北美五倍子蚜mtDNA COI基因序列遗传分化

通过测定北美五倍子蚜(Melaphis rhois)3个种群共32个个体的mtDNACOI基因部分序列,分析北美倍蚜种群的遗传结构和变异。在测得的683bp COI基因序列中有75个变异位点(占所测核苷酸序列的11.0%),4种核苷酸T、C、A、G的组成分别为40.2%、15.0%、32.5%和12.3%,具有较高的A+T含量72.7%。M.rhois 32个个体的COI基因序列共产生10个单倍型,其中两个单倍型为主体单倍型,除阿肯色的一个个体与新泽西的6个个体共享一个单倍型外,其余单倍型单独或由同一种群的个体共享。AMOVA分析显示,五倍子蚜种群内核苷酸多样度低,种群间的遗传变异较高,分化显著。TCS网络图和聚类关系显示,五倍子蚜不同单倍型按地理分布形成明显的簇群,其中俄亥俄种群的单倍型单独构成一个分支,与其余两个种群关系较远;俄亥俄种群与其他两种群间的遗传距离也比较大,该种群可能属于五倍子蚜的一个亚种或新种。     

基于线粒体COI基因序列的5个黄河鲤群体遗传多样性研究

为了揭示河南省不同黄河鲤养殖群体之间的遗传差异,本研究通过线粒体COI基因对5个黄河鲤群体的遗传多样性进行了研究.5个群体中荥阳水产良种场群体的单倍型数为4,洛阳水产技术推广站群体的单倍型数为2,其它群体的单倍型数均为3;各个群体的基因多样性从0.200到0.750不等,最高的为河南省水产良种繁育场的群体;各群体的核苷酸多样性范围为0.000 63到0.002 28,最高的为荥阳水产良种场群体,最低的为洛阳市水产技术推广站群体.分子方差分析表明黄河鲤将近90%的变异来自于群体内,说明整体上群体间分化较小.结果表明,虽然各个黄河鲤群体之间的遗传分化较小,但是它们之间的遗传多样性差别较大,研究结果可以为黄河鲤的育种和增殖放流等工作提供一定的参考.     

鸡公山和桐柏山连翘遗传多样性分析

利用核基因片段,对鸡公山和桐柏山连翘野生种群20个个体进行了遗传多样性分析.核基因数据得到6个单倍型(A～F),单倍型多样,性指数为0.479±0.083,核酸多样性指数为0.001 47±0.000 37.桐柏山种群遗传多样性水平较高,为0.516±0.132,核酸多样性指数为0.00205±0.00067,鸡公山种...     

基于线粒体COI基因序列探讨长江华溪蟹的遗传分化

测定了长江华溪蟹3个亚种,包括指名亚种,桐柏亚种和陕县亚种共39个样本的线粒体细胞色素氧化酶亚基I（COI）基因部分的序列.重建的系统发生结果显示,长江华溪蟹分化成2个分支,一支代表雄性第1腹肢末节呈平直型的指名亚种支;另一支则代表雄性第1腹肢末节弯向背内方的内弯型支,包括稍向内弯的桐柏亚种和明显内弯的陕县亚种在内.在内弯型支内,桐柏亚种和陕县亚种之间的遗传距离为0.018,是两大分支间的1/10.提示长江华溪蟹COI基因的遗传分化与其雄性第1腹肢末节弯曲程度的形态分化基本一致.     

大黄鱼野生和养殖群体的COI序列变异分析

为阐明大黄鱼Larimichthys crocea野生和养殖群体的遗传变异特性，本研究采用COI基因序列对徐闻东岸野生群体(XWD)、硇洲岛野生群体(NZD)、闽粤东野生群体(MYD)、象山养殖群体(XSYZ)和宁德养殖群体(NDYZ)等5个大黄鱼群体的遗传多样性水平、单倍型分布、遗传分化、历史动态等进行比较分析。结果显示，3个野生群体的遗传多样性水平(h=0.757 6-0.877 5、π=0.002 6-0.003 1)明显高于2个养殖群体(h=0.194 7-0.495 2、π=0.000 8-0.001 0)，二者的单倍型分布频率差异明显；XSYZ与NDYZ、MYD群体间存在显著的遗传分化(F_st=0.128 5、0.086 0，P<0.05)，NDYZ与3个野生群体间具有遗传同质性(F_st=-0.010 6-0.000 2，P>0.05)。历史动态分析支持野生大黄鱼经历了晚更新世的群体数量扩张，但不支持养殖大黄鱼发生群体扩张。研究表明群体间遗传多样性的差异反映了不同进化力量在大黄鱼野生和养殖群体遗传中的作用机制。养殖实践和人工选育对东海区大黄鱼群体间的遗传分化起到了重要作用，而群体扩张、养殖逃逸、人工放流以及物种的扩散能力等因素可能促使粤西海域和东海区大黄鱼群体间具有遗传同质性。本研究揭示了粤西海域和东海区大黄鱼群体种质资源状况以及野生群体与养殖群体间的遗传特性差异，可为大黄鱼种质资源保护和利用提供科学依据。     

