丝组二肽对DNA切割作用的QM-MM研究

运用QM-MM方法对丝组二肽切割DNA作用的机理进行了研究．通过计算得到了丝组二肽与DNA形成多氢键作用的有效分子识别模型及相关分子结构参数,从理论上解释了丝组二肽与DNA通过形成五配位磷中间体而使磷酸二酯键发生水解,从而使得DNA被切断的作用机理。     

结合丝组二肽的树状多肽对λDNA的切割

以Fmoc手工固相合成法合成了以多聚赖氨酸为骨架, 表面结合丝组二肽的四分支和二分支树状多肽, 以高效液相色谱提纯, 电喷雾电离质谱表征, 并通过凝胶电泳法研究了其对λDNA的切割活性.     

丝组二肽所含基团在其切割DNA反应中的作用

近 2 0年来 ,人工核酸切割试剂的研究一直是化学、生物化学和分子生物学中最为活跃的前沿领域之一[1,2 ] .人工核酸切割试剂可以在足迹技术和核酸高级结构的研究中用作高分辨率的化学探针 ,还可以用于合成定点切割试剂[3] .后者又被称为人工工具酶 ,是一种非常重要的分子生物学工具 ,在疾病的基因治疗、反义 PCR技术等领域中都具有重要的应用 .人工核酸切割试剂的切割机理主要有自由基机理和磷酸酯水解机理两大类 .相对于自由基机理 ,水解机理具有许多优点 ,使得水解型切割试剂具有更为广泛的应用 .对于 DNA,目前文献报道的水解型人工切…     

丝组二肽对牛血清白蛋白的切割作用研究

肽与蛋白质的切割作为生物化学中的热点之一 ,具有非常广泛的应用 .长期以来 ,天然存在的多种蛋白酶如胰蛋白酶 (Trypsin)、糜蛋白酶 (Chymotrypsin)由于其高活性及区域选择性 ,一直是蛋白切割的主要工具 .但是这些酶只能在某些特定的条件 (如 p H值和温度等 )下使用 ,而且由于蛋白酶对底物的特异性要求高 ,因而切割蛋白的断裂位点相对较少 ,有一定的局限性 .而现代生物化学及分子生物学的发展在蛋白切割方面提出了越来越多的要求 [1,2 ] ,如蛋白部分合成 ,大蛋白的序列测定 ,蛋白区域结构与功能的分析 ,蛋白与其它蛋白、核酸、膜形成复合…     

从磷酰化氨基酸到丝组二肽

Phosphorus is one of the important elements for life, which participates in various biochemical processes. L-Amino acids are the basic structural units of proteins. N-phosphorylation of amino acids makes them be activated and become one kind of "micro activating enzyme", which possesses a variety of biochemical reaction activities, such as peptide formation. Based on the peptide formation reaction of N-phosphoryl amino acids, L-seryl-L-histidine dipeptide (Seryl-histidine dipeptide) is produced and found that it is the smallest functional peptide with a variety of biological enzyme activities. Seryl-histidine dipeptide could be regarded as the original evolution prototype of modern hydrolytic enzyme. This paper reviews the research process from N-phosphoryl amino acids to the discovery of seryl-histidine dipeptide in detail. There are pain, confusion and joy, which fully embodies the charm of scientific exploration.     

丝组二肽——现代蛋白酶分子进化过程中的原始雏形

系统阐述了我们实验室近十五年来对丝组二肽的生物活性的研究.丝组二肽是目前报道的具有多种切割活性的最小活性肽,它不仅能够切割DNA,而且可以切割蛋白质及羧酸酯.丝组二肽是迷你的磷酸酯酶和蛋白水解酶,是现代蛋白酶分子进化过程中的原始雏形.     

具有DNA切割功能的新型多聚酰胺/丝组缀合物

为得到具有核酸切割功能的人工核酸酶, 设计合成了一种新型多聚酰胺/丝组缀合物, 并研究了其DNA切割活性. 合成的目标化合物在pH=6.0的BR缓冲溶液中对pBR322 DNA切割活性的初步实验结果表明, 于37 ℃保温6 h后, pBR322 DNA基本上被完全从Form Ⅰ切割为Form Ⅱ, 保温36 h后, pBR322 DNA几乎被切割完全.     

