金缕梅亚科ITS序列分析及其系统发育初探

对金缕梅亚科部分植物的细胞核核糖体ＤＮＡＩＴＳ区（含５８Ｓ）序列进行分析,并构建分子系统树．结果表明：金缕梅亚科是单系类群;金缕梅族为多系类群,木属是本研究中金缕梅亚科内分化最早的一支,而金缕梅属与弗特吉族关系密切;蚊母树族、狭义的弗特吉族均不形成单系分支,支持蚊母树族与弗特吉族合并;秀柱花属是牛鼻栓属的姐妹群,支持将牛鼻栓属并入秀柱花族     

西藏虫草属真菌生物学特性研究及其无性型rRNA基因ITS间隔区系统发育分析

研究从新鲜冬虫夏草分离得到的菌株的形态学特征,并验证其对蝙蝠蛾幼虫的侵染能力。对菌株分化的两个亚型菌株进行了生物学特性研究,并对rRNA基因ITS片段进行了系统发育分析。结果表明：①菌株在18±4℃条件下培养两周后,产生乳白色突起,里面有淡黄色孢子,这种情况下的菌体在侵染蝙蝠蛾幼虫后,20天后长出了子实体;②菌株进一步分化成无性型的两个亚型菌株CC-1和CC-3,这两株菌在表观上差异不明显,但是其分生孢子形态上有显著差异。菌株CC-1的分生孢子为线型孢子,而CC-3的分生孢子却为镰刀型孢子,两菌株均存在有性生殖和无性生殖两种生殖方式;③对无性型两菌株CC-1和CC-3的rRNA基因ITS片段的系统发育分析表明,两株菌均与冬虫夏草非常相似。     

核糖体DNA ITS区应用于虫草属无性型鉴定的初步研究

虫草无性型鉴定是困扰学术界的一个难题．本文检索了互联网上报道的虫草及可能的无性型序列，应用相关软件构建进化树，研究了它们的同源性．从总体上看，核糖体DNA ITS区序列研究与传统经典分类学相互印证进行虫草无性型鉴定是完全可行和必要的．     

不同地区大果沙枣nrDNA ITS比较及系统发育分析

对从GenBank搜取的12条大果沙枣nrDNA ITS序列变异进行了比较分析,发现大果沙枣的ITS长度在663～666bp之间,12条大果沙枣ITS序列共有23个变异位点,其中ITS1、ITS2变异位点多,分布为10个和11个,5.8S片段最为保守仅有2个突变位点.ITS全长及ITS1、5.8S、ITS2的GC含量都高于AT含量.分别采用邻接法（Neighbor-Joining）和最大简约法（Mini-mum Evolution）构建的ITS全长系统发育树显示,相同地区的大果沙枣并没有完全聚在一起,新疆和甘肃地区的聚类在一起,额济纳和外蒙古的相似性低,宁夏中卫大果沙枣位于系统树的基部,是最先分化的个体.     

新疆羊肚菌rDNA的ITS序列分析

根据生境和形态学特征与大型真菌图鉴对照,从形体上挑选了4个羊肚菌子实体（其中3个来自哈密巴里坤,1个来自乌鲁木齐南山）,同时从四川绵阳某研究所购得一株高羊肚菌菌种做为实验阳性对照,为了确定收集的羊肚菌分类学地位,采用PCR技术,以rDNA—ITS为分子指标,对子实体和菌丝进行了ITS序列测定与分析,结合系统进化树确定品种归属。     

不同年份窖泥细菌16S rDNA系统发育分析

本研究直接提取5、10、20、50年窖泥细菌总DNA,扩增16SrDNA并构建克隆文库后进行系统发育分析.结果表明,随着年份增加,细菌多样性指数呈现出先增加后略有下降最后回升稳定的趋势;198个阳性克隆子划分成43个分类操作单位(OTUs),按优势顺序依次为Firmicutes、Bacteroidetes、Chloroflexi、unclassified Bacteria、Proteobacteria、Tenericutes、Actinobacteria、Planctomycetes和Spirochaetes.不同年份窖泥中优势菌不同,在5、50年窖泥中紫单胞菌科占优势,而在10、20年窖泥中梭菌目占优势.其中Petrimonas、Rikenellaceae、Syntrophomonadaceae、Clostridium、Lactobacillus等细菌均有发现,它们在窖泥老熟和白酒风味物质生成过程中发挥着重要作用.     