从COI基因序列探讨叶甲科部分昆虫的系统关系

对叶甲科21种昆虫的COI基因（长度为716bp）的序列组成和变异情况进行了分析．结果表明,21种叶甲碱基T、C、A、G的平均含量分别为39．5％、13．9％、32．1％和14．5％,A＋T含量明显高于G＋C含量,密码子第三位点A＋T平均含量高达90．4％;该序列片段中共有315个碱基发生变异,变异率达到44％;核苷酸替换主要发生在C←→T和A←→T之间,第三位点的替换频率显著高于前两个位点．以中华萝摩叶甲（Chrysocus chinensis）为外群,采用MEGA4．0软件构建系统发育树．结果显示,21种叶甲聚为2大分支,叶甲亚科的种类形成一大分支,位于系统树的基部,较其他2个亚科分化得早;跳甲亚科与萤叶甲亚科共同聚为另一分支,二者的关系较之与叶甲亚科的关系更近．系统树所反映的三亚科间的关系与传统分类结果一致．     

基于线粒体基因的杂色山雀中国大陆种群遗传多样性研究

杂色山雀(P arus varius)为东亚特有鸟类、分布呈片段化.为了深入了解杂色山雀中国大陆各地理种群遗传水平现状,分析了杂色山雀8个地方种群49个样本的线粒体Cytb基因全序列(1143bp)和部分ND5基因序列(957 bp),所测样品全长共2.1 kb.结果显示:T、C、A、G碱基的平均含量分别为21.5％、37.4％、28.9％、12.2％,A+T含量(50.4％)略高于G+C含量(49.6％);发现17个变异位点,其中单变异位点为7个,简约信息位点数为10个;检测到14个单倍型,8个地方种群共享一个单倍型(Hap-1),说明这个单倍型是个较古老的单倍型,也反映了这几个群体间的分化是不显著的.5个种群的单倍型多样性为0.822 39,核苷酸多样性为0.000 82,平均核苷酸差异数为4.663 83,总体上看,杂色山雀具有较低的单倍型多样性和核苷酸多样性.五个种群的Nm值为5.282 21～17.33645,Fst值为0.002 07～0.086 47,构建的系统发生树和TCS网络图进一步分析表明杂色山雀遗传多样性较低、基因交流非常频繁、种群间的分化不显著.中性检验显示偏离中性期望值,表明种群在进化的过程中出现过群体急速扩张事件.     

基于mtDNA COI基因序列的盐肤木种群遗传变异

基于mtDNA COI基因序列对贵州、湖北和四川的盐肤木(Rhus chinensis Mill.)种群进行遗传变异分析.研究共测得盐肤木9个种群50个个体的mtDNA COI基因长度为1.37kb的序列,在测得的序列中有3个核苷酸位点存在变异(占所测核苷酸序列的0.22%),T、C、A、G 4种核苷酸的组成分别为34.1%、21.8%、22.5%、21.6%,其中A+T含量(56.6%)高于G+C含量(43.4%).共检测到3个单倍型(HapA、HapB和HapC),HapA出现在所有种群中,是出现频率最高的单倍型,占所测序列的90%,该单倍型可能是祖先单倍型;HapB由安县的1个个体和竹山的3个个体共享,而HapC只存在于榕江的1个个体.分析表明盐肤木种群具低水平单倍型多样性(0.000 2)和核苷酸多样性(0.187 0),基于该基因序列的盐肤木种群间遗传多样性和遗传分化均较小.     

