中国东海及南海近海4采样点海水可培养细菌的多样性研究

采用不同的培养方法从中国东海和南海近海海水样品中分离得到105株细菌,探讨了不同海区可培养细菌的物种多样性和群落组成特点.16SrDNA序列分析结果表明,东海分离菌株分属于2个细菌门的14个种,南海分离菌株分属于3个细菌门的19个种.其中,东海分离菌株中α-变形菌占33.3%,γ-变形菌占57.2%,厚壁菌门细菌占9.5%.南海分离菌株中α-变形菌占41.9%,γ-变形菌占35.5%,拟杆菌门细菌占17.7%,厚壁菌门细菌占4.8%.东海和南海样品的分离菌株在种属水平上的多样性差异明显,后者的多样性指数高于前者.     

太平洋多金属结核区深海沉积物细菌多样性分析

从太平洋多金属结核区东区两个站点沉积物中直接提取环境总基因组,通过PCR及TA克隆分别构建了16S rRNA基因文库．经序列分析结果表明,2个文库共93个克隆分属13个类群,包括α变形菌纲、β变形菌纲、γ变形菌纲、δ变形菌纲、浮霉菌门、酸杆菌门、噬纤维菌-黄杆菌-拟杆菌群、硝化螺旋菌门、放线菌门、绿弯菌门、厚壁菌门、异常球菌-栖热菌门和OP11类群．其中,γ变形菌纲的细菌在2个站点沉积物中都是优势种群,变形菌纲、浮霉菌门、放线菌门、噬纤维菌-黄杆菌-拟杆菌群、硝化螺旋菌门是2个站点共有的细菌类群．DOTUR和LIBSHUFF数据分析结果表明,两个站点的沉积物均具有丰富的细菌多样性,并且物种组成具有显著性差异．     

干旱胁迫对长雄野生稻根际微生物群落结构的影响

干旱胁迫是影响水稻生产的主要障碍。本研究以6种长雄野生稻(Oryza longistaminata)为材料,采用盆栽控水模拟干旱胁迫,通过16SrDNA高通量测序技术,研究干旱胁迫对长雄野生稻根际微生物群落结构的影响。结果表明:细菌的优势门是变形菌门(Proteobacteria)、绿弯菌门(Chloroflexi)和酸杆菌门(Acidobacteria),相对丰度分别为24.3%～36.49%、11.94%～20.39%和8.9%～17.83%。古菌的优势门是泉古菌门(Crenarchaeota)和广古菌门(Euryarchaeota),相对丰度分别为0.50%～1.05%,0.17%～0.64%。与空白土壤比较,干旱胁迫后的根际土壤微生物菌群多样性未发生明显变化,但群落组成结构发生显著改变(P<0.05)。在干旱胁迫处理下,酸杆菌门(Acidobacteria)、α-变形菌(Alphaproteobacteria)、疣微菌门(Verrucomicrobia)、放线杆菌门(Actinobacteria)、TM7和泉古菌门(Crenarchaeota)的相对丰度显著升高,而δ-变形菌(Deltaproteobacteria)、硝化螺旋菌门(Nitrospirae)、OD1、绿菌门(Chlorobi)、螺旋菌门(Spirochaetes)、OP11和NC10的相对丰度显著降低。这些结果表明,长雄野生稻根际微生物能对干旱环境进行响应,发生群落结构改变达到新的平衡,保持同样高的群落结构多样性,来应对干旱环境的变化。     

新疆伊吾湖嗜盐菌bop基因多样性

为了研究新疆中部地区伊吾湖嗜盐微生物和细菌视蛋白基因（bop）资源，分离纯化了95株嗜盐和耐盐菌．并从中挑选了10株红色的菌株，采用PCR和TA克隆的方法，扩增出bop基因螺旋C到螺旋G的核心序列，测定了基因的核苷酸序列．基于bop基因序列的同源性比较和系统发育学分析，发现9个序列分布在同一分支下，表明伊吾湖嗜盐菌bop基因具有一定的多样性和明显的自身地域性．     