罹病甜菜夜蛾分离菌株的生理特征及16S rDNA系统发育分析

从自然罹病死亡的甜菜夜蛾虫体中分离出甜菜夜蛾致病菌QL—1,对其30项生理特征分析结果表明,QL—1菌株与肠杆菌科(Enterobacteriaceae),沙雷氏菌属(Serratia)中的粘质沙雷氏菌(Serratia marcescens)的生理特征相符合．进一步用PCR扩增出QL—1的16S rDNA基因片段,测定其序列并进行系统发育分析,结果也表明,该菌株与Serratia marcescens处于同一进化树分支中,相似性达99．2％以上．     

重庆荣昌犬钩虫ITS及5.8SrDNA的克隆及序列分析

利用聚合酶链式反应(PCR)扩增犬钩虫rDNA的ITS及5.8S序列,然后将PCR扩增产物回收纯化后连接 到pMDTM19-T载体上进行克隆.重组质粒通过菌落PCR鉴定,将阳性重组质粒进行序列测定并且进行序列分析. 结果显示,5株犬钩虫荣昌分离株ITS序列的总长为833bp~834bp.ITS-1序列总长无差异,但存在个别碱基的 差异;5.8S序列总长与序列均无差异;ITS-2序列总长存在差异(221bp~222bp).通过与GeneBank上报道的其 他钩虫的ITS序列进行相似性分析,发现犬钩虫荣昌分离株(RCF)与犬钩虫广州分离株相似性最高,为99.9%, 与美国北海狮弯口属钩口线虫ITS序列的相似性最低,为86.1%.表明ITS可作为分子标记用于犬钩虫种属以及 种间的鉴定.该研究结果旨在为今后犬钩虫的分类鉴定、种群遗传关系、分子流行病学调查以及对该病的防治等方 面的更深入研究奠定基础.     

5株枣果实采后病原真菌分离鉴定及rDNA ITS区序列分析

枣果实皮薄肉厚、细嫩多汁,不仅在采后运输中易损坏,也极易受微生物侵染而腐烂变质。对造成枣果实采后腐烂变质的病原真菌进行分离筛选,结合形态学观察、真菌rDNA内转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)的序列分析构建进化树,同时进行菌株的回接及病斑病症的验证,最终从采后贮藏过程中自然发病的冬枣和骏枣果实上分别分离到3株(221^# 、227^# 、232^# )和2株(229^# 和230^# )丝状病原真菌。经形态学初步鉴定菌株221^# 和227^# 为镰孢菌,229^# 和232^# 为葡柄霉,230^# 为短柄霉属真菌,通过rDNA ITS区序列分析,鉴定221^# 为木贼镰孢菌(Fusarium equiseti),227^# 为变红镰孢菌(Fusarium incarnatum),229^# 为番茄匍柄霉(Stemphylium lycopersici),230^# 为产酶短梗霉(Aureobasidium proteae),232^# 为葡柄霉(Stemphylium armeriae)。目前这5种病原真菌均未发现可导致枣果实采后病害发生的报道,其中Stemphylium armeriae未见引起植物病害的报道。通过挖掘出更多的引起枣果实病害的病原真菌种类,希望为枣果实病害生物防治措施的研究提供参考依据。     

3株果实采后葡萄孢属真菌ITS区rDNA序列与碳源代谢指纹图谱分析

从采后贮藏过程中发病的草莓、蓝莓和樱桃果实中分离到3株丝状真菌138#、233#和366#。综合形态学特征观察与ITS区rDNA序列分析结果,可确定3株真菌均为葡萄孢属病原菌(Botrytis)。分子鉴定进化树和碳源代谢聚类分析结果,都得到菌株138#与366#在一个大的分支上,而菌株233#在一个分支上。菌株138#鉴定结果与Botrytis cinerea (KJ937044.1)在同一分支上亲缘性达100%,且与366#亲缘性达99%;菌株233#鉴定结果与Botrytis elliptica(EU519207.1) 在同一分支上且亲缘性达100%。95种碳源代谢指纹图谱分析的结果表明,3株葡萄孢属病原菌对吐温80、N-乙酰-D-半乳糖胺、N-乙酰-D-葡萄糖胺和苦杏仁苷等67种碳源的代谢能力相同,包括56种最适碳源、1种可利用碳源和10种不可利用碳源,Biolog系统中鉴定出3株丝状真菌均与B. cinerea Pers.BGA相近,其中菌株233#与B. cinerea的代谢指纹图谱最为相近。     

