鸟王茶转录组中SSR位点信息分析

为开发鸟王茶分子标记技术,对使用高通量测序所获得的鸟王茶转录组原始数据,经过软件Trinity拼接,共获得161 561条Unigenes,使用软件MISA进行SSR位点搜索,共得到51 453个SSR,分布于36 691条Unigenes中,总长度为554 050bp,发生频率为31.85%,平均分布频率是1/1.79kb,平均长度为10.77bp。在鸟王茶转录组SSR中,二核苷酸重复和三核苷酸重复是主要的重复类型,分别占总SSRs的45.05%和13.86%。鸟王茶转录组SSR种类共有223种重复基元类型,其中优势重复基元是A/T、AG/CT、AC/GT它们所占比例分别是:36%、32%、13%,这3种重复基元,占总SSRs的比例是81%。     

黄姑鱼转录组SSR的开发与验证

利用MISA软件对黄姑鱼转录组测序数据进行分析,共检索到微卫星(simple sequence repeats,SSR)位点12 254个,其中单碱基、二碱基、三碱基重复分别约占42.70%、32.11%、23.44%,四碱基、五碱基、六碱基重复仅分别约占1.60%、0.09%、0.06%。随机选出80个二至六碱基重复来设计PCR引物,有38对引物通过扩增可获得目的条带。利用南海海区野生黄姑鱼样本对其中的18个具有多态性的SSR位点进行扩增效果验证和评价,结果显示:18个SSR的平均等位基因数为7.67,平均有效等位基因数为4.571,平均观测杂合度为0.3984,平均期望杂合度为0.7518,平均多态信息含量为0.6799,其中有15个位点表现出高多态性(多态信息含量0.5)。与传统方法相比较,利用转录组测序数据开发微卫星标记更加省时、高效。     

云南松转录组SSR的分布及其序列特征

分析云南松转录组中的SSR位点信息的分布及其序列特征,为SSR引物的开发做前期工作.从80000条转录组Unigene序列中,搜索到2455个SSR,出现频率为3.07%,分布的平均距离29 kb.SSR以三、二核苷酸占优势,分别占总数42.73%和27.25%,而以四核苷酸的较少,仅占总数的0.98%.重复片段长度12~25bp,其中近90%的集中在12~20bp,平均16.09bp.AT/AT与AGC/CTG和AAG/CTT为二、三核苷酸优势重复基元,分别占基元总数的16.66%、9.65%和8.39%.从2899对引物中随机挑选32对引物用于检测,24对成功扩增.云南松转录组SSR位点出现的频率较高,分布距离较近,基元类型丰富,重复次数较高,具有较高的多态性潜力.云南松转录组产生的Unigene是开发SSR的有效来源,获得的SSR引物可为云南松种质资源的遗传变异研究提供更多的标记.     

基于转录组序列的小麦ETS-SSR标记筛选与染色体定位

通过小麦转录组序列分析,获得121 210个非重复序列(Unigenes),在10 672(8.8%)个Unigenes中搜索出1-6个重复基元的11 650条EST-SSR信息位点,筛选并设计出308条SSR引物,选取前30对引物进行合成.有效性扩增检测结果表明,20(66.7%)对引物有清晰条带.利用缺体-四体系共定位了14对引物,分别位于13条染色体的21个位点上.研究表明,利用小麦转录组中EST-SSR信息开发新的SSR标记是可行的,开发的新ESTSSR标记可有效用于小麦基因的定位和遗传多样性的分析等.     

