonas eutropha C91T的相似性为100%.氨氧化的关键酶--氨单加氧酶的基因（amoA）序列比对表明,该菌株与N.eutropha C91T的相似性为98%.在30℃,100r·min-1时,25～200mL培养基装量范围内装液量越少氨氧化率越高,最适pH值为8.氨氮浓度在1～200mg·L-1范围内,氨氧化速率随氨浓度的升高而加快;在200～1200mg·L-1范围内,氨氧化速率基本保持不变;但当氨氮浓度高达2000mg·L-1时,氨氧化活性受到明显抑制.菌株AOB-1不仅对养殖水体,而且对高浓度氨氮废水的处理也具有潜在的应用价值.