不同土层土壤细菌的遗传多样性及其与环境因子的相关性

利用RAPD技术分析了浙江省天台山次生灌丛群落不同土层（G1层土深0～5cm、G2层土深5～10cm。G3层土深10～15cm）土壤细菌的遗传多样性及遗传分化．结果显示11种随机引物在27个土壤样品中共检测到168个可重复的位点，G1和G2土层的多态位点百分率均为88．10％，G3土层的多态位点百分率为87．50％，总的多态位点百分率达100％．Shannon信息指数和Nei基因多样性指数估算的不同土层的遗传多样性的高低顺序均为G1〉G2〉G3．不同土层细菌的遗传多样性与可培养细菌数量呈极显著的正相关，与土壤pH值呈显著性正相关，与其它土壤因子的相关性不大．Shannon信息指数与Nei基因多样性指数估算的结果都说明不同土层细菌群落大部分的变异存在于土层内，土层间的遗传分化很低．Nei指数估算的土层问的基因分化系数（Gst）为0．0701，不同土层间具有很高的基因流（Nm=6．63）．AMOVA分子变异分析显示在总的遗传变异中，3．90％的变异发生在土层间。96.10％的变异发生于土层内，土层问的遗传分化不显著（Φst=0．039，P〈0．001）．从土层间的遗传相似度来看，G1与G2两土层的遗传相似度最高．根据土壤细菌不同土层群落间的遗传距离，采用uPGMA法进行聚类，G1土层与G2土层先聚在一起，再与G3土层聚在一起．     

基于高通量测序的鄱阳湖浮游细菌多样性分析——以康山、梅溪、星子、南矶乡和吴城为例

湖泊生态系统在区域和全球生物化学循环中起着至关重要的作用。细菌是生物地球化学循环的主要贡献者,参与淡水中大部分有机物质的分解,对维持生物多样性和湖泊生态系统的稳定性也十分重要。鄱阳湖是中国最大的淡水湖,为了解鄱阳湖浮游细菌群落的多样性,我们以2014年6至9月期间,在鄱阳湖周围5个地方:康山、梅溪、星子、南矶乡和吴城采集水样,提取了浮游细菌的DNA,采用16SrRNA基因高通量测序的方法,然后使用Illumina MiSeq系统对其进行测序。以97%的一致性将序列聚类成为OTUs(Operational Taxonomic Units),总共分配得到22884OTUs。我们结合GreenGene数据库对OTUs进行物种注释,在门的水平上我们获得排名前10的菌门分别为变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、绿菌门(Chlorobi)、浮霉菌门(Planctomycetes)、疣微菌门(Verrucomicrobia)、蓝细菌门(Cyanobacteria)、酸杆菌门(Acidobacteria)、蓝菌门(Thermi)、绿弯菌门(Chloroflexi)。绿弯菌门和绿菌门一般存在于湖泊底泥的生境中,目前它们已经在湖泊细菌群落中占据一定的优势了。在相对丰度前10的菌门中存在三种光合自养菌门,分别是绿弯菌门,绿菌门和蓝菌门。同时我们对数据的进一步处理还获得相对丰度10前的菌属它们分别为浮霉菌属(Planctomycs)、黄杆菌属(Flavobacterium)、原绿球藻菌属(Prochlorococcus)、新鞘脂菌属(Novosphingobium)、Hydrocarboniphaga属、气氨微菌属(Aeromicrobium)、红长命菌属(Rubrivivax)、多核菌属(Polynucleobacter)、假单胞菌属(Pseudomonas)、草酸杆菌属(Oxalobacter)。意料之外的是原绿球藻菌属,它一般处于海洋生境中,在淡水湖泊中很少被发现。另外还注意到新鞘脂菌属和Hydrocarboniphaga属,也被发现在前10的菌属中,这表明鄱阳湖也许面临着烃类污染的威胁。这些结果对进一步了解鄱阳湖水生生态环境具有非常重要的意义。     