大分舌蜂EST-SSR微卫星分子标记开发与特征分析

【目的】构建中国油茶（Camellia oleifera）主要传粉昆虫之一的大分舌蜂(Colleles gigas)cDNA文库并利用全国几个典型样本筛选微卫星DNA(Simple sequence repeat,SSR)位点,为该蜂种群遗传多样性和遗传分化研究提供可靠的分子标记。【方法】使用10头大分舌蜂雌性幼虫构建cDNA文库,用Illumina Hiseq TM 2500高通量测序平台测定cDNA文库数据,通过SSR筛选软件MISA进行检索发掘SSR标记;利用Primer Premier 5.0软件设计引物,利用荧光标记技术进行分型。【结果】从cDNA文库序列中筛选得到16 457个SSR,其中15 563个(占比为94.57%)是完整型SSR,872个(占比为530%)是不完整型SSR,22个(占比为0.13%)是复合型SSR;完整型SSR中单碱基SSR最为丰富,共10 910个,占总SSR数量的70.11%,其余依次是二碱基SSR (2 099个,占比为13.49%)、三碱基SSR(2 408个,占比为15.47%)、四碱基SSR(136个,占比为0.87%)和五碱基SSR (10个,占比为0.06%)。对80对EST-SSR引物在6个不同地理种群32头大分舌蜂中进行验证,共有6对EST-SSR引物较好地扩增出目的片段,共获得192个等位基因,平均等位基因数为11.833 332个,平均有效等位基因数为4.149 8个,香农信息指数范围为1.362 6～2.119 2,平均观测杂合度为1.000,平均期望杂合度为0.800,多态信息含量范围为0.710～0.879,且平均值为0.761。【结论】研究所开发的6对大分舌蜂EST-SSR引物对应的产物多态性较高,遗传多样性也较高,可以应用于该蜂种的遗传多样性、遗传分化、种质资源保护等领域的后续研究。     

祁连山黄参叶片转录组测序及生物信息学分析

在《本草纲目》中黄参被誉为“小人参”,以黄参叶片为试材,采用高通量测序平台BGISEQ-500进行转录组测序,利用转录组分析软件进行组装、注释。结果表明：1)利用组装软件,获得99 981个Unigene,总长度是113 850 816 bp,平均长度是1 138 bp, N50的长度是1 874 bp, GC含量是39.93%。2)将Unigene比对到7大功能数据库进行注释,分别有49 390(NT:49.40%)、48 281(SwissProt:48.29%)、61 116(KOG:61.13%)以及55 859(Pfam:55.87%)个Unigene获得功能注释。3)比对到NR数据库共有66 451条,黄参与胡萝卜Daucus carota subsp.sativus有较高同源性,与其他物种的同源性较低。4)基因本体(gene ontology, GO)数据库注释显示,有78 040条Unigene得到注释,按功能分为生物过程、细胞组分、分子功能三大类,分别有15、11、14个亚类,其中执行生物过程的类区较多。5)51 479条Unigene富集在KEGG数据库的20条代谢...     

小麦SSR标记在垂穗披碱草中的通用性分析

分析评价了小麦SSR引物在高寒牧草垂穗披碱草Elymus nutans中的通用性.试验选用了58对小麦SSR引物,其中30对引物能扩增出条带,14对能产生多态性较好的条带,占选用引物的24.1%.通过比较分析其扩增位点数及多态性信息含量等得出WMS518、WMS44、WMS72、WMS219等引物具有较高的标记效率.本研究结果为垂穗披碱草SSR标记的开发、遗传变异分析等提供了可靠的参考依据.     

利用SSR标记构建沿阶草种质资源分子身份证

利用SSR分子标记构建沿阶草种质资源的分子身份证来鉴定各品种,选用已测序的、具有代表性的O.bodinieri(Tibet2387,Tibet3031,GY14,nie2370和nie2139)的种质基因组DNA为模板,从22对SSR引物中筛选出7对多态性好的核心引物,构建11份沿阶草种质资源的分子身份证,可有效区分各品种。建立优良的沿阶草条形码分子身份证,以及基于基因组测序或高密度连锁图谱构建开发一套备用引物,对沿阶草的高效利用将具有重要的意义。     

基于转录组测序的波纹巴非蛤微卫星标记研究

应用MISA软件对波纹巴非蛤转录组测序数据进行分析,共获得7378个微卫星标记,从中选取95个位点设计引物,并在一个野生波纹巴非蛤群体中进行分析验证,结果显示:95个位点中能够扩增出清晰条带的位点有30个,其中15个位点表现为单态,15个位点呈现多态.使用15个多态位点进行波纹巴非蛤群体的遗传多样性分析,结果表明:这15个位点的等位基因数为2~9,平均等位基因数为4.733,平均有效等位基因数为2.438,平均观测杂合度和平均期望杂合度分别为0.270、0.516,平均多态信息含量为0.457.     