冬虫夏草与虫草菌丝有效成分分析比较

对冬虫夏草及其无性型（ＴｏｌｙｐｏｃｌａｄｉｕｍｓｉｎｅｎｓｅＣ．Ｌ．Ｌｉ．）的虫草多糖。红外光谱、甘露糖、氨基酸、微量元素等作了分析和比较。发现二者成分比较近似,通过急性毒性实验Ａｍｅｓ实验,微核实验表明虫草菌丝安全无毒。     

冬虫夏草无性型的分子鉴别

采用分子生物学手段,以ｒＤＮＡＩＴＳ区为分子指标,对冬虫夏草Ｃｏｒｄｙｃｅｐｓｓｉｎｅｎｓｉｓ的有性和无性阶段进行比较分析,从分子水平证明冬虫夏草的无性阶段是中国被子毛孢Ｈｉｒｓｕｔｅｌａｓｉｎｅｎｓｉｓ．     

基于18S rDNA的全变态类昆虫系统发育分析

 为了揭示全变态类昆虫的系统发育关系,选择准新翅群3目3种昆虫作为外群,基于18S rDNA序列对全变态类11个目21科21种昆虫的系统发育关系进行研究。通过对18S rDNA序列进行多重序列比对,用似然比检验进行碱基替代模型的选择,分别利用ML法和贝叶斯法构建系统发育树。结果表明,全变态类昆虫聚为3个分支：双翅目+捻翅目、鞘翅目+(广翅目+(蛇蛉目+脉翅目))和膜翅目+(蚤目+长翅目)+(鳞翅目+毛翅目)。长翅类的单系性未得到支持。     

Phylogenetic relationships of host insects of Cordyceps sinensis inferred from mitochondrial Cytochrome b sequences

This study used the sequence of the mitochondrial Cytochrome b(Cytb)to estimate phylogenetic relationships among host Hepialidae insects of Cordyceps sinensis.Genome DNA of host insect was extracted from the dead larva head part of 18 cordyceps populations and 2 species of Hepialus,and the Cytb fragment of host insect was amplified with PCR technique.The nucleotide sequence alignments and their homologous sequences of 24 species host Hepialidae insects of Cordyceps sinensis were obtained from GenBank and were used to construct phylogenetic trees based on neighbor-joining method.The results showed that genus Bipectilus diverged earlier than genus Hepialus and Hepialiscus.Hepialus host insects of Cordyceps sinensis have multitudinous species with different morphological characteristics and geographical distributions.The interspecific genetic differentiations are obvious in Hepialus.Thus,the genus Hepialus might be considered as polyphyletic origin.Cytb sequences have abundant variations among the host insects of Cordyceps sinensis on spe- cific and generic level.The divergence rate of Cytb sequences among the species in Hepialus ranged from 0.23% to 9.24%,except that Hepialus pratensis and Hepialus jinshaensis have the same sequence.Cytb sequence can be used for species identification of host insects of Cordyceps sinensis,but further confirmation in more host insect species is needed.To obtain the Cytb sequence of host insect by ampli- fying DNA extracted from the head part of dead larva in cordyceps turns out to be an effective and accurate approach,which will be useful for studies on phylogeny and genetic structure of host insects of cordyceps populations,especially for analyzing relationships between C. sinensis and its host insects.     