河北省黄骅市旧金山卤虫种群遗传多样性研究

旧金山卤虫（Artemia franciscana）于1991年被引入中国渤海湾地区后广泛传播。为探讨旧金山卤虫引入至河北省黄骅市后种群遗传多样性及种群遗传结构状况,本研究通过采集33个旧金山卤虫卵样品进行COⅠ基因扩增与测序,并与美国国立生物技术信息中心（NCBI）储存的两个旧金山卤虫美洲本土种群（大盐湖种群：29个样本;旧金山湾种群：37个样本）进行遗传多样性及种群遗传结构对比分析。结果表明,黄骅种群的核苷酸多样性（0.000 87）明显低于大盐湖种群（0.002 78）和旧金山湾种群（0.003 20）,黄骅种群的平均核苷酸差异数（0.523）也明显低于大盐湖种群（1.680）和旧金山湾种群（1.946）。在单倍型分析中共产生9个单倍型类型,黄骅种群的单倍型多样性为0.324,明显低于大盐湖种群（0.475）和旧金山湾种群（0.480）,且3个种群的主要单倍型类型并不相同。在3个种群的总遗传变异中,有61.04%的遗传变异来源于3个种群间的遗传变异,而仅有38.96%的遗传变异来源于各种群内个体间的遗传变异。因此本研究认为相对于旧金山卤虫大盐湖种群和旧金山湾种群,黄骅种群的遗传多样性相对较低,黄骅种群与大盐湖种群、旧金山湾种群存在显著的遗传分化,黄骅种群并非直接从大盐湖种群和旧金山湾种群引种、繁衍而成。     

基于mtDNA COI序列的福建B型烟粉虱田间种群分析

本研究对福建B型烟粉虱10个田间种群的线粒体DNA COI基因(mtDNA COI)进行测序,并通过与NCBI数据库上埃及、湖北、武汉3个B型烟粉虱地理种群的mtDNA COI的序列进行比对分析,结果表明在核苷酸多样性、单倍型数、单倍型多样度上,不同地理种群都不一样,但是福建种群这些遗传特征数据显著高于其它地理种群.结合近年来我省田间烟粉虱种群抗药性水平迅速提高这一结果分析,可以推测,在不同杀虫剂压力选择下,不同抗性基因得以在我省不同地理群体中流动,种群内呈现比较明显的抗性遗传分化趋势,群体遗传多样性也更为丰富,表现出烟粉虱对不利环境较强的适应能力.     

帘蛤科两种经济贝类种群的ITS-1序列遗传多样性分析

利用核糖体DNA转录间隔区ITS-1序列对硬壳蛤(Mercenaria mercenaria)的养殖群体和青蛤(Cyclinasinensis)的野生种群遗传多样性进行了分析.经过PCR扩增、连接与测序后,得到硬壳蛤ITS-1的长度为718～724 bp,青蛤的为665～683 bp,序列用ClustalX1.83多重比对后,在725 bp组成的同源片段中有714个碱基序列为保守位点,通过DNAsp软件分析,该种群的核酸多态性指数Pi为0.00302,每位点Eta为0.00304,并检测出4个单倍型(Haplotype)序列.青蛤在由695 bp组成的同源片段中有644个碱基序列为保守位点,该种群的Pi为0.03071,每位点Eta为0.0378,共测出6个单倍型(Haplotype)序列.利用PAUP4.10软件计算出每个种群内单倍型序列间的相对遗传距离,其中,硬壳蛤的遗传距离仅为0.0014～0.0056,说明其DNA遗传多样性的丰度较低;而野生青蛤种群的遗传距离为0.0036～0.0105,说明其遗传多样性比较丰富.文章还初步讨论了双壳类遗传多样性变动的因素及种质保护等问题.     

中国东南沿海青蟹属不同种类的mtDNA COI基因序列分析及其系统发育

对采自中国东南沿海青蟹属的4种青蟹锯缘青蟹Scylla serrata(Forskal,1775),紫螯青蟹S.tranquebarica(Fabricius,1798),榄绿青蟹S.olivacea(Herbst,1796),拟穴青蟹S.paramamosain(Estampador,1949)的线粒体COI基因片段进行了测定,分析研究了其种间遗传差异及系统发育关系.研究结果显示:4种青蟹在COI基因片段上存在差异,种间序列差异远大于种内差异.青蟹属在我国的优势种与GenBank上的S.paramamosain的遗传距离为0.001 3,与S.serrata的遗传距离为0.121 3.序列特征、遗传距离和系统进化等分析结果表明中国青蟹属的优势种为拟穴青蟹S.paramamosain.     