碧桃花瓣转录组微卫星特征分析

为开发碧桃转录组微卫星信息,利用454高通量测序技术,对其花瓣转录组序列进行SSR位点发掘,结果发现含SSR的序列4 705条,共得到5 668个SSR,平均每3.49 kb出现1个SSR。微卫星序列主要以三碱基重复为主,约占总数的42.66%。笔者共发现516种碱基重复基元,所占比例最高的为(AG/CT)n(18.34%),其次是(AAG/CTT)n(12.42%)。微卫星多为重复长度小于20 bp的短序列,长度大于20 bp的微卫星仅占总数的12.13%。研究还发现碧桃花瓣微卫星的频率和长度呈显著负相关(P0.05),相关系数为-0.246。     

江西吉安县松树针叶资源的开发利用前景

吉安县是江西省马尾松、湿地松的主要产区之一,但大量松树针叶没有得到合理利用,叙述了松树针叶的综合利用方法及其在各方面的经济价值,对开发利用吉安县的松树针叶资源提出了几点看法。     

Development, chromosome location and genetic mapping of EST-SSR markers in wheat

A number of 151695 wheat expression sequence tags （ESTs） that originated from GenBank/dbEST from July 14, 2003 to August 24, 2004 were used to search for simple sequence repeats （SSRs） with motif 2-5 bp, and 2038 simple sequence repeats （EST-SSRs）, which accounted for 1.34% of EST database, were identified. Based on these SSR sequences, 249 EST-SSR primer pairs and 166 amplified clear bands in various wheat cultivars were designed. These EST-SSR markers can be used as new molecular markers in wheat and related species. Using Chinese Spring nulli-tetrasomic lines, 93 EST-SSR primer pairs and 193 EST-SSR loci were located on 19 wheat chromosomes except for 4A and 4B. Forty-three loci were mapped on 11 chromosomes of the genetic framework map previously constructed using recombinant inbred lines.     

Pilodyn和Resistograph对湿地松活立木基本密度的评估

木材基本密度是决定松类人工林木材质量的重要性状。Pilodyn和Resistograph检测方法均是活立木基本密度无损评估方法，建立基于两种方法的湿地松基本密度评估模型，对两种检测方法进行对比分析，为湿地松活立木基本密度估测和育种提供技术支撑。     

广西马尾松三个优良种源的遗传多样性及生长性状变异分析

【目的】以25年生马尾松种源、地点、林分3水平子代试验林为研究材料,从表型、遗传变异两方面开展研究,以期为马尾松遗传育种策略的制定提供有价值参考。【方法】采用SSR分子标记进行遗传结构分析,使用Arlequin 3.5软件依据线性模型估算各层次变异的相对分量。以SAS分析软件依据线性模型对林分生长量数据进行统计分析,以4因素嵌套模型估算各层次变异的相对分量。【结果】遗传多样性分析结果表明,种源间及种源内无明显的遗传分化。分子方差分析结果表明,种源间的遗传变异仅占总变异的2.56%,种源内不同地点间的变异占1.66%,地点内个体间的遗传变异则占总变异的95.78%。生长表型数据分析结果同样显示胸径与材积性状在种源间、种源内地点间、同一地点的优良林分与普通林分间均无显著差异。【结论】分子方差分析与生长性状表型数据方差分析的结果均表明,广西马尾松的主要遗传变异存在于林分内个体间。因此在优良种源中开展优良单株选择可以获得更好的改良效果。该结论对于马尾松遗传育种策略的制定具有重要的参考价值。     

Selection and development of representative simple sequence repeat primers and multiplex SSR sets for high throughput automated genotyping in maize

In the current study, 1900 maize simple sequence repeat (SSR) primers published in MaizeGDB were screened utilizing reference literature, 15 representative Chinese maize inbred lines and 15 Chinese maize hybrids from national regional testing. In total, 500 highly polymorphic primers were identified and used to construct a genetic map. 100 evenly distributed primers, 10 primers per chromosome, were further selected as a set of universal SSR core primers, recommended as preferred primers for general studies. These core primers were then redesigned and used to construct a high throughput multiplex PCR system based on a five-color fluorescence capillary detection system. We report here that two sets of ten-plex PCR combinations have been constructed, each consisting of 10 primers, with one primer per chromosome.     

黑松雄花穗生长发育与出粉率研究

在荣成成山林场采用不同林龄随机调查的方法,进行了黑松生长发育不同阶段的形态特征及主要营养生长指标与其雄花穗数量间关系研究;在胶东半岛沿海防护林以及半岛内陆丘陵山区,进行了黑松和赤松雄花穗的成熟采收期和采集技术研究;通过实验检测手段,确定了黑松和赤松雄花穗不同年份实验室出粉率和实际生产出粉率;确定了黑松和赤松的雄花穗长度与松花粉出粉率的关系. 为松花粉的合理采集及产业化开发提供依据.     