16S rDNA基因文库技术分析发酵床细菌群落的多样性

细菌群落在养殖发酵床中担负着重要的调节与废物发酵转化作用.直接从不同发酵床层次样品中提取细菌总DNA,构建发酵床不同层次垫料的细菌基因克隆文库.试验表明,发酵床表层45株细菌中未培养微生物占39.5%,剩余细菌分属13个不同种,优势菌不明显;中层发酵床垫料45株细菌中未培养微生物占15.5%,剩余细菌分属10个不同种,优势细菌为Rhodanobacter sp.和Frateuria sp.;深层发酵床垫料中检测到的44株细菌不含未培养微生物,该层细菌主要有14个不同的种,优势细菌为Rhodanobacter sp.占47.7%,其余种属相对较少且数量平均,表明发酵床垫料细菌呈明显的多样性.     

鄱阳湖南矶湿地碟形湖泊大型底栖动物季节动态

碟形湖作为鄱阳湖的子湖,孕育了丰富的大型底栖动物生物多样性,而关于鄱阳湖碟形湖泊大型底栖动物的研究较少,于2017年1,4,7,10月对鄱阳湖3个碟形湖的大型底栖动物进行调查。共鉴定出大型底栖动物3门17科31种,其中软体动物最为丰富,14种,节肢动物12种,环节动物最少,5种。优势种为梨形环棱螺（Bellamya purificata）,长角涵螺（Alocinma longicornis）,曲旋沼螺（Parafossarulus anomalospiralis）,粗腹摇蚊属（Pelopia sp.）,羽摇蚊属（Chironomus sp.）及霍甫水丝蚓（Limnodrilus hoffmeisteri）。3个湖的大型底栖动物年平均密度和生物量分别为（65.78±11.73） ind·m-2和（46.29±11.83） g·m-2,其中战备湖密度最高为（92.67±29.18） ind·m-2,东湖生物量最高为（70.20±51.32） g·m-2。冬季的密度与生物量最高,夏季多样性指数最高。功能摄食类群中刮食者比例最高,撕食者比例最低,RDA分析显示总氮、叶绿素a、电导率和浊度显著影响大型底栖动物群落的空间分布。     

山东威海海藻中细菌分离和多样性分析

从我国东部沿海城市威海金海滩(北纬36°41′～37°35′,东经121°11′～122°42′)采取海藻样品.采用可培分析方法得到55株菌.基于16SrDNA序列分析,发现这55株菌共分为5个纲,14个属.其中芽孢菌纲(Bacilli),γ-变形菌纲(Gammaproteobacteria)为优势种群,分别占总数的20%和56.4%.此外还分离获得2株具有琼胶降解活性的菌株,都属于海杆菌属(Marinimicrobium).部分菌株比已报道菌株相似度低,表明海藻样品具有较好的细菌多样性,并蕴藏着巨大的微生物资源.     

浙江省桃花水母遗传多样性的RAPD分析

应用RAPD技术对浙江省杭州、宁波、温州和金华4个地区桃花水母群体的遗传多样性进行了分析,从80个随机引物中筛选出10个引物对4个群体28个个体的基因纽DNA进行扩增,共检测到230个位点,分子片段在200-2000bp之间,其中多态位点124个,占53．91％;群体间最大的遗传距离为0．6506,最小的遗传距离为0．2451,平均遗传距离为0．4825;各群体的多态位点比例俨）为27．78％-76．47％,平均杂合度（H）为0．0998-0．2977,shannon多样性指数（I）为0．1500-0．4390．整个群体的H,I和遗传分化指数（Gst）分别为0．2610、0．3931和0．2249．研究结果表明：桃花水母的遗传多样性较丰富,其中宁波象山和杭州玉泉群体遗传多样性水平低于整体水平,温州平阳和金华永康群体的遗传多样性水平高于整体水平,且群体内存在较大的遗传分化．