基于线粒体Cytb基因序列的褐石斑鱼种群遗传多样性分析

为评估种质资源状况被世界自然保护联盟(International Union for Conservation of Nature, IUCN)评定为易危物种的褐石斑鱼(Epinephelus bruneus)野生种群的遗传多样性和遗传分化水平,采用PCR方法测定褐石斑鱼西太平洋海区的中国海南岛(HN)、福建厦门(XM)和韩国济州岛(HG)3个地理群体的线粒体细胞色素b(Cytb)基因的部分序列,并对其基因序列遗传变异、谱系结构和群体扩张历史特征进行分析。结果显示,褐石斑鱼3个地理种群(88个个体)共检测出18个多态位点,共有7种单倍型;各地理群体遗传多样性水平较低,而且单倍型在群体间分布不均,韩国群体遗传多样性最高,中国海南和厦门群体遗传多样性较低。地理距离最远的韩国群体和中国海南群体遗传分化最高(F_ST=0.177 5),地理距离最近的中国海南群体和厦门群体的遗传分化最低(F_ST=0.013 4)。Mantel检验结果显示,3个褐石斑鱼群体间遗传距离和地理距离间存在显著相关,距离隔离(Isolation by Distance, IBD)...     

基于rDNA部分序列的亚洲小车蝗遗传多样性分析

以核糖体DNA序列中一段基因为目的片段,对内蒙古地区15个地点的75个亚洲小车蝗样本进行了DNA序列的遗传多样性分析,通过与GenBank中已知蝗虫的核糖体DNA序列的对比、剪切得到288bp的目的片段序列.分析结果表明:在目的片段序列中共检测到19个变异位点,其中包括16个置换(11个颠换和5个转换)和3个碱基插入,占碱基总数的6.60%;目的序列显示出一定的GC偏好性.15个种群的FST在0.050 6~0.402 8之间,均值为0.149 5;基因流(Nm)在0.231 2~5.933 6之间,均值为1.988 0,表明15个小车蝗种群间存在遗传分化,基因交流处于中等水平.正镶白旗小车蝗种群的核苷酸多样性指数(Pi)和平均核苷酸差异数(K)在15个种群中最大,分别为0.028 0和8.000 0,表明正镶白旗种群相对于其他14个地理种群的种内变异度最高.在所测的75条序列中共有8种单倍型,其中正镶白旗和四子王旗小车蝗独享的两个单倍型与其他单倍型差异较大,表明正镶白旗和四子王旗的部分小车蝗个体的遗传变异度较大.Mantel检验表明,15个小车蝗种群的遗传距离与地理距离无显著的相关关系.     

单只大型溞DNA的提取及其COI基因部分序列测定分析

利用基因组DNA纯化试剂盒稳定、快捷地提取单只大型溞（Daphnia magna）基因组DNA.以提取出的DNA为模板,利用线粒体DNA细胞色素氧化酶I亚基基因（COI）特异性引物,通过降落PCR技术扩增大型溞COI部分基因的序列.序列分析表明,此基因确为大型溞COI部分基因片段,从而证明本研究所提取的线粒体DNA能够为进一步开展大型溞的种群遗传学研究、物种间的亲缘关系和系统进化及种质资源管理与保护等提供物质基础.     

中国沿海龙虾属8种龙虾COI基因序列的分子系统学研究

 我国沿海分布8种龙虾属的龙虾,为了研究其系统发育和筛选分类DNA条形码,对线粒体COI 基因序列进行分析,用MEGA4.0软件计算遗传距离,采用邻接法( NJ) 和最大简约法（MP）构建分子系统发育树。结果获得大小为731 bp, GC含量在40.2%～44.5%之间COI基因片段。8种龙虾种内变异较小,遗传距离范围0.00～0.057, 平均0.016;种间遗传距离较大,介于0.124～0.228之间, 平均遗传距离为0.185,种内和种间遗传距离相差约10倍。NJ树和MP树都支持8种龙虾分成2支:密毛龙虾、长足龙虾和日本龙虾为一支,中国龙虾、杂色龙虾、黄斑龙虾、锦绣龙虾和波纹龙虾等5种龙虾为另一支。表明COI 基因序列作为DNA条形码进行龙虾属的分类鉴定具有一定的可行性。     