Phylogenetic relationships of host insects of Cordyceps sinensis inferred from mitochondrial Cytochrome b sequences

This study used the sequence of the mitochondrial Cytochrome b (Cytb) to estimate phylogenetic relationships among host Hepialidae insects of Cordyceps sinensis. Genome DNA of host insect was extracted from the dead larva head part of 18 cordyceps populations and 2 species of Hepialus, and the Cytb fragment of host insect was amplified with PCR technique. The nucleotide sequence alignments and their homologous sequences of 24 species host Hepialidae insects of Cordyceps sinensis were obtained from GenBank and were used to construct phylogenetic trees based on neighbor-joining method. The results showed that genus Bipectilus diverged earlier than genus Hepialus and Hepialiscus. Hepialus host insects of Cordyceps sinensis have multitudinous species with different morphological characteristics and geographical distributions. The interspecific genetic differentiations are obvious in Hepialus. Thus, the genus Hepialus might be considered as polyphyletic origin. Cytb sequences have abundant variations among the host insects of Cordyceps sinensis on specific and generic level. The divergence rate of Cytb sequences among the species in Hepialus ranged from 0.23% to 9.24%, except that Hepialus pratensis and Hepialus jinshaensis have the same sequence. Cytb sequence can be used for species identification of host insects of Cordyceps sinensis, but further confirmation in more host insect species is needed. To obtain the Cytb sequence of host insect by amplifying DNA extracted from the head part of dead larva in cordyceps turns out to be an effective and accurate approach, which will be useful for studies on phylogeny and genetic structure of host insects of cordyceps populations, especially for analyzing relationships between C. sinensis and its host insects.     

鹿角菜18S rDNA序列分析及其系统发生分析

通过制备鹿角菜DNA,PCR扩增得到鹿角菜18S rDNA序列.测序拼接后全长1733 bp,碱基A、T、C、G含量分别为25.45%、26.72%、26.72%、21.12%,序列已提交Gene Bank登录号为GQ433994.该序列与NCBI数据库中其他褐藻18S rDNA序列比对后,得到可变碱基位点184个,简约信息位点161个,单碱基变化位点23个.转换碱基值Si为44,颠换碱基值Sv为30,转换颠换比值R约为1.5.NJ法构建的系统发生树显示18S rDNA在褐藻门中具有保守性,可用于辅助传统分类.PLACE数据库预测发现在鹿角菜18S rDNA保守区有多个与水分胁迫、光诱导、Ca2+信号传导等相关转录元件,这表明18S rDNA可能参与细胞重要调控途径.     

富硒虫草菌丝体的发酵培养及其生物学功能研究

采用菌种Cordyceps Sinensis进行液体发酵,在发酵培养基中添加微量Na2SeO3,虫草菌丝体收得率达2.52%,其中硒含量达7.90 mg/kg;经动物试验结果证明发酵法生产的富硒虫草菌丝体安全无毒,并具有延缓衰老之功能;其他生物功能比较研究结果表明,发酵生产的富硒虫草菌丝体在耐缺氧、抗疲劳等功能方面均优于天然虫草,因此完全可以替代天然野生虫草应用.     

中华拟德氏吸虫分子系统发生初步研究

对中华拟德氏吸虫核糖体基因进行扩增、克隆和测定,研究其系统发生.测得ITS-2 rDNA和18SrDNA部分序列分别为537 bp和1 819 bp,GenBank上登录号分别为EU082007、EU081899.序列分析表明:中华拟德氏吸虫与寄生于琥珀鱼的5种拟德氏吸虫ITS-2 rDNA序列相似性很低,为49.0%~54.2%,可初步判断中华拟德氏吸虫是拟德氏属的一个独立种;基于18S rDNA序列分别与海水未定名血居吸虫(AY157184)、淡水血居吸虫Plethorchis acanthus(AY222096)的亲缘最近,同源性高达99.4%和95.1%;与旋睾科吸虫Unicaecum sp.(AY604719)及5种裂体吸虫的同源性则分别为92.7%和91.5%~92.5%.可见血居科与旋睾科和裂体科吸虫的亲缘关系密切.     

冬虫夏草菌丝体液体培养基的优化

采用正交分析方法对冬虫夏草菌丝体的液体培养基配方进行了优化,结果表明,冬虫夏草生长最适液体培养基配方为：葡萄糖1．25％,蔗糖1．25％,蛋白胨0．02％,酵母粉0．0625％,KH2PO4 0．025％,MgSO4·7H2O 0．0125％,VB10．0025％,pH自然;培养温度24℃,周期192h,其菌丝体生物量产率为19．5g／L,是前人菌丝体生物量产率的1．2～1．5倍．