一对具有DNA切割功能的新型酰胺对映体

设计合成一对新型的丝氨酸-组胺酰胺对映体化合物L-Ser-Hism和D-Ser-Hism,发现它们具有明显的DNA切割活性,切割反应的最佳pH范围为6.0～6.5.L-Ser-Hism的切割活性比D-Ser-Hism的强.与丝组二肽相比,这对酰胺对映体未显示出明显的切割蛋白活性,表明其对DNA的优先切割功能.     

荧光探针法研究色氨酸二肽与DNA的相互作用

以溴化乙锭(EB)为荧光探针,对色氨酸二肽(Trp-Trp)与小牛胸腺DNA的作用机制进行了研究,考查了酸度、离子强度及磷酸根离子对Trp-rrp与DNA相互作用的影响;结果表明,在ph 7.2的模拟体液条件下,Tro-Trp可与DNA发生相互作用;向DNA-EB体系中加入Trp-Trp时荧光逐渐减弱,这说明Trp-Trp 能与DNA发生作用.通过ScatehaId方程进一步分析发现,Trp-Trp对DNA-EB的影响表现为混合模式:一方面,Trp-Trp能中和DNA上的磷氧负离子,导致DNA链收缩,从而影响DNA的构象,使嵌入的EB从DNA中部分游离出来,荧光减弱;另一方面,Trp-Trp与EB也存在静电位点竞争.     

DNA cleavage promoted by diethylenetriaminepentaacetic acid （DTPA） derivatives

DTPA and its two derivatives were synthesized and used as catalysts in DNA cleavage.Under physiological conditions,a series of experiments have been done.The effects of DNA cleavage with three ligands were studied under different concentrations, cleavage time,and pH values.The results strongly suggested that the plasmid DNA(pUC 19) can be cleaved efficiently by CITC-DTPA. For the cleavage reaction catalyzed by CITC-DTPA,FormⅠDNA could convert to FormⅡmostly,and the DNA-cleavage mechanism involved an oxid...     

光谱法和电化学法研究甲硫氨酸二肽与DNA的相互作用

利用紫外-可见光谱、荧光探针、循环伏安等方法研究了甲硫氨酸二肽(Met-Met)与DNA的相互作用.结果发现:加入甲硫氨酸二肽后,DNA-Met-Met体系的紫外光谱呈减色效应,同时甲硫氨酸二肽的加入使得EB-DNA荧光强度减弱;循环伏安法表明,DNA的加入使得甲硫氨酸二肽的峰电流减小,峰位负移;Stern-Volmer方程说明二肽对DNA-EB的作用属于静态猝灭.这几种方法的实验结果都表明两者的作用模式为静电结合,多种计算方法得到两者作用的结合常数达到103 L/mol.     

脯氨酸二肽催化的不对称直接Aldol反应

以(S)-脯氨酸和(R)-脯氨酸为原料合成了二肽H-(S)-Pro-(S)-Pro-OH(1)和H-(S)-Pro(-R)-Pro-OH(2),分别以两种二肽催化了不对称直接A ldol反应,获得了相同立体构型(S)的产物,与(S)-脯氨酸催化所得的产物构型(R)相反.该催化剂的立体选择性不高(ee<21%).理论计算的结果与实验结果吻合.     

Hydrolysis of Dipeptide Heptyl Esters with Newlase F

Peptides conjugates, such as lipo-, glyco-, phospho- and nucleopeptides1, are of great importance in the research of signal transmission2, protein phosphorylation/ dephosphorylation, antibody, and so on. However, the synthesis of these compounds is severely complicated by their pronounced acid and base lability as well as their multifunctionality. Under basic or acidic conditions, (-elimination reactions, anomerization, hydrolysis or rupture of these compounds may occur. The traditional peptid…