中国马尾松遗传改良研究历程与成就

围绕中国马尾松遗传改良从20世纪50年代末的起步,70年代末80年代初开始的全面发展,到21世纪后现代生物技术的快速融入提升,较全面回顾了60多年3代人坚持不懈的科研历程及取得的主要成就,并着重总结南京林业大学马尾松课题组牵头或参与的优良种源筛选、优树选择、母树林与种子园营建、无性系选育、材性遗传改良、现代生物技术辅助育种等相关研究工作,及其创新与引领性作用、对社会的贡献和遗传改良经验。面对新的机遇与挑战,针对马尾松树种特点、现有研究基础及社会需求、结合生物学领域的发展趋势,进行了该树种的相关研究展望,认为未来该树种的遗传改良应围绕种质资源、多目标选育、家系与无性系林业需求、常规与现代生物技术融合等方面展开,同时需侧重抗松材线虫病、纸浆材、高产脂良种选育,将基础性和前沿性研究融入常规育种等领域,从而使该树种的遗传改良推向一个新高度。     

不同灌溉方式对樟子松生长、光合特性及土壤水分运移的影响

【目的】研究滴灌、漫灌和对照3种处理方式下樟子松(Pinus sylvestris var. mongolica)生长状况和土壤水分运移规律,探讨其生长、光合、蒸腾特性和水分运移对不同灌溉技术的响应,为在干旱、半干旱地区高效栽培樟子松提供参考。【方法】以内蒙古大青山国家级自然保护区的樟子松林为研究对象,基于单因素方差分析比较不同灌溉方式下樟子松的生长(地径、树高、冠幅、抽穗长和生物量)与光合特性[光合速率(P_n)、蒸腾速率(T_r)、气孔导度(G_s)、胞间CO₂浓度(C_i)和水分利用效率(E_WUE)];采用土壤剖面观测法比较不同灌溉方式和灌溉时间下土壤水分垂直和水平运移的变化规律,并利用经验模型对土壤水分运移轮廓进行模拟。【结果】①滴灌处理下樟子松的地径、树高、冠幅、抽穗长和生物量分别比漫灌方式下高1.5 cm、0.5 m、10.0 cm、5.9 cm和11.5 kg,分别比对照高3.4 cm、0.9 m、60.0 cm、7.2 cm和2.5 kg;②滴灌处理下樟子松的光合速率、蒸腾速率、气孔导度和胞间CO₂浓度显著高于漫灌和对照(P < 0.05),各种灌溉方式下的上述指标大小具体表现为滴灌>漫灌>对照;水分利用效率大小表现为对照>滴灌>漫灌,表明樟子松可在较低的土壤含水量条件下生长;③在灌溉2、4和6 h后,樟子松林地滴灌比漫灌处理下土壤湿润锋的垂直运移距离和停灌后最终垂直运移距离深,两种灌溉方式下3种不同灌溉时长的土壤湿润锋的最大水平运移距离都出现在0~20 cm土层,然而停灌后的垂直运移距离以滴灌>漫灌;④利用经验模型对土壤湿润体轮廓进行模拟,设定:为垂直方向上任意位置处土壤水分水平运移距离(i=1,2,3,4);L_MR为土壤水分水平最大运移距离;R_MH为垂直方向上任意位置处土壤水分垂直运移相对距离;a_i为模型参数。则滴灌和漫灌的最优模型分别为多项式模型(M_R1)和Baldwin模型(M_R4), $M_{mathrm{R} 1}=L_{mathrm{MR}}left[a_{1}left(R_{mathrm{MH}}-1right)+a_{2}left(R_{mathrm{MH}}^{2}-1right)+a_{3}left(R_{mathrm{MH}}{ }^{3}-1right)+a_{4}left(R_{mathrm{MH}}^{4}-1right)right]$; $M_{mathrm{R} 4}=a_{1}+left[left(R_{mathrm{MH}}-1right) /left(R_{mathrm{MH}}+1right)right]+a_{2}left(R_{mathrm{MH}}-1right)$。【结论】在北方干旱区,滴灌区樟子松的生长和光合特性明显优于漫灌;在持续灌溉2、4和6 h后,滴灌试验区60 cm土层以上的土壤湿润锋在最终水平运移距离上均大于漫灌区。将滴灌技术应用于樟子松林木培育,有利于根系吸收水分和促进树木生长,且樟子松的光合特性受水分利用效率影响,合理的灌溉可改善林木的生长机制。