基于线粒体COI基因对云南切梢小蠹地理种群遗传结构研究

采用线粒体DNA细胞色素c氧化酶亚单位I(COI基因)部分序列,对我国西南地区15个地点共计240个云南切梢小蠹个体进行扩增和测序.研究发现,云南切梢小蠹不同地理种群间在线粒体基因组水平上具有不同程度的多样性,位于云南省中部地区的采样点遗传多样性较为丰富,而西北的丽江和宁蒗遗传多样性比较单一,四川的3个采样地在地理上很近,多样性也较为丰富;研究证实,云南切梢小蠹为单起源,源于云南中部,随后向四周扩散分布;云南切梢小蠹的分布与云南松分布息息相关,二者相辅相成,没有云南松的地方亦没有云南切梢小蠹.     

Drosophilaimmigrans果蝇随机扩增DNA多态性初步分析

为了探讨不同地理种群的果蝇在ＤＮＡ水平上的遗传多样性，推测秦岭地区伊米果蝇的起源，以主要来自中国的Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａｉｍｎｍｉｇｒａｎｓ种内７个不同地理种群的果蝇为材料和Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａｖｉｒｉｌｉｓ为对照，选取２０衙 １０ｂｐ长的寡聚核苷酸随机引物，进行随机扩增多态ＤＮＡ分析。     

基于CR及Cytb基因序列的大泷六线鱼野生群体遗传多样性分析

为进一步了解山东省内大泷六线鱼(Hexagrammos otakii)群体遗传背景和分化情况,合理保护与开发利用渔业资源,选取线粒体控制区(CR)和细胞色素b基因(Cytb)对分布于山东省近海沿岸的3个大泷六线鱼野生群体以及北黄海1个离岸大泷六线鱼野生群体的线粒体基因序列进行对比,分析它们的序列特征、遗传多样性和种群历史动态情况。经PCR扩增得到大泷六线鱼野生群体的CR和Cytb基因序列,全长分别为485bp和651bp。基于CR基因序列共检测到40个多态位点,单倍型多样性平均值为0.908,核苷酸多样性平均值为0.006,定义了53种单倍型。基于Cytb基因序列检测到56个多态位点,转换颠换比值为19.04,种内单倍型多样性平均值为0.934,核苷酸多样性平均值为0.005,定义了38种单倍型。对比分析表明,4个大泷六线鱼野生群体均具有高单倍型多样性和低核苷酸多样性。NJ系统进化树、群体间/内平均遗传距离、Fst值、基因流及AMOVA分析结果显示:山东省内近海沿岸大泷六线鱼野生群体和北黄海离岸野生群体遗传差异不显著,群体间存在频繁的基因交流,未形成显著的遗传分化。种群动态结果表明大泷六线鱼于更新世晚期经历了快速扩张,并形成了现有遗传格局。山东省内近海沿岸大泷六线鱼野生群体和北黄海离岸野生群体遗传结构之间不存在显著的地理隔离,这可能与人为增殖放流和秋冬季节黄海沿岸流及暖流有关,从而使得群体之间基因交流广泛。     

中国明对虾与5种虾类线粒体16S rRNA和COI基因片段的序列比较及其系统学初步研究

采用PCR扩增和序列测定等技术,对中国明对虾（Fennerpenaeus chinem如）线粒体DNA16S rRNA和细胞色素氧化酶I（COI）基因片段进行了初步研究,分别得到16S rRNA和COI 2个基因片段的碱基序列,其中16S rRNA基因片段的大小为515bp,碱基A＋T,G＋C的组成分别为66．47％和33．53％;COI基因片段的大小为472bp,碱基A＋T,G＋C的组成分别为62．50％和37．29％．在2种基因片段中,AT的组成明显高于GC的组成,这与果蝇、虾类、蟹类等无脊椎动物的16S rRNA和COI基因片段的研究结果相似．通过对中国明对虾16S rRNA和COI 2个基因片段遗传特征的研究,16S rRNA只有8处核苷酸的碱基在4个群体间表现出差异,COI基因片段中共检测出24个多态性核苷酸位点,其种内变异较低。另外,将本研究所得序列与GenBank中对虾科5个种的16S rRNA基因片段序列进行比较后,发现其聚类关系与传统分类相一致．